税務調査の準備｜必要書類・帳簿の保存期間と当日までの段取り

税務調査の準備は、事前通知（調査の前に、日時・税金の種類・期間などを伝える連絡）で伝えられた税目（税金の種類）と期間に合わせて、帳簿や書類をすぐに示せる状態にそろえることが中心です。調査の前に、帳簿データの提出を求められることもあります。整理の途中で申告の誤りに気づいたら、調査の日を待たずに、税務署の担当者か税理士に相談してください。

この記事は、国税庁の「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」や「税務調査等における帳簿等データの提出依頼に関する取組等について」などをもとに、2026年11月14日現在の内容で書いています。

そろえる範囲は、事前通知で伝えられた税目と期間

事前通知では、対象の税目、対象の期間、対象となる帳簿書類などが伝えられます（国税通則法74条の9）。何年分を調べるかは、この通知で伝えられた期間が基準です。通常は何年分さかのぼるのかは、国税庁の資料には示されていません。

伝えられた期間の調査に必要なら、それ以外の年分の帳簿も確認されることがあります。たとえば、ある年の減価償却費が正しいかを見るために、その資産を取得した年の書類を確認する場合です（FAQ問9）。

なお、法律で税務署が税額を直せる期間は、原則として法定申告期限（本来の申告期限）から5年、事実を隠したり偽ったりした場合は7年です。

連絡が来てから当日までの段取り

事前通知から調査の初日までにやることを、表にしました。通知から調査までの日数は、何日前と決まっているわけではありません（FAQ問13）。

電話で伝えられた内容は、便利ツールの聞き取りメモで11項目を順に書き留められます。日程の相談のしかたは連絡が来た直後にやることで説明しています。

用意する書類の例

対象となる帳簿書類は、事前通知で伝えられます。次の一覧は書類の例で、国税庁が示しているものではありません。事業の形や税目によって、必要な書類は変わります。

• 総勘定元帳、仕訳帳、現金出納帳などの帳簿
• 売上の書類（見積書・納品書・請求書の控え・領収書の控え・契約書）
• 仕入れや経費の書類（受け取った請求書・領収書・在庫の記録）
• 事業で使っている預金の通帳
• 借入れの契約書
• 賃金台帳、源泉徴収簿、扶養控除等申告書などの給与の書類
• 法人の場合は、株主総会・取締役会の議事録
• 会計ソフトやクラウドに保存しているデータ

そろえたら、請求書・領収書・通帳の記録と帳簿を突き合わせ、計上の漏れや二重計上がないかを見直します。誤りが見つかった場合の進め方は、下の「準備の途中で誤りに気づいたら」で説明します。

領収書が見つからないとき

領収書や請求書が見つからない場合は、通帳、カードの明細、取引先の書類など、残っている資料をもとに、実際の取引を確かめられるよう整理します。あとから書類を作ったり、内容を書き換えたりしてはいけません。

事実を隠したり偽ったりして申告していた場合や、申告をしていなかった場合は、帳簿書類などで取引と金額が明らかなものなどを除き、経費として認められない定めがあります（所得税法45条、法人税法55条）。

帳簿や書類を捨てたり書き換えたりすることは、重加算税の対象になり得ます。重加算税は、事実を隠したり偽ったりした場合に、ほかの加算税に代えてかかる税金です（国税庁「申告所得税及び復興特別所得税の重加算税の取扱いについて」）。

帳簿データの提出を、調査の前に求められることがある

国税庁は、実地の調査（自宅や事務所を訪れて行う調査）を予定している場合に、調査の前に帳簿などのデータの提出を依頼する取組を行っています。依頼は原則として事前通知のあとです。日程の調整に時間がかかる場合などは、事前通知より前に依頼することもあるとされています（帳簿等データの提出依頼Q&A 問1・2）。

この依頼は、承諾を得て行うものとされています。応じなかったことだけで、罰則が適用されることはありません。ただし、正当な理由なく応じない場合は、国税通則法128条の罰則の対象になりうる、とも説明されています（同Q&A 問5）。

事前にデータを出したことだけで、加算税の率が高い「調査で指摘を受けたあと」の扱いになることはない、とされています。どの扱いになるかは、個々の事実関係によって判断されます（同Q&A 問8）。

提出したデータのうち、課税処分の証拠として必要なものは、通常7年の保存期間が設けられ、そのあと消去されます。調査で把握された情報は、ほかの調査や行政指導に使われることがあります。データを出す際には、税務署での取扱いについて説明があります（同Q&A 問10・12）。

会計ソフトのデータの見せ方と出し方

当日、データを「提示」するときは、画面に表示して、担当者が見られる状態にします。「提出」の方法は、印刷して渡す、担当者が持ってきた記録媒体にコピーする、e-Tax・オンラインストレージ・メールで送る、のいずれかです。メールなどのオンラインの手段を使うのは、税務署と双方が合意した場合だけです（FAQ問5）。

総勘定元帳や仕訳帳をCSVなどのファイルで書き出せるかは、当日までに試してください。データは、担当者から案内された方法と送り先にだけ送ってください。税務署を名乗る不審な連絡の見分け方は税務調査のトラブルと対応で説明しています。

売上の帳簿を示さなかった場合の罰則と加算税

調査は、納税者の承諾を得て行う運用です。ただし、帳簿書類を見せるよう求められて正当な理由なく応じなかったり、偽りの記載をした帳簿を出したりすると、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金という罰則があります（国税通則法128条、FAQ問3）。

加算税（追加の税額に上乗せされる税金）にも影響します。調査で売上の帳簿の提示・提出を求められて応じなかった場合や、帳簿に書いた売上が本来の2分の1に満たない場合は、過少申告加算税・無申告加算税の率が10％上がります。3分の2に満たない場合は5％です。

この上乗せは、令和6年1月1日以後に法定申告期限が来る分（所得税なら令和5年分以降）が対象です（国税庁 タックスアンサーNo.2026・No.2024）。

上乗せの判定では、日々の合計だけを書いたノートや月ごとのメモは、原則として帳簿と認められません。請求書の控えなどと合わせて個々の取引が分かる場合や、日付順に整理した請求書の控えは、帳簿として扱われます。災害、システム障害、入院など、本人の責任でない事情がある場合は、上乗せは適用されません（国税庁「帳簿の提出がない場合等の加算税の加重措置に関するQ&A」問9・10・14）。

準備の途中で誤りに気づいたら

加算税の率は、修正申告（申告を直すこと）や期限後申告（期限のあとに出す申告）を出した時期で変わります。期限内に申告していた場合は過少申告加算税、期限までに申告していなかった場合は無申告加算税の列を見てください。

「調査の通知」は、実地の調査を行うこと・対象の税目・対象の期間を伝えられることで、日程を相談する電話の時点で行われます。

表の下の2行では、税額が大きい部分に率が加わります。過少申告加算税は、期限内に申告した税額と50万円の多いほうを超える部分に、5％が加わります。無申告加算税は、50万円を超える部分に5％、300万円を超える部分に15％が加わります。

300万円を超える部分の率は、令和6年1月1日以後に法定申告期限が来る分（所得税なら令和5年分以降）に適用されます（国税庁 タックスアンサーNo.2026・No.2024、令和8年4月1日現在法令等）。事実を隠したり偽ったりした場合は、これらに代えて重加算税（35％または40％）がかかります（税務大学校講本「国税通則法（基礎編）」令和8年度版）。

実地の調査が始まったあとの申告は、原則として「調査で指摘を受けたあと」の扱いです。日時の連絡を受けただけの段階で、自分から出した修正申告は、原則として「通知のあと・指摘の前」の扱いです。訪問の前でも、取引先への調査や具体的な誤りの指摘があったあとは、原則として「調査で指摘を受けたあと」の扱いになります。どちらに当たるかは、個々の事実関係によって判断されます。

どの時期でも、延滞税（納付が遅れた日数に応じてかかる税金）は別にかかります。誤りに気づいたら、調査の日を待たずに、税務署の担当者か税理士に伝えて、修正申告の進め方を相談してください。

率と計算のしかたは結果の説明・修正申告・加算税と延滞税で説明しています。おおよその額は、便利ツールの追徴額の目安で計算できます。

帳簿・書類の保存期間

事業の帳簿と書類は、決められた期間、保存する必要があります。所得税の申告が要らない人でも、事業所得・不動産所得・山林所得があれば、記帳と保存の対象です（国税庁「個人で事業を行っている方の記帳・帳簿等の保存について」）。

出典は、国税庁のタックスアンサーNo.2080（白色申告）、No.2070（青色申告）、No.5930（法人）、No.6496（消費税）です（いずれも令和8年4月1日現在法令等）。

消費税では、帳簿と請求書などを保存していない仕入れについては、仕入れにかかった消費税を差し引くこと（仕入税額控除）ができません。災害などやむを得ない事情を証明した場合は除かれます（消費税法30条）。

電子取引のデータ

請求書や領収書をメールやクラウドで受け取った場合は、電子帳簿保存法の定めに沿ってデータを保存します。基準期間の売上高が5,000万円以下で、税務職員からデータのダウンロードを求められたときに応じられるようにしていれば、検索機能の確保は不要とされています（国税庁「電子帳簿保存法一問一答（電子取引関係）」問19・25）。

電子データを削除したり書き換えたりして、事実を隠したり偽ったりした場合は、重加算税が10％上乗せされます（同 問64・65）。

次に読むページ

準備の手順は調査の日までに準備すること、当日の流れは税務調査の当日に行われること、全体の流れは税務調査の流れで確認できます。帳簿がない場合の扱いは推計課税とはで説明しています。

税制や手続は改正されることがあります。この記事は2026年11月14日現在の国税庁の資料にもとづいています。