はじめての税務調査は、税務署からの電話による事前通知で始まり、通知された税目と課税期間の帳簿・書類をそろえたうえで、現地での調査に2日ほど対応するのが基本の流れです。調査官の質問に事実で答えられるよう、帳簿とその裏付けになる書類をすぐ取り出せる状態にしておくことが準備の中心で、特別なテクニックはほとんど要りません。
2026年10月からは、免税事業者からの仕入れに使える控除割合が80％から70％に下がり、税務署の総合窓口の受付時間も原則午前9時から午後3時までに変わりました。
知っておくと役に立つ税務調査の基礎知識
税務調査は毎年のように来るものではありません。しばらく調査がないと備えを忘れがちで、一度も調査を受けたことがない事業者もいます。
実地調査の件数は減り、1件あたりの追徴税額は増えている
国税庁は税務調査の実績を毎年公表しており、2026年10月時点で最新なのは令和6事務年度（2024年7月〜2025年6月。2025年12月公表）の数字です。主な区分の実地調査は、次の表のようになっています。
| 調査の区分 | 実地調査の件数 | 追徴税額（1件あたり） |
|---|---|---|
| 法人税・消費税（法人） | 約5万4千件（前年比▲7.4％） | 3,407億円（約634万円） |
| 源泉所得税等 | 約6万4千件（同▲6.7％） | 404億円（約63万円） |
| 所得税（個人） | 約4万7千件 | 1,132億円（約241万円） |
| 消費税（個人事業者） | 約2万8千件 | 355億円（約127万円） |
実地調査の件数は減っている一方で、法人税・消費税の追徴税額3,407億円は直近10年で最も高く、調査1件あたりでも前年から15.4％増えました。国税庁はAIを使って申告書や資料情報を分析し、調査の必要度が高い法人を選んでいると説明しており、件数を絞って1件ごとに深く調べる傾向がうかがえます（出典：国税庁令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要）。
税務署からの連絡は、実地調査より書面や電話での確認が多い
調査官が事務所へ来る実地調査のほかに、文書での照会や電話、税務署への来署依頼で申告内容の見直しを求める簡易な接触という方法があります。所得税では令和6事務年度に68万9千件（前事務年度は55万8千件）と大きく増え、法人税・消費税でも8万5千件（前年比＋13.4％）でした。
税務署からの連絡がすべて実地調査につながるわけではなく、件数では書面や電話による確認のほうがはるかに多いことが分かります。最初の連絡で慌てず、まず何を求められているのかを確認してから対応を決めてください（出典：国税庁令和6事務年度における所得税及び消費税調査等の状況）。
任意調査でも、正当な理由なく拒めば罰則がある
税務調査とは、税務署や国税局が、帳簿が正しく付けられ申告内容に誤りがないかを調べる調査です。裁判所の令状にもとづく強制調査と、納税者の同意を得て行う任意調査があり、一般に税務調査と呼ぶのは任意調査のほうで、誤りが見つかれば修正申告などを求められます。
任意調査は令状による調査とは違いますが、調査官の質問検査権にもとづいて行われます。正当な理由なく質問に答えなかったり、帳簿書類の提示・提出に応じなかったりした場合には、1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金が定められています。任意という言葉は、断ってよいという意味ではありません。
調査は事前通知から始まり、臨場、結果の説明へと進む
税務調査は事前通知から始まるのが基本で、通知は原則として電話で行われます。実地の調査を行う旨、調査を始める日時と場所、対象の税目と課税期間、調査の目的などが伝えられます。メモを取りながら聞き、不明な点はその場で質問すれば、準備の段取りを無駄なく組めます。
事前通知を何日前に行うかは法令で決まっていませんが、国税庁は調査開始日までに準備ができるよう相当の時間的余裕を置くとしています。決算や申告の繁忙期、入院、親族の葬儀など合理的な理由があれば日時の変更を申し出られます。決まった様式はなく、口頭で担当者に伝えれば手続きとしては十分です。
中小企業や個人事業主の場合、現地での調査は2日程度が一つの目安ですが、その後の資料確認や追加のやりとりに数週間から数か月かかることもあります。申告内容や過去の調査結果から、事前通知をすると正確な事実の把握が難しいと判断された場合には、通知なしで臨場することもあります。
事前の準備は、過去3年分の帳簿と裏付け書類が中心
調査が決まったら、総勘定元帳・契約書・請求書や領収書・通帳・給与関係の書類などを、少なくとも過去3年分そろえます。実際の調査は直近3期分を中心に確認されることが多いものの、法律上は原則5年（偽りその他不正の行為があった場合は7年）までさかのぼって課税処分ができるため、古い年度の資料も取り出せるようにしておきます。
通知された年分より前の書類を求められることもあります。たとえば通知された年度の減価償却費を確認するために、資産を取得した年度の契約書が必要になる場合で、これは通知された年度の調査に必要な範囲の確認です。ほかの年度に誤りが疑われる事実が出てきたときは、説明を受けたうえで調査対象が追加されることもあります。
帳簿書類の保存期間は、法人は原則7年で、青色申告書を提出した事業年度で欠損金額が生じた場合などは10年です。個人事業者は帳簿が原則7年（前々年分の事業所得・不動産所得が300万円以下の方は5年）で、書類の種類によって5年のものもあり、インボイスに関する帳簿・請求書等は7年です。
書類ごとの保存年数は、税務調査の事前準備と帳簿の保存期間の記事で一覧にしています。処理の誤りに自分で気づいた場合は、調査の通知を受ける前に修正申告をすれば過少申告加算税はかからず、通知の後でも更正を予知する前なら軽い割合で済みます。
電子帳簿保存法により、2024年1月以降に行った電子取引のデータ（メールやWebで受け取った請求書・領収書など）は、電子データのまま保存するのが原則で、紙に印刷しただけでは要件を満たしません。調査の際に画面で確認でき、出力した書面を渡せる状態にしておくことが求められます。
要件どおりに保存できなかったことに相当の理由があると所轄税務署長が認めた場合には猶予措置があります。調査の際にデータのダウンロードの求めと出力書面の提示・提出に応じられれば、改ざん防止や検索機能の要件を満たさなくても保存しておくだけでよいとされています。あくまで例外なので、日頃の保存方法を一度見直しておいてください。
免税事業者からの仕入れは、2026年10月から70％控除に
消費税の帳簿では、インボイス発行事業者以外（免税事業者など）からの仕入れに使える経過措置の改正に、とくに注意が必要です。令和8年度の税制改正で、それまでの8割控除は7割・5割・3割控除へ段階的に見直され、2026年10月1日以後の課税仕入れから控除できる割合は70％になりました。
| 課税仕入れを行った時期 | 控除できる割合 | 備考 |
|---|---|---|
| 2023年10月〜2026年9月 | 80％ | 改正前からの割合 |
| 2026年10月〜2028年9月 | 70％ | 現在の割合（改正で新設） |
| 2028年10月〜2030年9月 | 50％ | 改正で2年延長 |
| 2030年10月〜2031年9月 | 30％ | 改正で新設 |
| 2031年10月以降 | 0％ | 経過措置の終了 |
どちらの割合になるかは課税仕入れを行った日で判断するため、9月と10月にまたがる請求は月ごとに割合が分かれ、調査でもこの切り替えをまたぐ取引の処理はよく確認されます。帳簿に経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を書くときも、時期に応じた割合で記録してください（出典：国税庁インボイス制度に関する令和8年度税制改正）。
同じ事業者からの課税仕入れの合計額がその年または事業年度で1億円（改正前は10億円）を超える場合、超えた部分にはこの経過措置を使えなくなりました。限度額の見直しは2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されるため、暦年が課税期間の個人事業者は2027年分から、3月決算の法人は2027年4月に始まる事業年度からが対象です。
売り手側の2割特例は、2026年9月30日を含む課税期間で終わります。個人事業者は2026年分の申告が最後で、2027年分と2028年分は条件を満たせば新しくできた3割特例を使えます。来年の申告に向けて、自分がどちらに当たるのかを早めに確かめておきましょう。
当日に質問されやすいのは、売上・外注費・人件費
税務調査で重点的に確認される点は、だいたい決まっています。売上の計上時期のずれ、交際費、在庫の金額、人件費、外注費、関連会社との取引などで、数字の操作や公私の混同が起きやすい箇所が中心です。調査官から「この外注先とはどんな契約ですか」と聞かれたら、契約書と請求書、作業の記録を順に示せるようにしておきます。
国税庁の公表資料でも、AIが想定した不正パターン（売上・原価・経費）を手がかりに、売上伝票を捨てて現金売上を除いていた例や、架空の外注費・人件費を計上していた例が紹介されています。よく問題になる論点は調査官もあらかじめ想定して来るので、根拠の資料で説明できるようにしておくことが最も確かな備えです。
調査後の修正申告に応じるかどうかは、納税者が決められる
現地での調査が終わっても、調査官が資料を持ち帰って確認し、追加の資料を求めることがあります。結果の説明で申告是認となればそこで終わり、誤りがあると認められた場合は調査担当者から修正申告の勧奨を受けますが、応じるかどうかは納税者の任意で、応じないことで不利な扱いを受けることは基本的にありません。
自分で修正申告書を出すと、その内容について後から不服申立てはできなくなります（更正の請求は法定の期間内なら可能です）。納得できない論点が残っているなら、その場で署名せずに持ち帰り、税理士と相談してから返事をしてください。
修正申告書を税務署へ持参する場合、2026年10月1日から全ての税務署で総合窓口の受付時間が原則として午前9時から午後3時までになりました（開庁時間の午前8時30分から午後5時は変わりません）。e-Taxや郵送、時間外収受箱への投函なら受付時間に関係なく提出できます（出典：国税庁令和8年10月1日からの税務署総合窓口の受付時間について）。
本税のほかに納める加算税と延滞税の割合や計算の考え方は、税務調査後の追加納税と加算税・延滞税の記事で解説しています。指摘にどうしても納得できない場合の再調査の請求と審査請求は、不服申立ての期限と出し方の記事で確認できます。
調査の時期は秋から年末に集まりやすい
調査の時期は決まっておらず、いつでも入る可能性がありますが、一般に毎年9月から11月が税務調査の多い時期だと言われます。税務署の事務年度は7月から翌年6月までで、7月の人事異動のあと体制が整う秋から、確定申告や決算で忙しくなる前の年末にかけて調査が動きやすいためです。
国税庁が「この時期に調査を行う」と公表しているわけではないので、時期だけで安心はできません。調査事績の集計期間もこの7月から翌年6月までの区切りで、上の表の令和6事務年度は2025年12月に公表されました。
不正が見つかりやすいのは、現金を扱う業種
税務署は限られた人数で調査を行うため、黒字の企業や利益が伸びている企業、現金を直接扱う業種などに的を絞ることが多いと考えられます。公表データでは、令和6事務年度の法人税調査で不正発見割合が高かった業種は、バー・クラブ（62.3％）、その他の飲食（45.2％）、外国料理（40.2％）、美容（34.5％）、大衆酒場・小料理（34.4％）でした。
個人事業者では、1件あたりの申告漏れ所得金額が高い業種としてキャバクラ（4,164万円）と眼科医（3,894万円）が上位に並びます。続いてホステス・ホスト（2,968万円）、経営コンサルタント（2,734万円）、太陽光発電（2,142万円）が挙げられています。
一覧に載っていない業種なら調査が来ない、という話でもありません。暗号資産（仮想通貨）の取引やネット通販・アフィリエイトなど、インターネットを介した取引を行う個人への調査も強められています。暗号資産等取引を行う個人への実地調査は令和6事務年度に613件で、1件あたりの追徴税額は745万円でした。
どの業種でも、売上を正しく計上し、経費の根拠を説明できるようにしておくことに変わりはありません。
確定申告でありがちなミス
自分で確定申告書を作っている個人事業主の場合、計上漏れや経費の区分の誤りといった申告のミスが、税務調査で見つかることがよくあります。本来より税額が少なくなっていれば加算税がかかることもあるため、毎年の申告の段階で誤りを減らしておけば、調査で指摘される点も減ります。
税務代理を頼んでいれば、事前通知は税理士に届く
不正をしていなくても、調査で誤りを指摘されて追徴課税につながることは珍しくないため、税理士に立会いを頼む事業者は多くいます。顧問税理士がいない場合も、調査の通知を受けてから依頼でき、税務代理を引き受けた税理士が税務代理権限証書を出せば税理士が窓口になります。ただ、調査日が近いほど資料を確認する時間は短くなるので、通知を受けたらすぐ相談してください。
税務代理権限証書に同意を書いておけば、事前通知は税理士に対して行われ、調査結果の説明も税理士だけに行ってもらえます。顧問税理士がいる場合は、この同意欄の記載を一度見直しておけば、調査のやりとりが税理士経由で早く進みます。
トラブルは、すべてに即答しようとして起きやすい
突然の訪問で準備が整っていないと、動揺したり、疑われていると感じたりして、調査官との間でトラブルになることがあります。調査官が来ても、その場ですべてに即答したり求められるまま書類を出したりする必要はなく、顧問税理士がいればまず連絡して立会いを求め、記憶があいまいな点は「確認してから回答します」と伝えて差し支えありません。
一方で、調査そのものを正当な理由なく拒むことはできず、任意調査だからと協力しない対応はかえって調査を長引かせます。取引先に確認が及ぶ反面調査のように自社だけで完結しない場面もあるので、起こりうる展開を知ったうえで、事実にもとづいて落ち着いて説明しましょう。
>>「税務調査で起きやすいトラブルについて解説」を詳しく見る
税制は毎年のように改正されます。個別の判断は、国税庁の最新情報や税理士への相談で確かめてください。
