税務調査で申告の誤りを指摘されると、不足していた本税に加えて、加算税と延滞税を追加で納めることになります。修正申告の場合は、申告書を出した日がそのまま納期限です。延滞税は令和8年（2026年）中なら、納期限から2か月までは年2.8％、それを過ぎると年9.1％に上がります。

加算税は「いつ誤りを正したか」で割合が変わるため、調査後の流れを知っておくことが負担を抑える第一歩です。調査が終わってから納付を済ませるまでの手順と、処分に納得できないときの不服申立てまで、順に整理します。

現地の調査だけでは終わらない

現地での税務調査は1～2日間で行われることが多いですが、それで調査全体が終わるわけではありません。調査官は資料を持ち帰って検討を続け、追加で資料の提出を求めてくることもあります。

調査後は、契約書や入出金の内容について、何回かに分けて詳しい確認のやりとりが行われます。ここで最終的な追加納税額が固まっていくため、求められた資料は速やかに提出し、質問にも丁寧に応じることが大切です。

書類のチェックや、必要に応じた取引先への反面調査などを経て、調査がすべて終わるまでには数週間から1か月程度かかるのが一般的です。自分だけで対応するのは負担が大きいため、顧問税理士がいる場合は対応を任せたほうが安心です。依頼した場合の費用感は「税務調査で税理士に依頼する費用の相場」で整理しています。

調査結果の通知：是認・修正申告・更正

税務調査が終わると、税務署がその結果をまとめて通知します。結果は大きく次のように分かれます。

• 是認：申告内容に誤りがないと認められた場合。修正申告も追加納税も必要ありません。「更正決定等をすべきと認められない旨」が書面で通知されます。
• 申告内容に誤りがある（指摘事項がある）：調査結果の内容が説明され、修正申告等の勧奨を受けます。誤りを認める場合は修正申告書を提出し、追加の税金を納めます。

指摘内容にどうしても納得できない場合は、修正申告書を提出せず、税務署からの更正（更正処分）を受けるという対応になります。一般的には指摘に沿って修正申告に応じるケースが多いものの、納得がいかない場合は、まず税理士に相談したうえで最終判断することをおすすめします。

修正申告は「自分で申告し直す」手続きなので、その内容について不服申立てをすることはできません。ただし、あとから税金を納めすぎていたと分かった場合は、原則として法定申告期限から5年以内であれば更正の請求を行う余地があります。「修正申告に応じたら一切取り返せない」わけではない点は押さえておきましょう。

処分に不服があるときは「3か月以内」に再調査の請求か審査請求

更正などの処分に不服がある場合は、処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内に、次のいずれかを行うことができます（国税通則法）。

• 再調査の請求：処分を行った税務署長等に対して、もう一度見直しを求める手続き。
• 審査請求：国税不服審判所長に対して判断を求める手続き。再調査の請求を経ずに、直接行うこともできます。

かつては「異議申立て（2か月以内）」という制度でしたが、平成28年4月の国税通則法改正で「再調査の請求」へ名称が変わり、申立て期間も原則3か月以内に延長されました。再調査の請求の結果になお不服があるときは、再調査決定書の送達から1か月以内に審査請求へ進めます。古い情報の「2か月以内・異議申立て」と混同しないよう注意してください。

交渉や不服申立ての実務は「税務調査の対策【応用編】交渉・不服申立ての実務」で詳しく解説しています。

追加納税の流れ

指摘を受けて追加の納税が必要になった場合は、おおむね次の流れで進みます。手順が多いため、納税が済むまでの作業を税理士に依頼することもできます。調査の最初からの全体像は「税務調査の流れ｜事前通知から当日・修正申告まで」をご覧ください。

1. 指摘事項についての連絡・協議：調査終了後、税務署から指摘事項の連絡が入ります。内容を確認したうえで、修正について署員と協議します。すべての指摘にそのまま従う必要はなく、納得できない部分は根拠を示して話し合う姿勢が大切です。
2. 修正申告書の作成・提出：協議を終えて納得できたら修正申告書を作成し、提出します。
3. 納付書の受け取り：所得税・法人税などの国税だけでなく、住民税・事業税などの修正が必要な場合は、各自治体でも別途手続きと納付が必要です。
4. 追加の税金の納付：金融機関の窓口のほか、e-Taxによるダイレクト納付、クレジットカード納付なども利用できます。修正申告の場合、納期限は「修正申告書を提出した日」です。提出したその日に納めるのが原則と考えておきましょう。
5. 加算税・延滞税の納付：本税に加えて、後日、加算税や延滞税の通知が届く場合があります。これらを納め終えて、ようやく一連の手続きが完了します。

追加で支払う税金の種類とペナルティ

追加で支払う税金には複数の種類があり、申告のしかたや悪質性に応じて割合が変わります。基本となるのが本税（本来納めるべきだった税金そのもの）で、これは通常の税率と変わりません。これに、申告の状況に応じて次の加算税が上乗せされます。

下表は調査で指摘を受けた後（更正・決定を予知した後）に申告・処分となった場合の割合です。

^※1 令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税が対象です。
^※2 過去5年以内に無申告加算税・重加算税を課されたことがあるなど一定の繰り返しがある場合や、電子取引データに関する隠ぺい・仮装があった場合は、さらに10％が加重されます。

加算税は「いつ申告したか」で大きく変わる

加算税でとくに押さえておきたいのが、同じ誤りでも、気づいて申告したタイミングによって割合が段階的に変わるという点です。割合は次のように整理されています。

^※3 新たに納める税金が「当初の申告納税額と50万円のいずれか多い金額」を超える部分は、それぞれ10％・15％になります。
^※4 令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来するもの。左から順に「50万円までの部分」「50万円超300万円以下の部分」「300万円超の部分」の割合です。

さらに、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来するものについては、調査で帳簿の提示・提出を求められたのに応じなかった場合や、帳簿への売上金額の記載が本来の2分の1未満だった場合は10％、3分の2未満だった場合は5％が加重されます。日々の記帳と帳簿の保存が、そのままペナルティの重さに直結する仕組みです。

なお、期限後申告であっても、法定申告期限から1か月以内に自主的に申告し、税金を法定納期限までに納付しているなど一定の要件をすべて満たす場合は、無申告加算税はかかりません。申告を忘れたことに気づいたら、とにかく早く動くことが負担を軽くします。

計算例：同じ150万円の追加本税でも、加算税は0円～19万5千円

イメージをつかむために、仮のケースで計算してみます。当初の申告納税額60万円の人が、あとから本税150万円の不足を指摘された場合の過少申告加算税です（「当初の申告納税額と50万円のいずれか多い額」＝60万円を超える90万円部分に加重がかかります）。

• 事前通知の前に自主的に修正申告：0円
• 事前通知の後～更正を予知する前：150万円×5％＋90万円×5％＝12万円
• 調査で指摘を受けた後：150万円×10％＋90万円×5％＝19万5千円

同じ誤りでも、正すタイミングだけで負担が20万円近く変わります。これに延滞税が加わり、仮装・隠ぺいと判断されれば35％の重加算税に置き換わります。気づいた時点で動くことが、最も確実な負担軽減策です。

延滞税は「納期限から2か月」が分かれ目

加算税に加えて、納付の遅れには延滞税がかかります。延滞税は罰則ではなく「利息」にあたる性質のもので、法定納期限の翌日から納付日までの日数に応じて計算されます。

本来の割合は「納期限の翌日から2か月までは年7.3％、2か月経過後は年14.6％」ですが、市中金利に合わせた特例で引き下げられています。令和8年（2026年）中の延滞税は、納期限の翌日から2か月までが年2.8％、2か月を超えると年9.1％です（国税庁「延滞税の割合」）。この特例の割合は毎年見直され、令和4年～令和7年は年2.4％／年8.7％でした。

ここでいう「納期限」は、修正申告・期限後申告の場合は申告書を提出した日、更正・決定の場合は通知書が発せられた日から1か月後の日です。修正申告書を出した日から2か月以内に納めれば、高いほうの割合（年9.1％）は避けられます。

あわせて知っておきたいのが次の2点です。

• 延滞税は本税だけを対象に課され、加算税には課されません。「ペナルティにさらに利息が付く」という二重の心配は不要です。
• 延滞税の計算期間には特例があります。偽りその他不正の行為により税を免れた場合などを除き、期限内申告書を提出していて法定申告期限から1年を経過した後に修正申告・更正があったときなどは、一定の期間が計算期間から除かれます。「何年も前の申告を指摘されたら延滞税だけで莫大になるのでは」と過度に恐れる必要はありません。

一度に払えないときは「換価の猶予」を納期限から6か月以内に

追加納税を一度に納めると事業の継続や生活の維持が難しくなる場合は、税務署に申請して換価の猶予を受けられることがあります。おもな要件は、納税について誠実な意思があること、猶予を受ける国税以外に滞納がないこと、原則として担保を提供することなどです。

申請は、納付すべき国税の納期限から6か月以内に行う必要があります。猶予期間は1年以内で、財産や収支の状況に応じて最も早く完納できる期間とされ、延長が認められても当初と合わせて2年までです。猶予期間中の延滞税は免除または軽減されます（国税庁「No.9206 国税を期限内に納付できないとき」）。

延滞税は納期限の翌日から発生しているため、申請はできるだけ早く行うのが得策です。災害や病気などの事情があるときは、別に「納税の猶予」の制度もあります。

本税・加算税以外に注意したい「過怠税」

税務調査では、印紙税の貼り忘れも指摘されることがあります。契約書や領収書などに必要な収入印紙が貼られていなかった場合、過怠税が課されます。原則として、本来納めるべき印紙税額とその2倍に相当する金額の合計（＝本来の3倍）を納めることになります（自ら不納付を申し出た場合は1.1倍に軽減）。

このほか、税務調査で指摘されやすい代表的なポイントとして、次のようなものがあります。

• 売上の計上時期のズレ：売上は原則「商品を引き渡したとき」「サービスを提供したとき」に計上します。これを「入金があったとき」「請求書を出したとき」にずらしていると、売上計上漏れとして追徴の対象になります。
• 個人的支出の交際費混入：私的な支出が交際費などに含まれていると、役員賞与として扱われ課税されることがあります。
• 架空人件費：実在しない従業員への給与などは、重加算税の対象になり得ます。余計な疑いを避けるためにも、履歴書・給与台帳・扶養控除等申告書・タイムカードなどをきちんと保存しておきましょう。

税務調査の後は追加の支払いが生じることが多いため、いつでも納付できるよう、ある程度の資金を準備しておくと安心です。

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よくある質問（FAQ）

Q. 税務調査後の追加納税は、いつまでに払えばよいですか？

A. 修正申告なら、申告書を提出した日が納期限です。更正の場合は、通知書が発せられた日から1か月後が納期限になります。延滞税は法定納期限の翌日から日数で増えるため、提出と同時に納めるのが基本です。

Q. 修正申告と更正は何が違いますか？

A. 修正申告は、納税者が自ら誤りを認めて申告し直す手続きで、その内容について不服申立てはできません。更正は、修正申告に応じない場合などに税務署側が税額を確定させる処分で、再調査の請求・審査請求で争うことができます。

Q. 指摘にすべて従わなければいけませんか？

A. 必ずしもそうではありません。事実関係や法令の解釈に納得できない点があれば、根拠資料を示して協議できます。専門的な説明が必要になる場面も多いため、判断に迷う場合は税理士に相談しながら進めるのが安全です。

Q. 調査の連絡が来る前に誤りに気づいたら、すぐ修正したほうがよいですか？

A. はい、早いほど有利です。事前通知の前に自主的に修正申告をすれば過少申告加算税はかからず、無申告だった場合の無申告加算税も5％に軽減されます。延滞税は日数で計算されるため、修正申告と納付はセットで早めに進めましょう。

Q. 追加の税金が払えそうにないときは？

A. 放置せず、早めに税務署へ相談してください。要件を満たせば、納期限から6か月以内の申請で換価の猶予（原則1年以内の分割納付）が認められ、猶予期間中の延滞税も免除または軽減されます。放置すると滞納処分（差押え）に進むことがあります。

まとめ

税務調査は現地調査の後にも資料確認や協議が続き、その結果として修正申告や追加納税につながります。指摘に納得できる場合は速やかに修正・納付を、納得できない場合は3か月以内の再調査の請求・審査請求という手続きが用意されています。

加算税は「いつ申告したか」で割合が段階的に変わり、延滞税は「納期限から2か月」を境に大きく上がります。気づいたら早く動くことが、そのまま負担の軽減につながります。日頃から正しい申告と帳簿・証ひょうの保管を心がけていれば、過度に恐れる必要はありません。調査後の対応に不安があれば、税務調査に詳しい税理士に相談することをおすすめします。

税率や割合は税制改正や年ごとの見直しで変わるため、最新の内容は国税庁サイトでご確認ください（本記事は2026年9月時点の情報です）。

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税務調査の当日にまず聞かれるのは、業種の景況や商流、従業員数といった会社の概況です。帳簿の確認に入るのは多くの場合そのあとで、質問は売上の計上時期・交際費・在庫・人件費・外注費の5点に集中します。

何を確かめるための質問なのかが分かっていれば、必要以上に身構えることはありません。事前通知の電話で押さえておくことから、当日の受け答え、そろえておく書類、その対応がその後の加算税に与える影響まで、現場の流れに沿って見ていきます。

当日を迎える前に｜事前通知の電話で確認しておくこと

実地の税務調査は、原則として税務署からの事前通知で始まります。国税通則法第74条の9は、実地の調査で質問検査等を行う場合、あらかじめ納税者（税務代理を依頼している税理士がいる場合は税理士にも）へ次の事項を通知するものと定めています。

• 実地の調査を行う旨
• 調査を開始する日時
• 調査を行う場所
• 調査の目的
• 調査の対象となる税目
• 調査の対象となる期間
• 調査の対象となる帳簿書類その他の物件
• 納税者の氏名・住所（居所）／調査を行う職員の氏名・所属官署
• 日時・場所の変更を求めることができる旨／通知した事項以外に非違が疑われた場合には、その事項についても質問検査等を行える旨

後半の2つは国税通則法施行令第30条の4で定められたもので、これらを合わせて実務では「事前通知の11項目」と呼ばれます。

電話で通知を受けたら、この内容をその場でメモしておいてください。対象の税目と課税期間、そして「どの帳簿書類を見るのか」が分かれば、当日までに何をそろえればよいかがはっきりします。

日時や場所についても、合理的な理由を付して変更を求めた場合には、税務署長等は協議するよう努めることとされています（同条第2項）。国税庁の税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）でも、一時的な入院や親族の葬儀、業務上やむを得ない事情が生じた場合には申し出れば変更を協議するとされています。

日程が本当に厳しいときは、遠慮せず調査担当者に申し出てかまいません。申出の方法に決まりはなく、口頭で伝えるだけで差し支えないとされています。

なお、申告内容や過去の調査結果などから、事前通知をすると正確な課税標準等の把握が困難になるおそれがあると判断された場合には、法令の規定により事前通知なしで調査が行われることもあります（国税通則法第74条の10）。

その場合でも、調査の対象となる税目・課税期間・調査の目的などは、臨場後すみやかに説明されることになっています。調査全体の進み方ははじめての税務調査ガイドでも整理しています。

調査は「会社の概況を把握する質問」から始まる

税務調査が始まっても、いきなり調査官が帳簿をひっくり返してチェックを始めることは基本的にありません。担当する調査官にもよりますが、最初は雑談を交えながら、業界や会社の状況についての質問から入るのが一般的です。

そこから、組織構成や従業員数といった会社情報、受注から納品・入金までの流れなど、次第に業務全体を把握する内容へと質問が移っていきます。

特に売上については、締め日・入金日・売上計上のタイミングなど、少し踏み込んだ内容を聞かれると考えておくとよいでしょう。在庫を抱える小売業などでは仕入れに関する質問もありますし、給料の締め日・支払日・支払方法、場合によっては社長の趣味を尋ねられることもあります。

一見すると税務調査と無関係に思える質問にも、実は意味があることが少なくありません。たとえば社長の趣味を尋ねるのは、後述する交際費の私的利用を確認するための布石であることがあります。

税務調査でチェックされる重点ポイント

会社の概況を確認した後、多くの場合は調査1日目の午後から帳簿の確認作業に入ります。重点的に見られるのは次の5項目で、税務調査で指摘されやすいポイントとほぼ重なります。

売上計上時期のずれ（期ズレ）

税務上、売上計上のタイミングは引渡基準（商品の納品日・サービスの提供日）が基本です。これを入金日に計上する現金主義で処理していると、計上時期がずれてしまいます。

特に期をまたいで計上時期がずれていると、売上計上漏れとして指摘されます。調査で最も多く確認されるポイントのひとつです。

交際費の私的利用

交際費に私的な支出が混ざっていないかがチェックされます。ゴルフ代や食事代を交際費に計上している場合、「誰と行ったのか」など詳細を確認されます。

親族の結婚祝いや自分用の贈答品、取引先と行ったことにした家族旅行などが交際費に紛れ込んでいると要注意です。参加者や人数があいまいな高額の飲食領収書も目につきやすい項目です。

在庫（棚卸資産）の金額

小売業などの在庫商売では必ずといってよいほど確認されます。期末在庫を減らせばその分だけ利益が圧縮され、税額が少なくなるため、会社が作成する在庫表の数字は念入りに調べられます。在庫計上漏れがあれば追徴課税の対象となるので注意が必要です。

人件費（架空人件費）

実在しない従業員の給与を計上して利益を減らす「架空人件費」がないかを確認します。疑わしい場合は、履歴書やタイムカードの有無、社会保険への加入状況などが確認されます。アルバイトへの現金払いなどは、記録が残りにくいため突っ込んで質問されやすい部分です。

外注費・関係会社との取引

外注費の水増しや、関係会社との取引内容など、不正が発生しやすい箇所も重点的に確認されます。不明瞭な点についてあいまいな答えをしていると、かえって疑念を招きかねません。

心配な点があれば、調査前に顧問税理士と受け答えのシミュレーションをしておくことをおすすめします。

質問項目ごとに「調査官が見ていること」と「そろえておく資料」

同じ質問でも、調査官が確かめようとしている論点はそれぞれ違います。何を見られているのかが分かっていれば、答えるべきことも自然に整理できます。

ポイントは、取引があったこと自体を示す資料（契約書・発注書）と、実際に行われたことを示す資料（納品書・作業報告書・タイムカード）をセットで残しておくことです。この2つがそろっていれば、口頭の説明に頼らずに処理の正しさを示せます。

帳簿や請求書が電子データの場合は、画面で見せる

クラウド会計や電子請求書が広く使われるようになり、「紙で出さなければいけないのか」と迷う場面が増えました。国税庁の税務調査手続に関するFAQは、この点を令和8年7月に改訂し、電磁的記録（電子データ）の示し方をあらためて整理しています。

提示を求められたときは、その内容をディスプレイの画面上で調査担当者が確認できる状態にして見せれば足ります。紙に印刷し直す必要はありません。

一方、提出を求められたときは、次のいずれかの方法で渡すことになります。

• 内容を確認できる状態でプリントアウトしたものを渡す
• 調査担当者が持参した記録媒体へデータを保存（コピー）する
• e-Tax、オンラインストレージサービス、メールを利用して提出する

提出を求める際には、税務当局における電磁的記録の取扱いが説明されることになっています。提出したデータは国税庁が定めた規則等に基づいて管理され、保存期間の満了後に確実に廃棄（消去）されるとされています。

当日あわてないためには、会計ソフトや請求書サービスの画面をその場で開けるようにしておくこと、そして検索に使うログイン情報を担当者が把握しておくことが実務的な備えになります。

調査官の質問に落ち着いて答えるコツ

当日は、調査官がさまざまな観点から質問をしてきます。前述のとおり、最も多いのは「売上の計上時期のずれ」で、本来当期に計上すべき売上を翌期に回していないかが確認されます。次いで「交際費の私的利用」、「在庫計上漏れ」、「架空人件費」が定番のチェック項目です。

飲食店などでは「売上の計上漏れ」も多く、調査官が事前に客として来店してレシートを確保し、実際の売上と突き合わせる、といった調査手法がとられることもあります。

いずれの質問についても、正確な記録と証拠がそろっていれば、堂々と事実を答えれば問題ありません。わからないことは推測で答えず、「確認して回答します」と伝え、税理士に相談してから正確に回答するのが安全です。

受け答えで意識したいのは、次の3点です。

• 聞かれたことに答える。不安から先回りして関係のない話まで説明すると、論点が増えて調査が長引くことがあります。
• 推測と事実を分けて話す。「たしか〜だったと思います」で終わらせず、「記録を確認します」と切り分けます。
• その場で修正を約束しない。指摘の当否は資料を確認し、税理士と検討してから判断すれば十分です。

逆にやってはいけない対応は税務調査の対応｜やってはいけないことにまとめています。

>>税務調査に強いおすすめ税理士事務所を見る

「答えられない」「資料が出せない」ときはどうなるのか

税務調査は任意調査ですが、調査官の質問検査権（国税通則法第74条の2ほか）にはいわゆる受忍義務が伴います。正当な理由なく質問に答えない、虚偽の答弁をする、帳簿書類の提示・提出を拒む、偽りの記載をした帳簿書類を提示するといった行為には、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金という罰則が定められています（国税通則法第128条）。

ただし国税庁は、罰則があることをもって強権的に権限を行使することは考えていないとし、帳簿書類等の提示・提出を求める際には、その必要性を説明したうえで納税者の理解と協力を得て行うこととしています。

身構えて対決する必要はありませんが、「面倒だから見せない」という対応は取るべきではない、と理解しておけば十分です。

なお、災害などで帳簿書類が滅失・毀損し、直ちに提示・提出することが物理的に困難な場合などは「正当な理由」に当たり得るとされています。心当たりがあるときは、その事情を率直に伝えてください。

帳簿を出せないと、加算税まで重くなる

実務上さらに重いのが、加算税の加重措置です。令和6年（2024年）1月1日以後に法定申告期限が到来する申告について、調査で帳簿の提示・提出を求められたのに応じなかった場合や、帳簿への売上金額の記載が本来記載すべき金額の2分の1未満だった場合には、過少申告加算税・無申告加算税に10％が上乗せされます。

記載が3分の2未満だった場合の上乗せは5％です（国税庁タックスアンサーNo.2026 確定申告を間違えたとき）。日々の記帳をきちんと残しておくことが、そのまま税負担の差につながります。

そもそも税務調査の対象はどう選ばれる？

企業経営をしていると、税務調査に不安を抱く方は少なくありません。税務調査は、その企業や団体が納めるべき税金を適正に納めているかを確認するために行われるもので、いつ調査対象になるかは事前にはわかりません。明日連絡が来る可能性もあれば、10年ほど音沙汰がないこともあります。

国税庁が令和7年12月に公表した令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要によれば、当局はAIを活用した予測モデルで「調査必要度の高い法人」と想定される不正パターンを抽出し、申告書や各種資料情報を併せて分析したうえで、調査官が最終的に実施の要否を判断しています。

その結果、同事務年度の法人税等の実地調査は5万4千件と前年から7.4％減った一方、追徴税額（法人税・消費税）は3,407億円と直近10年で最高になりました。調査1件当たりの追徴税額は634万2千円です。

つまり件数は絞られ、調査先はより的確に選ばれるようになっているわけです。申告内容に簡易な誤りが想定される先には、実地調査ではなく書面照会・電話連絡・来署依頼といった「簡易な接触」で自発的な見直しが求められます。同事務年度の法人税・消費税の簡易な接触は8万5千件でした。

業種によっても傾向は異なります。同資料で不正発見割合が高かったのは、バー・クラブ（62.3％）、その他の飲食（45.2％）、外国料理（40.2％）、美容（34.5％）、大衆酒場・小料理（34.4％）で、現金商売の比重が高い業種が上位に並びました。

また当局は、消費税の還付申告法人・海外取引法人等・無申告法人への対応を重点課題に掲げています。赤字だから安全、規模が小さいから対象外、と考えるのは禁物です。調査対象になりやすい条件は税務調査で狙われる理由でも詳しく扱っています。

税務調査対策として最も大切なのは、課税対象について正確な知識を持ち、正しい証拠をそろえておくことです。たとえば取引先と食事をしたなら、領収書に相手の企業名や氏名をメモし、きちんと保管しておく。

こうした心がけがあれば、処理が正当であることを証明でき、不当な追徴課税を避けられます。税務処理を社内担当者だけで抱え込まず、経験豊富な税理士に日頃からチェックしてもらうことも、あらぬ疑いを避けるうえで有効です。

当日の対応は、その後の加算税にも影響する

調査の結果、修正すべき点が見つかった場合は修正申告をすることになりますが、「いつ修正申告をしたか」で過少申告加算税の割合が変わります。国税庁の案内によれば、所得税では次のとおりです。

• 事前通知の前に自主的に修正申告した場合…過少申告加算税はかかりません。
• 事前通知の後、調査による更正を予知する前に修正申告した場合…新たに納める税金の5％（当初の申告納税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分は10％）。
• 調査を受けた後（更正を予知した後）に修正申告した場合や、更正を受けた場合…新たに納める税金の10％（同じく超える部分は15％）。

つまり、気づいた誤りは、調査の連絡が来る前に自分から直すのがいちばん軽く済みます。当日の質問で「これは確かに誤りだった」と分かった点についても、更正を予知する前の段階であれば負担は小さくなります。

この判断は事案ごとに微妙ですので、顧問税理士と相談しながら進めてください。

なお、修正申告をすると、その申告額について不服申立てはできなくなります（更正の請求は可能です）。内容に納得できないまま、その場の流れで修正申告に応じる必要はありません。

修正申告の勧奨に応じるかどうかは納税者の任意の判断であり、応じなかったことだけを理由に不利益な取扱いを受けることは基本的にないと国税庁も明記しています。

よくある質問（FAQ）

Q. 調査官の質問に、その場で答えられないときはどうすればよいですか？

A. 記憶があいまいなまま推測で答えるのは避けましょう。「資料を確認してから回答します」と伝えれば問題ありません。誤った回答は後の食い違いの原因になります。顧問税理士がいれば、その場で確認・相談するのがおすすめです。

Q. 当日までに準備しておくべき書類は何ですか？

A. 帳簿（総勘定元帳・仕訳帳）、請求書・領収書・レシート、通帳、契約書、確定申告書の控えなどが基本です。事前通知で「調査の対象となる帳簿書類」が示されますので、まずはそれを軸にそろえてください。売上の締め日や計上ルール、交際費の相手先メモも整理しておくと答えやすくなります。

Q. 会計ソフトのデータは印刷して用意しておくべきですか？

A. 提示を求められた場合は、ディスプレイの画面上で調査担当者が確認できる状態にすれば足ります。提出を求められたときは、プリントアウトを渡す、担当者が持参した記録媒体にコピーする、e-Tax・オンラインストレージ・メールで送る、といった方法があります。

Q. 世間話にも正直に答えて大丈夫ですか？

A. 基本的には正直に答えて問題ありません。ただし、雑談の中の情報が交際費や生活費の確認につながることもあるため、事実に反することを話さないよう注意しましょう。うそやごまかしは、かえって不信感を招きます。

Q. 事前通知で伝えられた税目・期間以外のことを聞かれました。応じる必要はありますか？

A. 調査の過程で通知した事項以外について非違が疑われることとなった場合には、その事項についても質問検査等を行えると法律で定められています（国税通則法第74条の9第4項）。運用上は、対象に追加する税目・課税期間について説明と協力を求めたうえで行われることになっています。

Q. 提出した帳簿は、いつ返してもらえますか？

A. 調査官が帳簿書類を預かる（留置き）ことがありますが、これは納税者の同意のもとで行われるもので、一方的に留め置かれることはありません。留め置く必要がなくなったときは遅滞なく返還されることとされています。業務で使う必要があるなど返還を求める理由があれば、その旨を伝えてください。

Q. 調査当日、税理士に立ち会ってもらえますか？

A. 税務代理を依頼している税理士であれば立会いが可能です。事前通知も、税務代理権限証書に納税者の同意が記載されていれば税理士に対して行われます。税理士以外の第三者が納税者に代わって主張・陳述することは税務代理行為にあたるため認められていません。

参考・出典

• 国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」（令和8年7月改訂）
• 国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（令和7年12月）
• 国税庁 タックスアンサー No.2026「確定申告を間違えたとき」

本記事は2026年9月時点の情報をもとにしています。税制や運用は改正されることがあるため、最新の取扱いは国税庁の公式サイトでご確認ください。

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税務調査の連絡が来てから慌てないために、日頃の備えと、調査前に用意しておきたい書類を整理しました。事前通知で何が伝えられるのか、帳簿・書類の保存期間はどうなっているのか、準備を怠るとどのようなペナルティにつながるのかまで、2026年9月時点の制度にもとづいて解説します。

何よりの対策は「日頃から正しい経理処理」

税務調査はある日突然やってきます。最大の対策は、普段から正しく申告し、取引の証拠となる書類をきちんと保存しておくことです。通知が来てから準備を始めるのではなく、領収書や契約書をわかりやすく保管し、後で曖昧になりそうな点はこまめにメモしておきましょう。

実務では、直近3年分の帳簿・契約書類などを中心に確認されることが多くみられます。ただしこれはあくまで運用上の目安で、法律上、税務署が申告内容を是正できる期間（更正・決定の期間制限）は原則5年、偽りその他不正の行為があったと認められる場合は最長7年です。事前通知があっても、そこからすべての資料を一から点検するのは時間的に限界があります。月次でこまめに処理し、疑問点を残さず税理士のチェックを受けておくと、調査が決まってから慌てずに済みます。

事前通知では何が伝えられるのか

個人・法人を問わず、実地の調査を行う場合は原則として事前通知が行われます。国税庁は、調査開始前に相当の時間的余裕を置いて、電話などにより次の内容を納税者（税務代理権限証書を提出した税理士がいる場合はその税理士）へ通知するとしています。

• 実地の調査を行う旨
• 調査を開始する日時・場所
• 調査の対象となる税目・課税期間
• 調査の目的
• 調査の対象となる帳簿書類その他の物件　など

つまり、通知の時点で「どの税目の、いつの期間を、何を見て確認されるのか」がわかります。まずはこの内容を正確にメモし、税理士と共有することが準備の第一歩です。

なお、申告内容や過去の調査結果、事業内容などから「事前に知らせると正確な事実の把握が困難になるおそれがある」と判断される場合には、事前通知なしで調査が行われることもあります（この場合も、臨場後すみやかに税目・課税期間・目的などが説明されます）。飲食業・小売業など現金商売で無予告調査が行われやすいと言われるのはこのためです。

日程の変更は申し出ることができる

通知された日程がどうしても都合の悪い場合、合理的な理由があれば日程変更を申し出ることができます。申出の方法は法令で定められておらず、電話などの口頭で構いません。国税庁も、納税者・税理士の業務の繁閑に配慮して調査開始日時を調整するとしています。無理に予定を詰め込んで準備不足のまま迎えるより、率直に相談したほうが結果的にスムーズです。

調査の前に用意しておきたい必要書類

事前通知が来て日程が決まったら、まず次のような書類をそろえます。

• 総勘定元帳
• 現金出納帳
• 売上関連書類（見積書、納品書、請求書、領収書、売買契約書）
• 仕入れ等関連書類（請求書、領収書、在庫表）
• 株主総会・取締役会の議事録
• 銀行通帳
• 借入の契約書・覚書
• 登記を変更した場合の履歴事項全部証明書
• 雇用関係書類（賃金台帳、源泉徴収簿、扶養控除等申告書などの各種申告書）

書類がそろったら、請求書・領収書・契約書を整理し、未処理のものがないか、売上が正しく計上されているかを確認します。データがパソコンにしかない場合は必要に応じて出力できるようにし、取引先発行の請求書や領収書が見つからないものは再発行を依頼してそろえておきましょう。最初に会社や事業の概況を聞かれることが多いので、会社案内や商品パンフレットを用意し、業務内容を説明できるようにしておくとスムーズです。

また、通知された年分以外の帳簿書類の提示を求められることもあります。たとえば「その年の減価償却費が正しいかを確認するために、資産を取得した年度の書類を見たい」といったケースです。これは通知された年分の調査に必要な範囲での確認であり、調査対象が勝手に広がったわけではありません。落ち着いて対応しましょう。

書類の改ざんは絶対にNG

準備で絶対にやってはいけないのが、ミスを隠すための書類の改ざんです。仮装・隠ぺい行為とみなされると、通常の加算税よりはるかに重い重加算税が課されます。誤りを見つけたら隠すのではなく、指摘される前に自主的に修正申告をしておきましょう。調査の通知前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税は課されません（調査通知の後・更正を予知する前の修正申告なら5%に軽減されます）。

準備不足がそのままペナルティになるケースがある

令和5年分以後の申告について、税務調査で帳簿の提示・提出を求められたのに応じなかった場合や、帳簿への売上金額の記載等が不十分だった場合には、通常の加算税割合に上乗せがされます。上乗せ幅は、本来記載すべき金額の3分の2未満だった場合が5%、2分の1未満だった場合や提示等をしなかった場合が10%です。

「帳簿を出さなければ調査が進まない」のではなく、出さないこと自体が金銭的な不利益に直結する制度になっている点に注意してください。日頃の記帳と保存が、そのまま防御になります。

加算税・過怠税の早見表（正確な数値で把握する）

ペナルティの重さを正しく知っておくと、「隠さず、早めに直す」という判断がしやすくなります。主な加算税の割合は次のとおりです（令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税の場合）。

このほか、納付が遅れた期間に応じて延滞税もかかります。延滞税の割合は市中金利に連動して毎年見直されており、2026年（令和8年）1月1日から12月31日までの期間は、納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8％、それを過ぎた日以後は年9.1％です（令和4年から令和7年までは年2.4％・年8.7％でした）。2か月を境に割合が3倍以上に上がるため、追徴が見込まれる場合は納付を先延ばしにしないことが負担を抑える近道です。年ごとに割合が変わるため、実際の金額は国税庁が公表する当年の割合でご確認ください。

帳簿・書類の保存期間（最新の制度を確認）

税法は、お金の収支を説明できる帳簿・書類を一定期間保存することを義務づけています。期間は区分によって異なります。

起算日は区分ごとに異なります。法人はその事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から、個人は確定申告期限の翌日から数えます。消費税のインボイス等は課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日が起算日です。

なお、会社法では総勘定元帳や計算書類などを10年間保存することが求められているため、法人は会計関係書類をまとめて10年保存しておくと確実です。

電子取引データは「印刷して保存」だけでは足りない

請求書や領収書をメール・クラウドなど電子データでやりとりした場合は、そのデータのまま保存する必要があります（2024年1月以降）。原則として、改ざん防止措置・「日付・金額・取引先」での検索機能・ディスプレイやプリンタの備付けといった要件を満たす必要があります。

ただし、要件どおりに保存できなかったことについて所轄税務署長が「相当の理由」があると認める場合の猶予措置が、恒久的な措置として設けられています。この猶予措置に事前申請は不要で、税務調査の際にデータのダウンロードの求めに応じられることと、そのデータを出力した書面を提示・提出できることが要件です。一方、システムが整っていて原則どおり保存できるのに、資金繰りや人手不足といった特段の事情なく保存していない場合は「相当の理由」に当たらないとされています。詳細は国税庁の公表資料でご確認ください。

とくに気をつけたい収入印紙

契約書や領収書など、課税文書に必要な収入印紙の貼り忘れ・消印漏れは調査で指摘されやすいポイントです。貼り忘れが見つかると、本来の印紙税額とその2倍に相当する金額の合計（＝本来の3倍）の過怠税が課されます。ただし、調査で指摘される前に自ら「印紙税不納付事実申出書」を所轄税務署長に提出した場合は、1.1倍に軽減されます。また、貼り付けた印紙を所定の方法で消印しなかった場合は、消印されていない印紙の額面に相当する金額の過怠税が徴収されます。日頃から、貼付と消印を念入りにチェックしておきましょう。

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【今年だけの注意点】令和8年12月の年末調整は例年と手順が違います

調査で確認される雇用関係書類（賃金台帳・源泉徴収簿・各種申告書）にかかわる、今年ならではの注意点があります。令和8年度税制改正により基礎控除額・給与所得控除の最低保障額が引き上げられ、あわせて扶養控除等の対象となる扶養親族等の所得要件も改正されました。これらは令和8年（2026年）12月1日に施行され、令和8年分以後の所得税について適用されます。

実務上のポイントは、令和8年11月までの毎月の源泉徴収事務には変更が生じないという点です。令和8年12月に行う年末調整の際に、引上げ後の基礎控除額と改正後の「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」で1年分の税額を計算し直し、それまでに源泉徴収した税額と精算します。毎月の税額表を途中で差し替えるわけではないため、手順を取り違えないようにしてください。

改正後の所得要件は次のとおりです。

この改正は令和8年12月1日以後に支払う給与等から適用されます。改正によって新たに扶養親族等の要件を満たすことになった親族等について扶養控除等の適用を受けるには、従業員から「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」等を提出してもらう必要があります。源泉所得税の調査では、扶養控除の適用誤りや申告書の不備が定番の指摘事項です。年末調整の書類を配る段階で、対象になりそうな従業員に案内しておくと、後の是正の手間を減らせます。

当日に向けた「事前準備」のポイント

多くの企業は、万全の体制で調査を迎えるために事前準備を行います。代表的なものを整理すると、次のようになります。

申告内容・帳簿の見直し

過去の申告書（おおむね5年分）を見直し、売上や利益率に異常な数値（異常計数）がないかを確認します。気になる点があれば、その理由を説明できるよう根拠資料を整理しておきます。代表者個人の申告（所得税など）も確認の対象になりやすいため、あわせて点検しておくと安心です。

説明の準備（事業概要）

調査では事業の概況を説明する場面があります。製造業なら製造の流れ、卸売業なら扱う商品の概要や取引の流れなど、普段の業務をわかりやすく説明できるよう準備しておきましょう。回答が曖昧だったり誤解を招いたりすると、確認に時間がかかり、取引先への反面調査に発展することもあります。

現金・現物のチェック

現金商売では、調査当日に実際の現金残高と現金出納帳の残高が一致しているかをあらかじめ合わせておきます。差異があると不要な誤解を招きかねません。金庫やデスクの引き出しの中身が確認される場合に備え、私物と業務用のものを区別しておくのも有効です。

売上計上の根拠を整える

帳簿調査では、売上などの期末の計上時期がとくに重視されます。受注から売上計上までの流れ、値引きの計算根拠、外注費の正当性などを、数字だけでなく経緯まで説明できるよう、証ひょう類をそろえておきましょう。グレーな処理を残さないことが、余計な追徴を避ける一番の予防策です。

提出・預かりのルールを知っておく

調査の過程で、帳簿書類の提示・提出を求められたり、いったん税務署で預かる（留置き）ことを求められたりする場合があります。留置きは納税者の理解と協力のうえで行われるもので、一方的に留め置かれるものではありません。預けた書類は、留め置く必要がなくなれば遅滞なく返還されます。業務で使う必要があるものは、その旨を伝えて相談してください。

よくある質問（FAQ）

Q. 調査は何年分さかのぼりますか？

実務では直近3年分が中心になることが多いですが、法律上の期間制限は原則5年、偽りその他不正の行為があったと認められる場合は最長7年です。日頃から保存義務のある年数分（原則7年）の書類を整理しておけば、慌てずに対応できます。

Q. 事前通知された日程は変更してもらえますか？

合理的な理由があれば変更を申し出ることができます。申出の方法に決まりはなく、調査担当者へ電話などで伝えれば足ります。一時的な多忙、親族の不幸、業務上やむを得ない事情などが理由として挙げられています。無理に日程を合わせて準備不足のまま迎えるより、早めに相談しましょう。

Q. 書類が見つからない・紛失してしまったら？

取引先に再発行を依頼できるもの（請求書・領収書など）は早めに手配しましょう。どうしても用意できない場合でも、改ざんやでっち上げは厳禁です。事実を整理し、説明できる範囲を準備したうえで、対応に迷う点は税理士に相談してください。

Q. メールで届いた請求書は、印刷して紙で保管しておけばよいですか？

紙に出力しただけでは足りず、電子データそのものを保存しておく必要があります。要件どおりの保存が難しい場合でも、上記の猶予措置により、データを保存したうえで「ダウンロードの求め」と出力書面の提示に応じられる状態にしておけば対応できます。事前の申請は不要です。

Q. 追徴が出た場合、納付を待ってもらうと負担はどれくらい増えますか？

納付が遅れた期間に応じて延滞税がかかります。2026年（令和8年）中の期間であれば、納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8％、それを過ぎた日以後は年9.1％です。2か月を境に大きく上がるため、資金の手当てを含めて早めに相談しておくことをおすすめします。

Q. 顧問税理士がいなくても対応できますか？

対応自体は可能ですが、前回調査以降のすべての取引を通常業務と並行して見直すのは大きな負担です。証拠書類が整っていないと追徴につながりやすいため、不安がある場合は税務調査の対応に詳しい税理士に立ち会いを依頼すると安心です。

まとめ

税務調査の準備で大切なのは、特別なテクニックではなく「日頃の正しい経理」と「必要書類をきちんとそろえておくこと」です。事前通知では税目・課税期間・目的まで伝えられるので、まずはその内容を正確に押さえましょう。帳簿・書類は原則7年（法人で欠損金額が生じた事業年度は10年）の保存義務があり、電子取引データはデータのまま保存する必要があります。帳簿を出せないこと自体が加算税の上乗せにつながる制度になっている以上、日頃の記帳と保存がいちばんの備えです。今年は12月の年末調整で控除額と扶養親族等の所得要件の改正が反映されるため、雇用関係書類の整備もあわせて確認しておきましょう。誤りに気づいたら隠さず自主的に修正し、説明の準備を整えておけば、調査は過度に恐れるものではありません。準備や当日の対応に不安があれば、早めに専門家へ相談しておきましょう。

※本記事は2026年9月時点の制度にもとづいて作成しています。加算税・延滞税の割合や保存要件は改正されることがあるため、最新の情報は国税庁のサイト等でご確認ください。

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税務調査とはなにか？

税務調査には強制調査（マルサ）と任意調査がある

一般的な税務調査は任意調査

強制調査

任意調査

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数字で見る税務調査の実態（最新の公表資料から）

「実地調査」だけでなく「簡易な接触」もある

調査対象はどのように選ばれる？チェックされやすいポイント

企業経営を行っている経営者の方の中には、税務調査に対して不安を抱いている方も少なくないと思います。税務調査は、その企業や団体が納めるべき税金を適正に納めているかをチェックするために行われるもので、いつ自分の会社が調査対象となるかはわかりません。明日電話がかかってくる可能性もありますし、逆に10年ほど音沙汰がないこともあり得ます。企業ごとに税務調査が入る頻度はさまざまですが、調査に入る時期やターゲットはどのように決めているのでしょうか。

いまはAI・データ分析でも絞り込まれている

不正が見つかりやすい業種もある

取引先や銀行への「反面調査」への対処のポイント

「反面調査」とはどんな調査？

反面調査が行われる要件とは

反面調査に冷静に対処するポイント

国税局には3つの部門がある

査察部とは？

調査部とは？

課税部とは？

国税組織が持つ「質問検査権」とは？

※かつては「1年以下の懲役」と規定されていましたが、懲役と禁錮を「拘禁刑」に一本化する改正刑法が2025年（令和7年）6月1日に施行されたことに伴い、現在の条文は「拘禁刑」となっています。古い解説記事では「懲役」と書かれていることがあるため、あわせて押さえておきましょう。

調査が終わるときの手続き

調査結果に納得できないときの手続き（不服申立て）

「更正の請求」との違い

国税庁・国税局・税務署の違いとは？

国税庁とは？

国税局とは？

税務署とは？

投稿 税務調査とは？目的・種類・対象の選ばれ方と担当組織を解説 は 読んで安心！税務調査に強い税理士まるわかりWEB に最初に表示されました。

いつ頃に税務調査が入りやすいのか、確率の高い時期とその理由について、税務署の年間スケジュールをふまえて解説します。「そろそろ来るかもしれない」と不安な方が、落ち着いて備えられるよう整理しました。

税務調査が入りやすいのは秋（9～11月）がピーク

「税務調査が入る時期があらかじめわかっていれば準備しやすいのに」と考える方は多いと思います。残念ながら、いつ調査を行うかは法律で決められているわけではなく、税務署の判断で一年を通じて実施されます。

とはいえ、実務の現場では毎年9月～11月が税務調査のピークと言われています。これは税務署側の一年の業務サイクルと深く関係しています。順を追って見ていきましょう。

税務署の年間スケジュールから見る調査の時期

税務署の繁忙期を知ると、調査が秋に集中する理由が見えてきます。なお、税務署（国税庁）の事務年度は7月1日から翌年6月30日までで、一般の会計年度（4月～3月）とずれている点も押さえておくとわかりやすいです。国税庁が毎年公表する調査事績も「令和6事務年度＝2024年7月～2025年6月」という区切りで集計されています。

1月～3月：確定申告シーズンで多忙

2月16日～3月15日は個人事業主の所得税の確定申告期間です。e-Taxや還付申告は1月から受け付けているため、年明けから前半にかけて税務署は申告対応で慌ただしくなります。この時期にわざわざ調査に動くことは少なく、確率的には低いと考えてよいでしょう。

5月～6月：法人の決算事務でもっとも多忙

個人の確定申告・所得税納付が一段落すると、次は企業の決算が控えています。多くの企業が3月を会計年度末にしているため、その申告期限（原則として事業年度終了後2か月以内＝5月末）に向け、税務署は5月～6月に決算処理が集中し、年間で最も忙しくなります。総力を挙げて事務に当たる時期のため、新たに調査へ動くことは考えにくい期間です。

7月：人事異動でいったん落ち着く

企業の決算対応のピークが過ぎると、税務署は6月末に事務年度末を迎え、7月に定期人事異動が行われます。新体制に切り替わり組織が落ち着くまでは、本格的な調査は始まりにくい時期です。

8月～11月：調査が本格化しピークへ

お盆休みが明けて新しい事務年度の体制が整う8月下旬ごろから、税務調査が徐々に動き出します。そして9月から年末に向かう11月ごろまでがピークになる、というわけです。調査の事前通知（電話連絡）はおおむね実施日の1～2週間前に入ることが多いため、対策や帳簿の整理をしておきたい場合は、秋を迎える前に片付けておくと安心です。

逆に、9月～11月ごろに税務署から何の連絡もなければ、その年は調査が入らずに済む可能性が高いとも言えます。ただし、これはあくまで「入りやすい時期の傾向」であり、年末以降や年明けに調査が行われるケースもゼロではありません。「この時期を過ぎれば絶対に来ない」と断定はできない点には注意してください。

税務調査の頻度・確率はどのくらい？

そもそも税務調査は、毎年すべての事業者に入るものではありません。国税庁が公表した令和6事務年度（2024年7月～2025年6月）の調査事績によると、実際に調査官が事業所などへ出向く「実地調査」の件数は次のとおりです。

※件数は国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（いずれも令和7年12月公表）によります。「頻度のイメージ」は公表件数から単純計算したおおよその目安であり、国税庁が公表している確定値ではありません。なお、この調査事績はこれまで例年11月～12月ごろに公表されており、次の令和7事務年度（2025年7月～2026年6月）分もその時期に公表される見込みです。最新の数値は国税庁の報道発表でご確認ください。

実地調査の件数自体は、近年おおむね減少傾向で推移しています。ただし、これは「調査が甘くなった」という意味ではありません。同じ令和6事務年度の法人調査では、追徴税額（法人税・消費税）の総額が3,407億円と直近10年で最も高く、調査1件あたりの追徴税額も634万円と高い水準になりました。件数を絞り込み、必要度の高い先に狙いを定める傾向が数字にはっきり表れています。

「実地調査」以外の接触のほうがはるかに多い

もう一つ押さえておきたいのが、税務署からの接触は臨場する実地調査だけではないという点です。国税庁は、文書や電話による連絡・税務署への来署依頼で申告内容の見直しを促す「簡易な接触」も並行して行っています。

令和6事務年度の個人（所得税）では、実地調査が4万7千件だったのに対し、簡易な接触は68万9千件にのぼり、両者を合わせた「調査等」の合計は73万6千件でした（前事務年度は60万5千件）。つまり、「調査官が来る確率」は低くても、「税務署から何らかの連絡が来る確率」はそれより格段に高いということです。

お尋ね文書や電話連絡が来ること自体は珍しいことではありません。慌てず、指摘された箇所の事実関係と資料を確認したうえで回答することが大切です。

なお、実際の調査対象は無作為に選ばれるわけではなく、申告内容や取引状況からリスクが高いと判断された先が優先されます。過去の調査で大きな指摘を受けた場合は最短3年程度の間隔で再び調査が入ることもあれば、特に問題がなければ5年～10年来ないことも珍しくありません。最新の件数・内訳は、国税庁が毎年公表する調査事績の資料でご確認ください。

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調査対象に選ばれやすい企業・個人の特徴

税務調査を実際に行うのは所轄の税務署で、申告状況や各種資料情報をもとに調査対象を選定しています。次のような特徴に当てはまるほど、調査対象になりやすい傾向があります。

• 黒字が続いている：赤字企業に調査をしても追徴税額を回収しにくいため、利益が出ている先のほうが優先されやすい傾向があります（赤字でも対象にならないわけではありません）。
• 売上や利益が急に伸びている：利益確保のために売上の計上漏れなどが起きやすいと見られ、確認の対象になりやすくなります。
• 経費や利益率に大きな変動がある：退職金や貸倒れなど非経常的な経費が急増し、利益が不自然に少なく見えるケースはチェックされやすくなります。
• 現金商売・申告漏れや無申告の懸念がある：取引の実態が把握しづらい業種や、申告内容に不審点がある先は注意が必要です。無申告法人への調査は近年強化されています。

こうした特徴に複数当てはまるほど、調査対象に選ばれる可能性は高まると考えておくとよいでしょう。

選定にはAIによる分析も使われている

近年の大きな変化として、選定の段階でAI（人工知能）による分析が使われていることが挙げられます。国税庁は令和6事務年度の調査事績の中で、AIを活用した予測モデルにより調査必要度の高い法人を抽出し、そのうえで申告書や保有する資料情報を調査官が分析・検討して、実地調査を行うかどうかを最終的に判断していると説明しています。所得税の調査等でも同様に、選定にAIを活用したことが明記されています。

つまり、「たまたま当たるかどうか」という運の要素は以前より小さくなっていると考えるのが現実的です。時期を気にするよりも、日々の申告と記帳の精度を高めておくほうが、備えとしてはるかに有効になります。

調査では何年前まで遡られる？（対象期間と期間制限）

「いつ来るか」と並んで多い質問が「どこまで遡って見られるのか」です。ここは慣行と法律の両面から押さえておくと、資料の保管方針を決めやすくなります。

実務上、事前通知の際に伝えられる調査対象期間は直近3期分（3年分）とされることが多いのが一般的です。ただしこれは決まりではなく、調査の過程で申告内容に誤りが見つかれば、遡る範囲が広がることがあります。

法律上の上限は、国税通則法が定める「更正・決定の期間制限（除斥期間）」で決まります。

※国税通則法第70条による原則的な取り扱いです。税目や事案の内容によって別の期間が定められている場合もあるため、個別の判断は国税庁の資料や税理士にご確認ください。

つまり、単純なミスであれば5年、仮装・隠蔽などの不正があったと判断されれば7年まで遡り得る、というのが枠組みです。「3年分と言われたから3年分だけ残しておけばよい」とはならない点に注意してください。帳簿・証ひょう類の保存期間（法人は原則7年）も、この期間制限と整合するように定められています。

調査でチェックされやすいポイント

いざ調査に入ると、どこを見られるのかを知っておくと落ち着いて対応できます。代表的なのは次のような点です。

• 売上の計上額と計上時期：金額だけでなく「いつ売上に計上したか（期ずれ）」に不審な点がないかを丁寧に確認されます。
• 交際費・在庫・経費の処理：交際費の範囲や在庫の評価、経費の計上ミスはよく確認される項目です。
• 人件費：実際には働いていない人への架空の給与が計上されていないかが見られます。
• 消費税の取り扱い：課税・非課税の区分や仕入税額控除の要件（帳簿・請求書等の保存）は、法人・個人を問わず確認されやすい領域です。

大切なのは、課税対象となる取引について法律に基づいた正確な知識を持ち、正しい証拠（証ひょう類）をそろえておくことです。たとえば取引先との会食であれば、領収書に相手の会社名・氏名・人数などをメモして保管しておくと、正当な経費であることを説明しやすくなります。正当な根拠がそろっていれば、不当な疑いや追徴課税を受ける心配も小さくなります。

修正が必要になったときは「延滞税」も日数で加算される

調査の結果、修正申告や更正で追加の税額が生じた場合、加算税とは別に、納付が遅れた期間に応じた延滞税がかかります。延滞税の割合は市中金利に連動して毎年見直されるため、いつの期間かによって率が変わる点を押さえておきましょう。

※国税庁「延滞税の割合」（令和8年中の延滞税特例基準割合は年1.8％）。ここ数年は年2.4％／8.7％で横ばいでしたが、令和8年分から年2.8％／9.1％へ引き上げられています。延滞税は日数計算のため、指摘を受けた後に納付を先延ばしにするほど負担が増えていきます。修正の要否がはっきりしたら、早めに納付方法まで含めて段取りするのが結果的にいちばん軽く済みます。

秋までにやっておきたい備え

ピークの時期が読めるのであれば、その前に手を打っておくのが得策です。難しいことをする必要はなく、次のような基本的な確認で十分です。

• 直近3期分の帳簿と証ひょうの所在を確認する：事前通知で示される対象期間は3期分が一般的ですが、前述のとおり最長で5年（不正があれば7年）まで遡り得ます。年度ごとに整理され、すぐ取り出せる状態になっているかを点検します。
• 電子取引データの保存状況を確認する：メール添付の請求書やWebサイトからダウンロードした領収書などの電子取引データは、原則として電子のまま、改ざん防止措置と「日付・金額・取引先」での検索機能を備えて保存する必要があります。令和6年1月1日以後は、保存要件に従えなかったことについて所轄税務署長が相当の理由があると認め、かつ調査の際にデータのダウンロードの求めと出力書面の提示・提出に応じられる場合には、要件を満たさなくてもデータを保存しておけばよいという猶予措置が設けられています（事前の申請は不要）。ただし「データを残していない」状態は猶予措置でも救われません。まずは保存漏れがないかを確認しましょう。
• 説明しにくい支出を洗い出す：金額の大きい交際費、役員への貸付金、私的な支出と紛らわしい経費などは、あらかじめ経緯を整理しておくと当日の説明がスムーズです。
• 顧問税理士と連絡体制を確認する：事前通知は税理士に入ることも多いため、立ち会いの可否や連絡手順を決めておくと安心です。

よくある質問（FAQ）

Q. 調査の連絡はどのように来ますか？

多くの場合、実施日の1～2週間前に、税務署から会社または顧問税理士へ電話で事前通知が入ります。その際に、調査の対象となる税目（法人税・消費税など）や対象期間（通常は過去3～5期分）が伝えられます。なお、不正の疑いが強いなど国税通則法に定める一定の場合には、事前通知のない「無予告調査」が行われることもあります。

Q. 都合の悪い日に調査日を指定されたら断れますか？

事前通知のある調査であれば、業務の都合などを伝えて日程を調整してもらうことは可能です。一方的に決められるわけではないので、対応が難しい日であれば、税務署や顧問税理士に相談して現実的な日程を相談しましょう。

Q. 秋の繁忙期を過ぎれば、もう調査は来ませんか？

9月～11月がピークなのは事実ですが、「この時期を過ぎれば絶対に来ない」とは言い切れません。年末以降や翌年に調査が行われることもあります。時期にとらわれすぎず、日頃から正しい申告・記帳を続けておくことが何よりの備えです。

Q. 調査は何日くらいかかりますか？

規模や論点の多さによりますが、中小企業や個人事業主の場合、臨場（調査官が事業所に来る日）は2日程度で終わることが多いとされています。国税庁の資料では、令和6事務年度の所得税の実地調査1件あたりの平均日数は8.8日と示されていますが、これは事前の準備や事後の確認を含めた事務量ベースの日数で、臨場が連日8日以上続くという意味ではありません。臨場後も追加資料の提出ややり取りが続き、最終的な結論が出るまで1～2か月かかることもあります。

Q. 開業したばかりでも調査は来ますか？

来る可能性はあります。調査対象は業歴の長さではなく、申告内容や取引状況から見た調査の必要度によって選ばれるためです。とくに売上が短期間で大きく伸びた場合や、無申告・申告漏れが疑われる場合は、業歴が浅くても対象になり得ます。一方で、開業初年度から必ず来るというものでもありません。時期や年数を気にするより、最初の申告から記帳と証ひょうの保管を整えておくほうが確実です。

Q. 秋に連絡が来なければ、その年は安心してよいですか？

可能性としては低くなりますが、断定はできません。前述のとおり、税務署からの接触には実地調査だけでなく文書や電話による「簡易な接触」もあり、こちらは件数がはるかに多くなっています。連絡が来た場合に落ち着いて資料を示せる状態を保っておくことが、時期を読むことよりも確実な備えです。

まとめ：時期を気にするより、日頃の備えを

税務調査は秋（9～11月）に集中しやすいものの、その時期は税務署の業務サイクルから生じる傾向にすぎず、ほかの時期に来る可能性も残ります。確率としては決して高くありませんが、件数を絞って必要度の高い先を選ぶ傾向が強まっており、選定にはAIによる分析も使われています。選ばれやすい特徴に当てはまる場合は油断できません。

また、遡って確認され得る期間は原則5年（不正があれば7年）で、事前通知で示される3期分より長くなることがあります。「直近3年だけ整えておけば足りる」とは考えず、保存期間に沿って資料を残しておくことが安全です。

結局のところ、毎年正しく申告し、適正な記帳・証ひょうの保管を積み重ねていれば、いつ調査が入っても落ち着いて対応できます。判断に迷う処理がある場合や、調査への備えに不安がある場合は、税務調査の対応に詳しい税理士に早めに相談しておくと安心です。

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「うちのような規模でも税務調査は来るのだろうか」——事前通知の電話を受けて初めて、そう考える方は少なくありません。税務調査は無作為に行われているわけではなく、申告内容や資料情報の分析にもとづいて対象が選ばれています。選ばれ方の仕組みを知っておけば、必要以上に恐れることなく、日々の経理で何を整えておけばよいかが見えてきます。

このページでは、国税庁が公表している最新の調査実績（令和6事務年度・令和7年12月公表）をもとに、調査先がどう選ばれるのか／どんな会社・業種が対象になりやすいのか／指摘されたときの負担はどれくらいかを、税務調査の現場の視点で整理します。

税務調査とは？

税務調査とは、国税局や税務署などの行政機関が、納税者の申告内容が正しいかどうかを確認する調査です。帳簿や領収書などをチェックし、申告額に誤りがあれば是正を求められます。指摘内容に沿って修正申告を行い、不足分を追加で納税することになります。

調査の頻度に厳密な決まりはなく、数年に一度の会社もあれば、しばらく入らない会社もあります。傾向としては、売上や利益が急に増えた場合や、大きな設備投資を行った場合に入りやすいと言われます。黒字の会社に限らず、赤字の会社でも消費税は発生するため、調査の対象になることがあります。

調査の対象期間は、法律上は原則として過去5年分です（国税通則法第70条の更正・決定の除斥期間）。実務では、まず直近3年分を中心に確認し、問題があればさらにさかのぼるという進め方が多く、偽りその他不正の行為（仮装・隠蔽など）があると判断された場合は、最長7年分まで対象になります。

税務調査の流れ

実際の税務調査は、おおむね次のような流れで進みます。

① 事前通知・日程調整……任意調査では、原則として事前に通知が行われ（多くは電話）、日時・場所・調査の対象税目・課税期間などが知らされます。指定日に都合がつかなければ、合理的な理由があれば変更を相談できます。なお、売上除外などが疑われる現金商売などでは、まれに事前通知のない無予告調査が行われることもあります。

② 事前準備……通知された対象に合わせて、請求書・総勘定元帳・領収書・預金通帳・契約書などをそろえます。不安な場合は顧問税理士に相談しておくと安心です。

③ 実地調査……規模により異なりますが、中小企業では2日間程度行われることが多いです。初日は会社の業務内容や取引先などの概況のヒアリングから始まり、その後、帳簿の確認に入ります。資料が足りない場合は後日提出となり、確認が終わらない場合は書類を預かる（留め置く）こともあります。

④ 結果説明……調査が終わると結果の説明があります。指摘がなければ「申告是認」で終了です。指摘があれば修正申告を求められます。

⑤ 修正申告・追加納税（または不服申立て）……指摘に納得できれば修正申告書を提出します。納得できない場合は修正申告をせず、税務署からの「更正」処分を待ち、その内容にも不服があれば、再調査の請求や審査請求などの不服申立てを行うことになります。

税務に詳しくなく不安な場合は、税務調査に対応した経験のある税理士に立会いを依頼しておくと、指摘事項への説明や折衝を任せられるため心強いでしょう。

調査先はどう選ばれているのか（選定の仕組み）

「なぜうちが選ばれたのか」は、調査を受けた方が最初に抱く疑問です。国税庁は選定の基準そのものを公表していませんが、公表資料からは選び方が近年はっきりと変わってきていることが読み取れます。

国税庁の公表資料によれば、法人の調査ではAIを活用した予測モデルで調査必要度の高い法人を抽出し、想定される不正のパターン（売上・原価・経費のどこに歪みが出やすいか）まで判定したうえで、最終的に調査官が実施の要否を判断するという進め方がとられています。実際、公表された事例では、AIが「原価」に不正パターンを想定した法人を調査したところ、取引実態のない外注費が把握された、といったケースが紹介されています。

この変化は数字にも表れています。令和6事務年度の法人への実地調査は5万4千件と前年から7.4%減った一方で、追徴税額（法人税・消費税）の総額は3,407億円と直近10年で最も高くなりました。調査1件当たりの追徴税額も634万円（前年比＋15.4%）に増えています。つまり、調査の件数は絞られ、そのぶん「疑わしい」と見込まれた先に狙いを定めて入る方向に進んでいるということです。

もう一つ押さえておきたいのが、実地調査だけが接触の形ではないという点です。申告内容に簡易な誤りが想定される先には、書面照会・電話連絡・来署依頼といった「簡易な接触」が行われます。個人の所得税では令和6事務年度の調査等73万6千件のうち68万9千件が簡易な接触で、前年から23.7%増えました。「税務署からの連絡＝いきなり調査官が来る」とは限らないことは、落ち着いて対応するうえで知っておくとよいでしょう。

数字で見る、法人が狙われやすい業種

法人の調査で参考になるのが、国税庁が公表している「不正発見割合の高い業種」です。これは調査した法人のうち、仮装・隠蔽をともなう不正計算が見つかった割合を業種別に並べたもので、令和6事務年度は次のようになっています。

令和6事務年度の法人税の不正発見割合は全体で23.5%（前年22.3%）でした。これに対しバー・クラブは62.3%と全体の2.6倍を超え、その他の飲食（45.2%）、外国料理（40.2%）、美容（34.5%）、大衆酒場・小料理（34.4%）が続きます。現金決済の比重が大きく、売上の記録が事業者側の運用に委ねられやすい業種が上位に並ぶという構図は、ここ数年変わっていません。

一方で、6位以下には自動車修理（32.9%）、船舶（31.0%）、土木工事（30.4%）、職別土木建築工事（30.1%）、中古品小売（30.1%）が入っています。外注費や仕入の実在性が論点になりやすい業種で、飲食・接客業とは違う理由で目を向けられていることがわかります。

また、不正1件当たりの金額が大きい業種は別の顔ぶれで、水運（1億1,103万円）、その他の卸売（5,384万円）、映画サービス（5,273万円）などが上位です。「不正が見つかる割合が高い業種」と「見つかったときの金額が大きい業種」は別だという点は、自社の位置づけを考えるうえで押さえておきたいところです。

なお、これらはあくまで統計上の傾向であり、該当する業種だから必ず調査されるわけでも、外れているから来ないわけでもありません。上位業種にあてはまる場合は、現金管理と売上計上のルールをより丁寧に運用しておく、という受け止め方が実務的です。

数字で見る、個人事業主が狙われやすい業種

個人事業主については、国税庁の「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」（令和7年12月公表）に、事業所得を有する個人の1件当たりの申告漏れ所得金額が高額な上位10業種が公表されています。

1位はキャバクラ（4,164万円）、2位が今回初めて上位に入った眼科医（3,894万円）、3位がホステス・ホスト（2,968万円）で、前年1位の経営コンサルタントは4位でした。現金商売に加えて、医療系や経営コンサルタント・システムエンジニアといった高所得の専門職が上位に並ぶのが近年の特徴です。

この表は「調査で見つかった申告漏れが1件当たりいくら大きかったか」を示すもので、調査の件数が多い業種のランキングではありません。読み方を取り違えると「うちの業種は載っていないから安心」と誤解しかねないため、注意してください。

個人全体で見ると、令和6事務年度の調査等による追徴税額は1,431億円で、現在の集計方法になった平成21事務年度以降で過去最高となりました。実地調査1件当たりの追徴税額は241万円（特別調査・一般調査に限れば299万円）です。

とくに力が入れられている3つの分野

公表資料では、国税庁が重点的に取り組む分野も明示されています。自社・自身が当てはまるかどうかは、備えの優先順位を決める手がかりになります。

• 無申告……法人では無申告法人への実地調査（法人税）が2,089件（前年比＋17.8%）に増え、法人税・消費税を合わせた追徴税額は約355億円と前年の1.6倍になりました。個人でも、所得税無申告者に対する1件当たりの追徴税額524万円・総額252億円がいずれも過去最高です。「申告していないから見つからない」は成り立たなくなっています。
• 海外取引・海外資産……国外送金等調書やCRS情報（共通報告基準にもとづく非居住者金融口座情報）、租税条約にもとづく情報交換が活用されています。海外投資等を行っている富裕層への調査は1件当たりの追徴税額が1,595万円で、所得税の実地調査（特別・一般）全体の299万円の5.3倍でした。
• ネット取引・暗号資産……ネット通販・シェアリングビジネス・コンテンツ配信などの取引を行う個人への実地調査は1,155件、暗号資産（仮想通貨）等の取引を行う個人への実地調査は613件で、後者の1件当たり追徴税額は745万円（全体の2.5倍）でした。プラットフォーム経由の入金は記録が残るため、把握されやすいという点は押さえておきましょう。

税務調査の対象になりやすいケース

調査の選定では売上規模も一つの目安になります。一般に、売上が大きいほど調査の対象になりやすい傾向がありますが、売上が小さくても、申告内容に疑いがあれば対象になり得ます。たとえば、赤字経営なのに役員や従業員が明らかに高い生活水準にある場合などは、申告との整合性が問われます。

また、税務署は売上だけでなく、所得・現金預金の動きまで確認しています。確定申告のデータに不自然な点がある、前年と比べて大きな変化があると、調査されやすくなります。たとえば、売上が多いのに経費が大きく所得が極端に少ない申告は、経費の妥当性を確かめるために調査対象になりやすいといえます。業績が良くなった場合も悪くなった場合も、前年以前との比較で大きな変化があれば注目されます。とはいえ、これらはあくまで目安であり、どの事業者が対象になるかを断言できるものではありません。

見落とされがちな入口――消費税と源泉所得税

「税務調査＝法人税・所得税の調査」と考えていると、思わぬところで指摘を受けることがあります。実際には、同じ調査のなかで消費税と源泉所得税も一緒に確認されるのが通常です。

消費税は、赤字の会社でも納税が生じます。とくに還付申告は審査が厳格で、令和6事務年度は消費税還付申告法人に対する実地調査が4,802件行われ、299億円が追徴されました。設備投資や輸出取引で還付を受ける場合は、契約書・請求書・通関書類などの裏づけをそろえておくことが欠かせません。

源泉所得税も見落としやすい論点です。令和6事務年度の源泉所得税の実地調査は6万4千件、追徴税額は404億円で、調査1件当たりの追徴税額63万円は直近10年で最高でした。「外注費として払っていたが実質は給与だった」「報酬から源泉徴収をしていなかった」「海外の法人への支払いで源泉徴収が必要だった」といった指摘が典型です。支払いの相手方と内容によって取扱いが変わるため、判断に迷う支払いは早めに確認しておきましょう。

税務調査の前に準備しておくこと

事前通知が届き日程が決まったら、次のような書類をそろえておきましょう。

• 現金出納帳・総勘定元帳・見積書や納品書などの売上関連書類
• 請求書や領収書などの仕入れ等関連書類
• 株主総会または取締役会の議事録
• 借入の契約書
• 銀行通帳
• 登記を変更した場合の履歴事項全部証明書
• 賃金台帳などの雇用関係書類

書類がそろったら、未処理のもの（請求書・領収書・契約書）がないか、売上が正しく計上されているかを確認します。データでしか残っていない場合は、必要に応じてプリントアウトしておきましょう。自社の書類だけでなく、取引先発行の請求書・領収書が見当たらない場合は、取引先に再発行を依頼します。

不備を見つけても、隠そうとしてはいけません。不備を隠すために書類を改ざんすると、仮装・隠蔽行為とみなされ、最も重い重加算税の対象になります。実際、国税庁が公表した調査事例には、転売の売上に係る書類をすべて破棄していたことが隠蔽行為にあたるとして重加算税が課されたケースが紹介されています。不備があれば、調査で指摘される前に自主的に修正申告をしておきましょう。これなら隠蔽行為にはあたりません。

日頃からの備えも重要です。領収書・請求書・契約書をわかりやすく整理・保管し、判断に迷ったことはメモに残しておきましょう。月次処理で税理士にチェックしてもらい、経理に問題がない状態を保っておけば、いざ調査が入っても落ち着いて対応できます。

もし指摘されたら？加算税・延滞税の早見表

申告に誤りがあると、本来の税額（本税）に加えて加算税や延滞税が課されることがあります。割合は次のとおりです（国税通則法・国税庁／2026年8月時点）。

ポイントは、誤りに気づいたら、調査の連絡が来る前に自主的に修正申告すること。早く動くほどペナルティの負担が軽くなります。延滞税は納付が遅れるほど積み上がるので、本税だけでも先に納めておくと負担を抑えられます。

よくある質問（FAQ）

Q. 税務調査は何年分さかのぼられますか？

A. 法律上は原則5年分です。実務ではまず直近3年分を中心に確認し、必要に応じて5年、仮装・隠蔽など不正があれば最長7年分まで対象になります。

Q. 黒字でないと税務調査は来ませんか？

A. そんなことはありません。赤字でも消費税の申告内容や、所得と生活実態の不一致など、不自然な点があれば対象になり得ます。

Q. AIで選ばれているなら、対策のしようがないのでは？

A. AIが判定しているのは「申告内容や資料情報に不自然さがあるか」という点で、最終的に調査を行うかどうかは調査官が判断しています。売上を正しく計上し、経費の裏づけとなる書類を残しておけば、分析されて困ることはありません。逆に、説明できない資金の動きや、実在性のあいまいな外注費が残っていると、目に留まりやすくなります。

Q. 業種ランキングに載っていない業種なら安心ですか？

A. いいえ。公表されているのは1件当たりの申告漏れ金額や不正の発見割合が高かった業種であって、調査対象の全体像ではありません。載っていない業種でも、申告内容に不自然さがあれば対象になります。

Q. 税務署から電話が来ました。断ることはできますか？

A. 任意調査でも、正当な理由なく調査を拒否したり、質問に答えなかったりすると罰則の対象になり得ます。ただし日程は合理的な理由があれば相談できます。まずは通知された税目・課税期間を確認し、顧問税理士に連絡してから日程を回答しましょう。

Q. ミスに気づいたら、すぐ修正したほうが得ですか？

A. はい。調査の事前通知前に自主的に修正申告すれば、過少申告加算税は課されません。判断に迷う場合は早めに税理士へ相談しましょう。

まとめ

税務調査の対象は、AIによる分析も交えて「申告内容に不自然さがある先」「是正の効果が大きい先」から選ばれています。調査の件数はむしろ減っており、そのぶん一件ごとの精度が上がっているのが最近の傾向です。現金商売や高所得の専門職、無申告・海外取引・ネット取引・暗号資産といった分野は、公表資料からもとくに目を向けられていることが読み取れます。

とはいえ、これらは「あてはまる＝必ず調査される」という話ではありません。売上を正しく計上し、経費の裏づけを残し、迷ったところは記録に残す。日々の積み重ねができていれば、いざ連絡が来ても落ち着いて対応できます。税理士ほど詳しく知る必要はありませんが、基本的な仕組みと備えを押さえておくことが、何よりの安心につながります。不安な場合は、税務調査に対応した経験のある税理士に相談しておくとよいでしょう。

※本記事は一般的な解説です。加算税・延滞税の割合や対象期間などの最新の取り扱いは、国税庁の公式サイトでご確認ください。

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税務調査のスケジュール

1.事前通知と日程調整

2.事前準備

3.税務調査当日【1日目】

4.税務調査当日【2日目】

5.調査終了

6.修正申告・追加納税

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初めての税務調査、やっておくべきこと、注意すべきことは？

知っておきたい無予告調査の要件と対処のポイント

無予告調査の対象となる要件

無予告調査は要件を満たしているのか？

無予告調査をめぐる注意点

無予告調査に冷静に対処するポイント

経営者と税理士はあらかじめ無予告調査について打ち合わせておく

何を言われてもすぐに税理士に連絡を！

「今までは大丈夫だった」という言葉は禁句

帳簿のコピーや貸与を求められたら

無予告調査は断れないが、日程調整は可能

調査内容は時系列で細かく記録

よくある質問（税務調査の流れ）

Q. 税務調査の連絡（電話）が来たら、まず何をすればよいですか？

Q. 調査当日は何を準備しておけばよいですか？

Q. 調査は何年分さかのぼって行われますか？

Q. 帳簿を預かりたいと言われたら、断ることはできますか？

Q. 調査が終わった後は、必ず追加で税金を払うことになりますか？

Q. 修正申告の勧めに応じないと、不利な扱いを受けませんか？

Q. 税理士に立ち会ってもらうことはできますか？

>>税務調査に強いおすすめ税理士事務所を見る

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「税務調査」と聞くと、ドラマのような緊迫した場面を思い浮かべて身構えてしまう方も多いかもしれません。しかし、一般的な税務調査は淡々と帳簿を確認していくもので、必要以上に恐れることはありません。ここでは、税務調査で起きやすい場面やつまずきやすいポイントを、現場の視点から落ち着いて整理します。あらかじめ流れを知っておけば、いざというときも冷静に対応できます。

突然の調査や調査官の態度

まず、よくある誤解を解いておきましょう。映画「マルサの女」で描かれていたのは、税務調査のうち強制調査（査察）と呼ばれる場面です。査察は巨額・悪質な脱税が疑われる事案に対し、裁判官の許可状（令状）にもとづいて行われる特別なもので、一般の事業者が受ける調査とは別物です。

私たちが通常「税務調査」と呼ぶのは任意調査です。国税通則法第74条の2以下で定められた質問検査権にもとづき、申告内容が正しいかを確認するために行われます。「任意」とはいえ、納税者には調査に協力する義務（受忍義務）があり、正当な理由なく拒むことはできません。とはいえ、調査官の態度は一般的に紳士的です。会社中を勝手に探し回るようなことはなく、訪問して帳簿書類を順に確認していきます。淡々と帳簿を調べていくだけですので、過度に不安に思う必要はありません。

任意調査と強制調査（査察）の違い（早見表）

一般の事業者が受けるのは、ほとんどが左側の任意調査です。税務調査を受けること自体は「脱税を疑われている」という意味ではありません。

事前通知で伝えられること

実地の調査を行う場合、税務署は原則として調査開始前に事前通知を行います（国税通則法第74条の9）。国税庁の説明によれば、通知の方法は法令上定められておらず、原則として電話による口頭で行われます。書面での通知は行われないため、「文書が届いていないから調査ではない」と考えないよう注意しましょう。

事前通知では、主に次のような内容が伝えられます。

• 実地の調査を行う旨
• 調査を開始する日時・場所
• 調査の対象となる税目と課税期間
• 調査の目的
• 調査の対象となる帳簿書類その他の物件

通知の時期についても法令に特段の定めはありませんが、国税庁は「納税者が調査を受ける準備等をできるよう、調査開始日までに相当の時間的余裕を置いて行う」としています。電話を受けたら、この5点をメモしておくと、その後の準備がぐっと進めやすくなります。

日程はある程度まで相談できる

「その日は決算対応で手が離せない」という場面もあるでしょう。事前通知の際にはあらかじめ納税者や税理士の都合が尋ねられることになっており、都合が悪ければ申し出て日程を調整できます。申し出は口頭で足り、決まった書類の提出は必要ありません。

国税庁の通達では、通知後に日程を変更する「合理的な理由」の例として、病気・けがによる一時的な入院、親族の葬儀などの一身上のやむを得ない用務、業務上やむを得ない事情が挙げられています。単に気が進まないという理由では通りませんが、事情があれば黙って我慢する必要はありません。

事前通知が行われないことがあるのはどんなときか

調査は予告なしで始まることもあります。ただし、その判断基準は法令で定められており、申告内容・過去の調査結果・事業内容などから、①違法または不当な行為を容易にし、正確な課税標準等または税額等の把握を困難にするおそれ、②その他、調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれがあると判断された場合に限られます（国税通則法第74条の10）。

ここで注意したいのが、「現金商売だから必ず予告なし」という言い方です。国税庁の通達では、単に不特定多数の顧客との間で現金決済がされているというだけでは、事前通知を要しない場合に該当するとはいえないと明記されています。現金を扱う業種が一律に無予告というわけではありません。

また、事前通知がなかった場合でも、運用上、調査の対象となる税目・課税期間や調査の目的などは臨場後すみやかに説明されることになっています。まずはその説明を落ち着いて聞き、控えておきましょう（なお、事前通知を行わなかった理由そのものは説明されず、通知がなかったこと自体は不服申立ての対象にはなりません）。

調査期間中の対応

税務署から調査の電話が来たとき、あるいは調査官が予告なく訪れたときは、まず顧問税理士に連絡しましょう。税理士は調査対応に慣れているため、任せるのが安心です。予告なしの場合、税理士から「到着するまで待ってもらうように」と指示されることもあります。

その際は、税理士が到着するまで待ってもらえないかを、調査官に率直に相談します。頭ごなしに拒むのではなく、事情を伝えて相談するのが基本の姿勢です。

ここでよくある誤解が、税務代理権限証書についての理解です。顧問税理士が「税務代理権限証書」を税務署に提出していると、事前通知は税理士にも行われます。さらに、納税者の同意が証書に記載されていれば、事前通知は税理士に対して行えば足りることとされています（同意の記載がない場合は、納税者と税理士の双方に通知されます）。

ただし、これは「通知の届け先」の話であって、無予告調査になるかどうかとは別の問題です。事前通知の有無は前述の第74条の10の要件で判断されるため、証書を提出したから予告なしの調査がなくなる、というものではありません。それでも、調査の連絡が税理士に直接入る体制は、初動を早める意味で有効です。

調査にかかる期間は事業の規模や内容によりますが、中小企業では2日程度、小規模であれば1日で終わることもあります。長引くかどうかは、資料の整い具合や説明のしやすさにも左右されます。

【参考】国税庁の公式情報

• 税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）｜国税庁
• 法第74条の9〜法第74条の11関係（事前通知及び調査の終了の際の手続）｜国税庁

個人・取引先にも及ぶ調査

調査の手は、会社だけでなく個人や取引先にも及ぶことがあります。個人については、預金通帳を確認されることがあります。税務署は「質問検査権」という権限を持っており、必要に応じて銀行に照会して口座の動きを調べることもできます。パソコンや机の中を確認の対象とすることもあります。

ただし、調査官が勝手にパソコンや机に触れて調べるわけではありません。社長自身にパソコンを操作してもらったり、書類を示してもらったりして、それを調査官が確認するかたちが基本です。

法人の調査で、代表者名義の個人預金について通帳の提示を求められることもあります。事業に関連する資金の流れが疑われる場合、国税庁はこれも法令上認められた質問検査権の範囲に含まれるとの考え方を示しています。会社のお金と個人のお金の線引きが曖昧だと説明に時間がかかるため、日頃から公私の資金を分けておくことが、そのまま調査対策になります。

取引先に確認が及ぶこともあり、これを「反面調査」と呼びます。反面調査は、取引先などを調べなければ申告内容に関する正確な事実の把握が困難と認められる場合に実施されるもので、いつでも無条件に行われるわけではありません。調査官が文書で取引内容を取り寄せて終わることもあれば、実際に取引先を訪れることもあります。

取引先に迷惑がかかるのではと心配になりますが、反面調査には事前通知に関する法令上の規定はないものの、運用上は原則として、あらかじめ相手方へ連絡を行うこととされています。突然押しかけて驚かせる運用が前提になっているわけではありません。

とはいえ、こちらの帳簿と取引先の帳簿が食い違えば、不審に思われる原因になります。日頃から取引内容を正確に記録しておくことが、結果的に自社と取引先の双方を守ることにつながります。

調査が終わったあとの手続き

「調査が終わったのに、その後どうなるのかわからない」という不安もよく聞かれます。終了時の手続きも法令で整理されています。

• 問題がなかった場合……「更正決定等をすべきと認められない」旨が書面で通知されます。原則として、その税目・課税期間について再調査は行われません（ただし、新たに得られた情報に照らして非違があると認められるときは、再び調査が行われることがあります）。
• 直すべき点があった場合……調査結果の内容が説明され、修正申告の勧奨が行われます。この勧奨に応じるかどうかは納税者の任意の判断であり、応じなかったからといって不利な取扱いを受けることは基本的にありません。

ひとつだけ知っておきたいのが、自分で修正申告をすると、その内容について不服申立てはできなくなるという点です（あとから誤りに気づいた場合の「更正の請求」は、期限内であれば可能です）。納得できない点があるなら、その場で署名・提出を急がず、いったん持ち帰って税理士に相談する——これが、あとから悔やまないための現実的な線引きです。

よくある質問（FAQ）

Q. 任意調査は断ることができますか？

事実上、拒むことはできません。任意調査でも納税者には協力する義務（受忍義務）があり、正当な理由のない拒否は認められません。ただし、日程の調整などは相談できる場合があります。

Q. 帳簿の提示を求められたら、必ず出さなければいけませんか？

原則として応じる必要があります。制度上は、正当な理由なく提示・提出を拒んだり、虚偽の記載をした帳簿書類を示したりした場合、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金という罰則が定められています。もっとも国税庁は、罰則があることをもって強制的に検査を行使することは考えておらず、必要とされる趣旨を説明し、納税者の理解と協力の下、その承諾を得て行うとしています。求められた理由がわからないときは、その場で確認して差し支えありません。

Q. 反面調査を止めることはできますか？

原則として止めることはできません。取引先への影響が心配な場合は、自社の帳簿や証ひょう（請求書・領収書など）を整え、取引内容をきちんと説明できるようにしておくことが最善の備えです。

Q. 経理を手伝ってくれている人に立ち会ってもらえますか？

税理士以外の第三者が立ち会うと、調査担当者に課された守秘義務に抵触するおそれがあるため、原則としてお断りされます。ただし国税庁は、その人が納税者の記帳事務を全般的に担当しているような場合には、調査を円滑に進めるために、調査担当者が必要と認める範囲で同席してもらうことはあるとしています。事情があれば、あらかじめ相談してみるとよいでしょう。

Q. 調査官に対して何を準備しておけばよいですか？

帳簿、請求書・領収書、契約書、預金通帳などの基本資料をそろえ、いつでも提示・説明できる状態にしておきましょう。準備が整っているほど、調査は短く・スムーズに進みます。

まとめ

税務調査で起きやすいトラブルの多くは、事前の準備不足や、慌てた対応から生まれます。事前通知で伝えられる内容、日程を相談できること、反面調査や終了時の手続きの決まりを知っておけば、その場で判断に迷う場面はぐっと減ります。流れを知り、顧問税理士と連携し、根拠資料を整えておけば、必要以上に不安を感じることはありません。日頃の正確な記録こそが、いちばんの「トラブル対策」になります。

※税務調査の手続きは法改正や運用の見直しで変わることがあります。最新の取扱いは国税庁の公式サイトでご確認ください。

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税理士に税務調査の立ち会いを依頼する場合の費用について

個人事業主や会社の経営者にとって、税務調査の連絡はやはり不安なものです。「不正をしていなければ怖くない」と思われがちですが、実際には意図しない処理のミスや解釈の違いを指摘され、追徴課税が発生してしまうケースは少なくありません。

そこで心強いのが、税務調査に立ち会ってくれる税理士の存在です。ここでは、税務調査の対応を税理士に依頼したときにどの段階で・どのくらいの費用がかかるのかを、現場の実務にそって順を追って解説します。落ち着いて備えるための目安としてお役立てください。

顧問税理士がいても、立ち会い費用は別途かかる

税務調査が行われる場合、原則として事前に税務署から連絡が入ります。突然職員が訪問して抜き打ちで調べる、ということは通常ありません（現金商売など一部の例外を除きます）。通知された日程で都合が悪ければ、合理的な理由があれば日程の変更を申し出ることもできます（国税通則法第74条の9）。あわてて予定を空けるより、税理士と相談できる日程に調整するほうが結果的に落ち着いて対応できます。

顧問税理士がいる場合、確定申告書や決算報告書に税理士の氏名・連絡先を記載する欄があるため、税務署からは顧問税理士にも連絡が入っているのが通常です。調査の連絡を受けたら、まず顧問税理士に伝えましょう。

ここで注意したいのが、毎月の顧問料には税務調査の立ち会いは含まれないのが一般的だという点です。顧問料は通常、会計データの確認や試算表の作成といった日常的な業務への報酬とされています。税務調査の立ち会いのように普段は発生しない業務を依頼する場合は、別途の費用がかかると考えておきましょう。契約内容によって範囲は異なるため、事前に顧問税理士へ確認しておくと安心です。

税理士費用は「事前準備」「立ち会い」「修正申告」の3段階

税務調査の対応費用は、大きく次の3つの段階に分かれます。それぞれの相場をまとめると、おおよそ以下のとおりです（税理士事務所や事業規模によって幅があります）。

2日間の調査で修正申告まで依頼した場合、事前準備・立ち会い・修正申告を合わせて12万円〜31万円ほどになるケースが多いとされています。規模が大きく調査日数が長引く法人では、総額で30万円〜70万円程度になることもあります。一方、修正すべき点がなく「是認（ぜにん）」で終われば、修正申告の費用はかかりません。

※上記は税理士報酬が自由化されている現在の一般的な目安であり、公的に定められた料金表があるわけではありません。実際の金額は必ず依頼先の見積りでご確認ください。

事前の打ち合わせでかかる費用

税務署から調査の連絡が来てから当日までは、おおむね2週間程度の猶予があります。この期間に税理士と事前の打ち合わせをして当日に臨むのが、一般的な流れです。

事前の打ち合わせでは、帳簿や提出済みの申告書の控えを税理士が細かくチェックします。この段階で処理のミスが見つかることも多く、ミスではなくても「突っ込まれそうな箇所」をあらかじめ洗い出し、聞かれたときの説明の仕方まで整理してくれます。

資料が多い場合や規模の大きな会社では、打ち合わせが2日以上にわたることもあります。費用は1日あたり3万円〜5万円程度が相場です。

このとき大切なのは、税理士が把握していない資料やお金の流れを必ず共有しておくことです。税理士に伝えていない収入・支出を当日に指摘されると、その場での十分な対応が難しくなります。隠さず事前に相談しておくことが、結果的に調査をスムーズに終えるための備えになります。

調査当日以降の対応でかかる費用

調査当日の立ち会い費用も、1日あたり3万円〜5万円が相場です。調査は2日間にわたることが多いため、立ち会いだけで6万円〜10万円程度になるのが一般的です。

規模の大きな会社では2日で終わらず、3日以上かかることもあり、その場合は日数に応じて費用も増えます。逆に、零細企業や個人事業主では半日〜1日で終わるケースも多く、その分費用も抑えられます。

調査の結果、指摘がなかった場合や、指摘に適切に回答して調査官に納得してもらえた場合は、そのまま無事終了です。一方、誤りが確定した場合は修正申告を行う必要があり、その作成を依頼すると10万円〜20万円程度の費用がかかります。これは費用の中で最も高くなりやすい部分ですが、ミスや不正がなければ発生しない費用でもあります。

なお、修正申告にともなって、過少申告加算税や延滞税などの附帯税が別途かかる場合があります。これらは税理士費用とは別に納税者が負担するもので、税率や計算方法は国税庁の最新情報をご確認ください。

「修正申告」に応じる前に知っておきたいこと

調査の終盤で「ここを直して修正申告してください」と促される場面があります。指摘に納得できるのであれば、修正申告に応じて早く終わらせるのが実務的です。ただし、指摘に納得できないまま修正申告に応じるかどうかは、慎重に判断する必要があります。

というのも、再調査の請求や審査請求といった不服申立ての対象になるのは「税務署長等が行った更正などの処分」だからです（国税通則法第75条）。修正申告は納税者自身が申告内容を訂正する手続きであるため、いったん提出すると、その内容について後から争うことは原則としてできません。一方、修正申告に応じず税務署から更正処分を受けた場合は、次のように不服を申し立てる道が残ります。

審査請求は、税務署を経ずに国税不服審判所長へ直接行うこともできます。再調査の請求を先に行った場合は、その決定書謄本の送達を受けた日の翌日から1か月以内に審査請求ができ、裁決にもなお不服があれば、裁決を知った日の翌日から6か月以内に訴訟を提起することも可能です。

もっとも、争う手続きには時間も費用もかかります。「納得できるかどうか」を判断するためにこそ、税務の専門家に同席してもらう意味があります。指摘の根拠となる法令や通達を確認したうえで、応じるべきか争うべきかを一緒に検討してもらいましょう。

そもそも調査を受けにくくする「書面添付制度」という選択肢

費用を考えるうえで、もう一つ知っておきたいのが書面添付制度（税理士法第33条の2）です。これは、税理士が申告書を作成する際に「どの帳簿書類をもとに、どのように計算・整理したか」などを記載した書面を添付する制度です。

この書面が添付されている申告書について税務調査を行おうとする場合、税務署は納税者へ事前通知をする前に、その税理士に意見を述べる機会を与えなければならないとされています（同法第35条の意見聴取）。意見聴取で疑問点が解消し、調査の必要がないと判断されれば、実地の調査に至らないこともあります。

ただし、書面を添付すれば調査を必ず回避できるというものではありません。あくまで、申告内容の説明を事前に尽くす仕組みです。書面添付は税理士にとって責任の重い業務のため、顧問料とは別に作成料がかかるのが一般的ですが、実地調査に至らなければ事前準備や立ち会いの費用そのものが発生しないため、中長期で見ればコストを抑える選択肢になり得ます。依頼している税理士が書面添付に対応しているか、一度確認してみるとよいでしょう。

顧問税理士がいない場合（スポット依頼）

個人事業主や小規模な会社では、顧問税理士を付けていないことも珍しくありません。売上や利益が小さければ調査が入りにくい傾向はありますが、「絶対に入らない」というわけではありません。

顧問契約を結ぶのが難しい場合でも、税務調査のときだけ立ち会いを依頼する「スポット依頼」という方法があります。零細企業や個人事業主であれば、事前の打ち合わせ3万円＋当日の立ち会い3万円の合計6万円程度で済むことも多く、修正申告が必要になっても規模が小さければ10万円程度に収まるケースが一般的です。

なお、税務代理を依頼した税理士は、税務署へ税務代理権限証書を提出します。これが提出されていると、税務署からの連絡や調査の結果説明は税理士を通じて行われるため、依頼するときは提出の有無もあわせて確認しておきましょう。

調査官の指摘に的確に答えられず、想定以上の追徴課税を課されてしまう例もあります。費用を惜しんで自力で乗り切ろうとするより、専門家に同席してもらうほうが、結果的に負担を抑えられることも少なくありません。

税務調査の税理士費用を抑えるためのポイント

最後に、費用をムダに増やさないための実務的なポイントを整理します。

• 日頃から帳簿・領収書を整えておく：資料が整理されているほど事前準備の日数が減り、費用も抑えられます。
• 料金体系を事前に確認する：日当制か一式（パッケージ）か、修正申告は別料金かを依頼前に確認しましょう。「着手金＋成功報酬」型の事務所もあります。
• 修正申告の範囲を確認する：修正申告は本来、納税者自身でも作成できます。高額な修正申告報酬を提示された場合は、内訳を確認すると安心です。
• 追徴課税の交渉実績を確認する：附帯税の軽減や指摘範囲の交渉は税理士の力量によります。元国税調査官（国税OB）など税務調査に強い事務所は、結果的に総負担を抑えられることがあります。
• 平時の備えも比較する：書面添付への対応可否など、調査が始まる前の備えまで含めて相談できる事務所かどうかを見ておきましょう。

よくある質問（FAQ）

Q. 税務調査の費用は経費にできますか？

A. 税理士に支払う立ち会い・申告書作成などの報酬は、原則として事業の必要経費（または損金）として処理できます。一方、追徴された本税や加算税・延滞税などのペナルティは経費になりません。詳しい取り扱いは税理士にご確認ください。

Q. 修正申告は自分でもできますか？

A. 制度上は納税者自身でも可能です。ただし、複数年度・複数税目にわたる修正は計算が複雑で、対応を誤るとかえってペナルティが増えるリスクもあります。不安があれば税理士に依頼するのが無難です。

Q. 指摘に納得できないときも修正申告に応じないといけませんか？

A. 修正申告に応じるかどうかは納税者の判断です。応じずに更正処分を受けた場合は、処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内に再調査の請求または審査請求ができます。逆に修正申告を提出すると、原則としてその内容を後から争うことはできません。判断に迷う場合は、その場で結論を出さず税理士に相談しましょう。

Q. 書面添付を依頼すると費用は増えますか？

A. 書面の作成料が別途かかるのが一般的です。ただし、意見聴取で疑問点が解消して実地調査に至らなければ、事前準備・立ち会いの費用は発生しません。調査を必ず回避できる制度ではありませんが、費用面も含めて税理士に相談してみる価値はあります。

Q. 顧問税理士に立ち会いを断られたら？

A. 顧問契約の範囲外として立ち会いを行わない事務所もあります。その場合は、税務調査の立ち会いに対応しているほかの税理士へスポットで依頼することもできます。

Q. 費用は事業規模でどのくらい変わりますか？

A. 個人事業主・零細企業なら総額10万円前後で収まることが多い一方、調査日数が長引く中小企業では20万円〜30万円程度、規模の大きな法人では30万円〜70万円程度になることもあります。資料の量と調査日数が費用を大きく左右します。

まとめ

税務調査の対応を税理士に依頼する費用は、事業規模と資料の量によって変わります。目安としては、事前の打ち合わせが3万円〜5万円、調査の立ち会いが1日あたり3万円〜5万円、修正申告が必要な場合はそれにプラスして10万円〜20万円程度と考えておくとよいでしょう。

費用はかかりますが、正しく備え、的確に対応することが、結果的に追徴課税やペナルティを最小限に抑えることにつながります。とくに、修正申告を出すと後から争えなくなる点は、その場の判断が結果を左右する重要なポイントです。不安な点は早めに専門家へ相談し、落ち着いて調査に臨みましょう。

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自営業の方必見！確定申告でありがちなミスとは

自営業をされている方は、毎年確定申告をしているでしょう。事業規模が小さい場合には、ご自身で確定申告書を作成している方も少なくありません。

しかし、確定申告のミスが、後の税務調査で見つかるケースは少なくありません。間違いが原因で本来より税額が少なくなっていた場合には、ペナルティ（加算税）が課されることもあるため注意が必要です。ここでは、確定申告でありがちなミスと、その防ぎ方を税務の現場目線で解説します。

必ず数字が一致しているべき箇所がある

自営業者の方には青色申告をしている人が多いでしょう。青色申告では帳簿を付け、貸借対照表や損益計算書を作成します。そのため事業の財務内容や業績が明確になりますが、その反面、確定申告書や青色申告決算書の中には「必ず数字が一致するはずの箇所」がいくつかあり、一致していなければどこかに誤りがあるということになります。一致しないまま提出すると、税務署から問い合わせの連絡が来ることもあります。

• 貸借対照表の期首残高は、前期の期末残高と一致します。一致しない場合は、前期からの繰り越し処理にもれがある可能性があります。
• 貸借対照表の借方合計と貸方合計は一致しなければなりません。一致しない場合は、仕訳入力のミスや必要な処理のもれが疑われます。

特に、一通り作り終えてから一部を訂正したときは要注意です。1か所を直すと、連動して直すべき箇所が出てくることがあります。

また、社会保険料控除では、領収書や控除証明書の金額と確定申告書に記載した金額が一致しているかを確認しましょう。生命保険料控除では、支払った保険料の全額が控除されるわけではなく、控除区分（一般・介護医療・個人年金）と上限額の確認が必要です。1つの保険が複数の控除区分にまたがる場合もあります。

処理方法でよくあるミス

売上や仕入れなどは、発生主義で計上するのが原則です。規模の小さい個人事業主の場合、年明けにまとめて1年分を処理するため「発生主義でも現金主義でも大きく変わらない」と思いがちですが、発生主義なら期末に売掛金や買掛金の残高が出ます。現金主義で記帳するとあるはずの残高がゼロになり、処理方法の誤りを疑われるうえ、所得金額もずれてしまいます（現金主義による記帳は、事前に届出をした一定の小規模事業者に限って認められる特例です）。

そのほか、個人事業主の確定申告でよく見られるのが経費の二重計上です。特に経費をカードと現金の両方で支払っている場合は重複しやすいので注意しましょう。普段の年より経費が多いときは、二重計上がないか見直すことをおすすめします。

消耗品と固定資産（減価償却）の区分に注意

取得価額によって経費にできる方法が変わります。区分を誤ると、本来は数年に分けて費用化すべきものを一度に経費にしてしまうなどのミスにつながります。令和8年度（2026年度）税制改正で、青色申告の中小企業者等が使える「少額減価償却資産の特例」の上限が30万円未満から40万円未満に引き上げられ、適用期限も令和11年（2029年）3月31日まで延長されました（2026年3月31日までに取得した資産は従来どおり30万円未満が対象です）。

※白色申告の方は少額減価償却資産の特例（措法28の2）を使えません。10万円以上の備品などは、一括償却資産（20万円未満）か通常の減価償却で処理します。金額は経理方式（税込・税抜）によって判定が変わる点にも注意してください。なお、この特例は常時使用する従業員数が400人以下の中小企業者等が対象で、青色申告決算書の「減価償却費の計算」の「摘要」欄に「措法28の2」と記載することが適用の条件です。記載もれがあると特例を使えませんので、忘れずに確認しましょう。

チェック項目

• 期首残高が前期末残高と一致しているか
• 貸借対照表の借方合計と貸方合計が一致しているか
• 社会保険料控除の金額が領収書・控除証明書の合計と一致しているか
• 生命保険料控除の控除区分・上限額が正しいか
• 発生主義で記帳しているか（現金主義は届出をした小規模事業者の特例）
• 経費の二重計上はないか
• 消耗品・固定資産の区分は適切か（白色申告は少額減価償却資産の特例を使えない）
• 少額減価償却資産の特例を使う場合、決算書の「摘要」欄に「措法28の2」と書いたか

会社員（給与所得者）でも確定申告が必要な場合

会社員の方でも、医療費控除を受ける際は確定申告が必要です。普段は申告をしないため、間違いも起こりがちです。よくあるのが、1年間にかかった医療費の全額を控除対象にしてしまうケースです。

正しくは、まず支払った医療費から保険金などで補填される金額（高額療養費・入院給付金・出産育児一時金など）を差し引き、そこから10万円（その年の総所得金額等が200万円未満の方は総所得金額等の5%）を差し引いた額が医療費控除額になります（最高200万円）。全額を控除対象にすると控除額が過大になり、過少申告となってしまうので注意しましょう。

市販薬の「セルフメディケーション税制」は医療費控除との選択制

ドラッグストアで対象の市販薬を購入したときに使えるセルフメディケーション税制（医療費控除の特例）も、間違いが起こりやすい制度です。控除額は、対象医薬品の年間購入費（保険金などで補填される部分を除く）から1万2,000円を差し引いた金額（最高8万8,000円）です。健康診断や予防接種など、健康の保持増進・疾病予防のための一定の取組を行っていることが前提となります。

ここで多いのが、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制を両方使ってしまうミスです。この2つはどちらか一方を選ぶ「選択適用」で、併用はできません。医療費が多かった年は通常の医療費控除、医療機関にはあまりかからず市販薬の購入が多かった年はセルフメディケーション税制、というように有利なほうを選びます。対象医薬品の範囲や適用期限は税制改正で見直されているため、購入時のレシートを保管したうえで、最新の対象品目は厚生労働省の公表リストで確認してください。

副業をしている会社員は「所得20万円」が基準

副業をしている会社員の方は要注意です。給与・退職所得以外の所得（収入から必要経費を差し引いた金額）の合計が年間20万円を超える場合は、確定申告が必要です（多くは雑所得として給与所得と合算します）。「収入が20万円」ではなく「所得が20万円」が基準である点に注意してください。最近はインターネットでの副業をする人も増えており、対象になる方が広がっています。所得が20万円を超えるのに申告せず放置していると、ある日突然、税務署から問い合わせが来ることもあります。

ミスに気づいた「タイミング」でペナルティは変わる

申告内容の誤りで納める税金が少なすぎた場合は、修正申告で訂正します。このとき課される過少申告加算税の割合は、いつ修正したかによって変わります。ここが、税務調査の現場でもっとも差がつくポイントです。

さらに、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する年分（令和5年分以降）については、帳簿に関する加重措置があります。調査で帳簿の提示・提出を求められたのに応じなかった場合や、帳簿への売上金額の記載が本来記載すべき金額の2分の1未満だった場合は加算税が10%上乗せ、3分の2未満だった場合は5%上乗せされます。日々の帳簿づけを整えておくこと自体が、ペナルティを軽くする備えになります。

なお、修正申告で新たに納める税金には、納付の日までの延滞税も別途かかります（延滞税の割合は年によって変わるため、国税庁の公式サイトでご確認ください）。また、そもそも期限内に申告していなかった場合は、過少申告加算税ではなく無申告加算税の対象となり、負担はさらに重くなります。

まとめ

確定申告では、一致するはずの数字が一致していなければ、明らかに誤りがあるということです。税理士に依頼せずご自身で作成する場合は、国税庁ホームページの「確定申告書等作成コーナー」を使うのがおすすめです。一致すべき箇所が一致しないと先に進めない仕組みになっており、ミスに気づきやすくなっています。

提出後に誤りに気づいた場合は、税務調査が入る前に自主的に修正申告をしておきましょう。上の表のとおり、調査の事前通知より前に自主的に修正申告をすれば過少申告加算税はかかりません。不安な点があれば、早めに税理士へ相談することをおすすめします。

よくある質問（FAQ）

Q. 少額減価償却資産の特例は誰でも使えますか？

A. 青色申告をしている中小企業者等（常時使用する従業員数400人以下）が対象で、白色申告の方は使えません。対象は取得価額40万円未満（2026年3月31日までの取得は30万円未満）の資産で、年間合計300万円までという上限があります。

Q. 医療費控除とセルフメディケーション税制は両方使えますか？

A. 使えません。どちらか一方を選ぶ選択適用です。両方を合算して申告すると控除額が過大になり、過少申告として指摘される原因になります。医療費の領収書と市販薬のレシートを分けて集計し、有利なほうを選びましょう。

Q. 副業の確定申告は「収入20万円」「所得20万円」どちらが基準ですか？

A. 所得（収入から必要経費を引いた金額）が20万円を超えるかが基準です。会社員で、給与・退職所得以外の所得の合計が年20万円を超える場合に確定申告が必要です。

Q. 税務署から調査の連絡が来た後に気づいた場合はどうなりますか？

A. 事前通知の後でも、調査で更正を予知する前に修正申告をすれば過少申告加算税は5%（一定額を超える部分は10%）にとどまります。調査で指摘されてからの修正は10%（同15%）になるため、連絡を受けた段階で申告内容を早急に見直すことが負担を抑えるうえで有効です。判断に迷う場合は税理士に相談すると安心です。

Q. 申告ミスに後から気づいたらどうすればよいですか？

A. 税務調査の前に、自主的に修正申告をしましょう。早く対応するほど加算税の負担が軽くなります。判断に迷う場合は税理士に相談すると安心です。

※本記事は一般的な解説です。控除額・特例の要件・適用期限などの最新の取り扱いは、国税庁の公式サイトでご確認ください。

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