税務調査（任意調査）は、電話による事前通知と日程調整から始まり、帳簿書類の準備、通常2日程度の調査当日、結果の説明、修正申告または更正の順に進みます。結果に納得できなければ、不服申立てで争うこともできます。各段階の手続は国税通則法に定められているため、電話を受けた時点で、この先に何が起きるかをおおよそ見通せます。

2026年7月には国税庁の「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」が一部改訂され、電子データの提出方法や、事前通知を税理士に届けてもらう手続の説明が更新されました。以下の内容は、この改訂版にもとづいています。

税務調査は事前通知から不服申立てまで7つの段階で進む

全体の流れと、それぞれの根拠になる条文を表にすると次のようになります。

1.事前通知は電話で届き、日程は相談できる

税務調査を行う場合は、原則として電話による事前通知があります。指定された日程の都合が悪いときは、変更を申し出られます。

事前通知なしで調査が始まることもありますが、法律で定められた要件にあたる場合に限られます（後述）。多くの調査は、事前の連絡と日程調整から始まります。

事前通知で伝えられる内容は、国税通則法74条の9第1項と同法施行令30条の4に列挙されています。実地の調査を行う旨、調査を開始する日時と場所、対象となる税目・課税期間、調査の目的、対象となる帳簿書類などが、電話で口頭により伝えられます。

国税庁は、事前通知の方法は法令上規定されておらず、原則として電話で行うと説明しています。希望しても通知内容を記載した書面は交付されません。聞き取った税目・期間・日時をその場でメモに残せば、税理士にも正確に伝えられます。

「なぜ自分のところに調査が来るのか」という理由は説明されません。法令上、通知すべき事項は調査の目的（提出された申告書の記載内容を確認するため、など）までで、実地の調査を行う理由は含まれていないためです。

通知の時期を「何日前まで」と定めた規定はなく、準備ができるよう相当の時間的余裕を置いて通知する運用です。変更の申出に決まった様式はなく、口頭で伝えるだけで構いません。入院や親族の葬儀、業務上やむを得ない事情があれば、調整に応じてもらえます。

事前通知は顧問税理士だけに届けてもらうこともできる

顧問税理士がいる場合は、事前通知を税理士だけに届けてもらうこともできます。国税通則法74条の9第5項にもとづく取扱いで、平成26年7月1日以後に行われる事前通知が対象です。

そのためには、税理士が税務署に提出する税務代理権限証書に、事前通知についての納税者の同意を記載しておく必要があります。同意の記載がなければ、納税者と税理士の両方に通知が届きます。

税理士が複数いる場合、その中から代表する税理士を決めておけば、事前通知はその1人にすれば足りると定められています（同条第6項）。法人税と相続税で担当の税理士が違う場合などに関係する規定です。

税理士に届いた通知も、過少申告加算税の割合を分ける「調査通知」に含まれます。社長本人が電話を受けていなくても、税理士に通知が届いた後の修正申告には、加算税がかかる場合があります。

2.事前準備は通知された税目・課税期間に合わせる

事前通知で示された目的・税目・課税期間に従って、総勘定元帳や請求書・領収書、預金通帳、契約書などを準備します。顧問税理士がいる場合は、通知の内容をすぐに共有して、準備する書類の範囲を相談しましょう。

準備では、通知された税目と課税期間に対応する年度分をひとまとめにしておきます。当日になって別の場所から探し出すと、その分だけ調査が長引くからです。

帳簿書類等の提示・提出の求めに正当な理由なく応じなかったり、偽りの記載をした帳簿を提示したりした場合には、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金という罰則の定めがあります（国税通則法128条）。

もっとも国税庁は、罰則を科すことを目的に強制的に検査を行うことは考えておらず、趣旨を説明したうえで納税者の承諾を得て行うとしています。過度に身構える必要はありませんが、帳簿を見せないという対応は取れません。

帳簿を出せないと、追加で納める税金の加算税も重くなります。令和6年1月1日以後に法定申告期限が来る分（所得税なら令和5年分以降）から、調査で帳簿の提示・提出を求められて応じなかった場合、過少申告加算税・無申告加算税に10%が上乗せされます。

帳簿はあっても売上の記載が本来の金額の2分の1未満なら同じく10%、3分の2未満なら5%の上乗せです（国税庁タックスアンサーNo.2026 確定申告を間違えたとき）。売上の記帳が追いついていない個人事業主は、通知を受けた段階で整理を始めてください。

帳簿書類が電子データで保存されている場合は、画面に表示して確認してもらう方法のほか、プリントアウトを渡す、e-Taxやオンラインストレージサービス、メールで提出する、といった方法が国税庁のFAQに示されています。会計ソフトやクラウドで帳簿を管理しているなら、当日どの端末で誰が画面を出すかを決めておくと、待ち時間が減ります。

事前通知のあと・調査の前に誤りに気づいたら

準備の途中で申告の誤りに気づくこともあります。その場合、調査の通知を受けた後でも、更正を予知する前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税は5%（新たに納める税額のうち、当初の申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分は10%）で済みます。

調査で指摘を受けてから修正する場合は原則10%（同様の超過部分は15%）です。調査の通知より前に自主的に修正申告した場合は、過少申告加算税はかかりません。いずれの場合も延滞税は別にかかることがあるため、気づいた誤りは早めに税理士に相談して正すほうが負担を抑えられます。

3.税務調査当日【1日目】は会社概況の聞き取りから

中小企業の税務調査は、2日間かけて行われることが多いです。1日目は午前10時ごろに調査官が到着し、身分証明書の提示があってから始まります。午前中は業務内容や取引先など会社概況の聞き取り、午後から帳簿の確認に入るのが通例です。

午前中の聞き取りは雑談のように進むこともありますが、事業の実態をつかむための質問検査の一部です。調査官から「この外注先とはどんな取引ですか」と聞かれたら、分かる範囲で事実を答え、分からないことは「確認してから回答します」と伝えて構いません。推測で答えると、後で説明が食い違う原因になります。

4.税務調査当日【2日目】と書類の「留置き」

2日目は1日目の確認を続け、問題点があれば口頭で質問や指摘を受けます。必要な資料がその場になければ、後日の提出を求められます。2日間で確認が終わらないときは、書類を預かりたいと言われることもあります。

この預かりは留置きと呼ばれる手続です（国税通則法74条の7）。国税庁は、留置きは納税者の理解と協力の下、その承諾を得て行うもので、一方的に留め置くことはないとしています。預ける際は預り証の記載を確認し、業務で使う書類は手元にコピーを残しておきましょう。

留め置く必要がなくなれば、書類は遅滞なく返還されます。返還を求めても待つよう言われ、その理由に納得できない場合は、税務署長への再調査の請求か、国税不服審判所長への審査請求を申し立てることができます（留置きを行っている職員が税務署所属の場合）。

5.調査終了時は「是認」か「調査結果の説明」

調査が終わると、調査官から結果の説明があります。指摘事項がなければ申告是認となり、更正決定等をすべきと認められない旨が書面で通知されます（国税通則法74条の11第1項）。指摘事項があれば、修正申告を勧められます。

調査結果の説明は原則として口頭です。項目ごとの金額をまとめた資料を示されることはありますが、要望しても説明内容を書いた書面は交付されません。指摘された項目・金額・理由は、その場で自分でも書き留めてください。

令和6年4月以降、税務代理権限証書には「調査の終了の際の手続に関する同意」の欄があります。ここに同意を記載しておけば、調査結果の説明や修正申告の勧奨を税理士に対してだけ行ってもらえます。事前通知の同意と合わせて記載しておけば、通知から終了まで税理士が窓口になります。

6.修正申告・追加納税は内容に納得してから

指摘に納得できれば修正申告書を提出し、納得できなければ税務署の更正を待ちます。更正の内容に合意するなら不足分の税額を納め、合意できなければ不服申立てを行います。

修正申告の勧奨に応じるかどうかは、納税者の任意です。国税庁も、勧奨に応じなかったことで、応じた場合より不利な取扱いを受けることは基本的にないとしています。

一方で、自ら修正申告書を提出すると、その内容について不服申立てはできなくなります。自分の申告であって、税務署の処分ではないためです。後から誤りに気づいた場合は、期間内であれば更正の請求ができます。納得できない点があるなら、その場で決めずに持ち帰り、税理士と検討してから判断しても遅くはありません。

7.不服申立ての期限は原則3か月以内

更正処分に納得できない場合の申立先と期限は、下の表のとおりです。期限を過ぎると、その処分は争えなくなります。通知書を受け取った日付は必ず控えておいてください。

手続の詳細は国税不服審判所「不服申立手続等」に案内があります。修正申告や更正で不足していた税額を納めるときは、内容に応じて過少申告加算税・無申告加算税・重加算税などの加算税と、納付が遅れた期間に応じた延滞税がかかることがあります。

どの対応がペナルティを重くするのかは、税務調査でやってはいけない対応と加算税・延滞税の早見の記事で紹介しています。調査に対応できる税理士がいれば、立会いと指摘事項への反論・折衝を任せることもできます。

税務調査に強い税理士事務所の一覧

初めての税務調査で知っておきたい選ばれ方と確認されやすい項目

税務調査は、納めるべき税金が適正に納められているかを確かめるために行われます。いつ対象になるかは事前に分からず、来月電話が来ることもあれば、長く連絡がないこともあります。

調査対象は、税務署が申告内容や過去の調査結果などをもとに選びます。黒字が続いている会社、売上や利益が急に伸びた会社、多額の退職金や貸倒れなど一時的な経費が大きく出た会社は、申告内容を確認する必要が高いと判断されがちです。

赤字だから対象にならない、というわけでもありません。対象になりやすい会社・業種の傾向は、税務調査で狙われる理由と業種データの記事で解説しています。

調査で最初に確認されやすいのは、売上計上の金額と、その計上時期です。交際費や在庫、実態のない人件費が計上されていないかも、時間をかけて確認されます。

日頃からの備えは、法律にもとづいた正確な処理と、それを裏付ける証拠の保存に尽きます。取引先と食事をしたなら、領収書に相手の会社名や氏名を書き添えて保管する。そうした習慣が、調査の場での説明をそのまま支えます。

無予告調査は国税通則法74条の10の要件にあたるときだけ

事前通知を省略できるのは法令解釈通達が示す場合に限られる

通常、税務調査は事前に通知があり、予定した日時に行われます。ただ、通知をせずに調査に入ることが認められている場合があり、これが無予告調査です。現金商売の個人事業主が対象になることが多いといわれますが、法人に入ることもあります。

要件は国税通則法第74条の10（事前通知を要しない場合）に定められています。法令解釈通達では、事前通知をすると帳簿書類などを破棄・移動・隠匿・改ざんすることが合理的に推認される場合や、従業員や取引先にそうした行為を頼むことが合理的に推認される場合が例に挙げられています。

電話などで相当の努力をして事前通知をしようとしたのに応答がなかった場合も、例として示されています。一方で、不特定多数との現金決済をしていることだけでは、事前通知を要しない場合にあたらないとも明記されています。現金商売だから必ず無予告、というわけではありません。

無予告調査を受けたら税目・期間・目的を確かめる

無予告調査でも、調査の対象となる税目・課税期間や調査の目的は、臨場後すみやかに説明される運用です。まずその説明を聞き取り、メモに残すところから対応が始まります。

国税庁は、事前通知を行わなかった理由までは説明しないとしています。理由を尋ねることはできますが、具体的な回答がなくても手続として不適切とはいえません。

また、事前通知が行われなかったこと自体を不服申立ての対象にすることはできません。それ自体が不服申立てのできる処分にはあたらないためです。理由をめぐって押し問答を続けるより、税目・期間・目的を確認し、すぐに税理士へ連絡するほうが話が進みます。

無予告調査に落ち着いて対応するための準備と当日の動き方

経営者と税理士で無予告調査の対応を決めておく

突然の訪問に備えて、経営者と税理士の間で、無予告調査が入ったときの動き方を決めておきましょう。顧問税理士から説明がなければ、自分から尋ねて、連絡方法と、調査官に待ってもらうときの伝え方をあらかじめ決めておくと、当日の判断が早くなります。

調査官が来たらすぐに税理士に連絡する

調査官が訪れたら、身分証明書で所属と氏名を確認し、税務調査だと分かった時点で税理士に連絡します。税務代理権限証書を提出している税理士は、調査に立ち会うことができます。

調査そのものは拒めませんが、「税理士に連絡したので到着を待ってほしい」と相談すること自体は問題ありません。感情的にならず、事情を落ち着いて伝えれば十分です。

税理士以外の第三者の立会いは、原則として認められません。記帳補助者であっても、調査担当者の守秘義務との関係で断られるのが原則です（記帳事務を全般的に担当していて、調査を円滑に進めるために必要と認められた範囲では同席できる場合があります）。当日の場面ごとの注意点は、税務調査のトラブルと対応（無予告・反面調査）の記事で解説しています。

「今までは大丈夫だった」は説明にならない

前回の調査で指摘されなかった処理を今回指摘されると、「今までこれで何も言われなかった」と言いたくなるものです。しかし、前回指摘がなかったことは、今回の処理が正しい根拠にはなりません。調査官が求めているのは、根拠となる資料と考え方による説明です。

帳簿のコピーや預かりを求められたら範囲を確認する

資料の提示・提出や預かりは、必要があれば調査官が求めることが法律で認められています。ただし前述のとおり、留置きは納税者の承諾を得て行われ、一方的に持ち去られることはありません。必要性の説明を受けたうえで、預ける範囲を確認してください。

預けた書類は、留め置く必要がなくなれば遅滞なく返されます。後で内容を確認できるよう、自分の側でもコピーを取ってから渡せば、返還までの間も業務を止めずに済みます。

無予告調査は断れないが、日程の相談はできる

無予告調査そのものを拒否することはできません。質問に正当な理由なく答えなかったり、偽りの答弁をしたり、偽りの資料を出したりすると、罰則の対象になり得ます。

とはいえ、訪問の日にどうしても外せない打ち合わせや用事が入っていることもあります。調査自体は断れなくても、事情を説明して日程を相談することはできます。

調査の内容は時系列で記録する

いつ・誰が・何を確認し・何を指摘したかを時系列で書き残しておけば、後で税理士と検討するときや、見解が分かれたときに、事実関係をすぐに示せます。

手続全般の根拠は、国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」で確認できます。

税務調査に強い税理士事務所の一覧

※本記事は、国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」（令和8年7月改訂）、法令解釈通達、タックスアンサー（令和8年4月1日現在法令等）、国税不服審判所の案内をもとに、2026年10月時点の内容で書いています。税制は毎年のように改正されます。手続や加算税の個別の判断は、国税庁の最新情報や税理士への相談で確かめてください。