税務調査の対策で結果が分かれるのは、指摘を受けたあとの動き方です。明らかな誤りは早めに修正し、根拠の弱い指摘には帳簿や契約書で説明します。それでも納得できなければ、更正処分の通知を受けた日の翌日から原則3か月以内に不服申立てをします。

税務調査で迷いやすい場面と対策

国税庁の「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（2025年12月公表）によると、法人への実地調査は5万4千件で、前年より7.4％減りました。一方で追徴税額（法人税・消費税）は3,407億円と直近10年で最も多く、調査1件当たりでは634万2千円でした。

調査の件数は減っても1件当たりの追徴額は増えており、調査の連絡が来たときに、帳簿と根拠資料をすぐに出して説明できるかどうかが追徴額を左右します（出典：国税庁令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要）。

曖昧な回答は調査を長引かせる

調査官から「この取引の相手は？」と聞かれて、その場の記憶で答えると、あとで資料と食い違ったときに説明がつかなくなります。分からない点は「確認して後日お答えします」と伝え、帳簿や契約書を見てから答えてください。

判断が分かれる処理ほど、なぜその処理にしたのかを資料で示せるかどうかで結果が変わります。請求書や打合せの記録は、処理した時点でまとめて保管しておきましょう。

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根拠の弱い指摘には主張する余地がある

調査官の指摘には、事実関係や法令の解釈に争いの余地があるものも含まれます。明らかな計上漏れは別として、そうした指摘に根拠を示して反論すると、追徴額が変わる場合があります。指摘をすべて受け入れると、本来納める必要のない税金まで納めることになりかねません。

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指摘に納得できないときは更正処分を受けて3か月以内に申し立てる

調査の結果に納得できないときは、修正申告の勧奨に応じず、税務署長の更正処分を受ける道があります。国税庁の税務調査手続に関するFAQでも、修正申告をすると更正の請求はできても不服申立てはできない、と説明されています。

更正処分にも納得できなければ、処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内に、税務署長への再調査の請求か、国税不服審判所長への審査請求を選んで申し立てます。再調査の請求の決定に不服があれば、決定書の謄本が届いた日の翌日から1か月以内に審査請求ができます。

審査請求の裁決にも不服があるときは、裁決があったことを知った日の翌日から6か月以内に裁判所へ訴えを起こせます。どの段階にも期限があるため、通知を受け取った日は必ず記録してください。

不服申立てが認められた割合（令和7年度）

申し立てても意味がないのでは、と考える方もいますが、国税庁と国税不服審判所が2026年6月に公表した令和7年度の実績では、再調査の請求と審査請求のどちらでも、一定の割合で納税者の主張が認められています。

どちらも認められるのは12〜14件に1件ほどです。主張すれば通るわけではなく、帳簿や契約書と法令の解釈で説明できる論点に絞ってこそ、申し立てる意味があります（出典：国税庁令和7年度における再調査の請求の概要・令和7年度における審査請求の概要）。

更正処分のあとの納付と不服申立ての手順は、税務調査後の追加納税と加算税・延滞税の記事で紹介しています。

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調査対象はAIの分析と調査官の判断で選ばれる

国税庁は、AIを活用した予測モデルで調査の必要度が高い法人を抽出していると公表しています。モデルが判定した不正のパターンに、申告書や国税組織が持つ資料情報を合わせて分析し、実地調査をするかどうかは最終的に調査官が判断します。

取引先から国税当局に提出された資料と申告の内容が合わなければ、その差は調査で説明を求められます。日々の帳簿を正しく付け、請求書や領収書を月ごとに整理して保管することが基本の対策です。

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書面添付制度は調査前の意見聴取につながる

調査を確実に避ける方法はありませんが、税理士が申告書の作成過程を記した書面を添付する書面添付制度（税理士法第33条の2）を使うと、税務署は調査の事前通知の前に、その税理士に意見を述べる機会を与えなければならないと定められています（税理士法第35条第1項）。

意見聴取で疑問が解消すれば、実地調査に進まずに終わる場合もあります。国税庁は、書面の添付は調査の省略を前提としたものではないとも説明しています。

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不正発見割合が高いのは現金取引と外注の多い業種

国税庁の令和6事務年度の調査事績で、法人税の不正発見割合が高い業種を見ると、上位はバー・クラブ（62.3％）、その他の飲食（45.2％）、外国料理（40.2％）、美容（34.5％）、大衆酒場・小料理（34.4％）です。多くの客と現金でやり取りする業種が並んでいます。

6位以下は自動車修理（32.9％）、船舶（31.0％）、土木工事（30.4％）、職別土木建築工事（30.1％）、中古品小売（30.1％）でした。外注費や仕入れの支払いが多い業種では、支払いの相手と金額を示す書類を残すことが調査への備えになります。

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個人事業主も申告の内容しだいで調査の対象になる

個人事業主にも税務調査は入り、申告の内容と国税当局が持つ資料情報に合わない点があれば、売上が小さくても調査の対象になり得ます。

無申告の人への調査では追徴額が大きくなっています。令和6事務年度に所得税の無申告者へ行われた実地調査（特別・一般）では、1件当たりの追徴税額が524万円で、過去最高でした（出典：国税庁令和6事務年度における所得税及び消費税調査等の状況）。

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会社の規模が小さくても調査の対象から外れない

従業員が数人の会社でも、税務調査の対象になることがあります。現金の売上が多い、外注先への支払いが多い、利益が年によって大きく変わるといった、調査で確認されやすい事情は事業の規模と関係なく生じるためです。

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延滞税は納期限から2か月を過ぎると割合が上がる

延滞税は、法定納期限までに税金を納めなかったときに、納めた日までの日数に応じてかかる利息に当たる税金で、本税だけにかかり加算税にはかかりません。

割合は納期限の翌日から2か月を境に上がります。本則は年7.3％と年14.6％ですが、特例で軽減されており、2026年（令和8年）中は年2.8％と年9.1％です（国税通則法第60条）。指摘を受けたら、資金の都合がつく範囲で早めに納めるほど延滞税の負担は軽くなります。

>>「税務調査で指摘される？延滞税の対策法」を詳しく見る

過少申告加算税は調査の通知前に修正すればかからない

過少申告加算税は、期限内に申告した税額が本来より少なかったときにかかります。調査を受けて修正申告をした場合や更正を受けた場合は、追加で納める税額の10％で、期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15％です。

調査の事前通知の前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません。通知を受けたあとでも、調査による更正を予知する前に修正すれば5％（同じく超える部分は10％）に下がります。

>>「税務調査で指摘される？過少申告加算税の対策法」を詳しく見る

無申告加算税は300万円を超える部分が30％

申告期限までに申告しなかったときにかかるのが無申告加算税です。調査を受けたあとに期限後申告をした場合や決定を受けた場合は、納める税額のうち50万円までが15％、50万円超300万円までが20％、300万円を超える部分は30％です。

調査の事前通知の前に自分で期限後申告をすれば5％で済み、法定申告期限から1か月以内に自主的に申告し、納付期限までに全額を納めるなど一定の要件を満たせば、無申告加算税はかかりません。

反対に、過去5年以内に調査で無申告加算税や重加算税を課されている場合などは、さらに10％が加重されます。申告を忘れていたと気づいたら、通知を待たずに手続きをしてください。

>>「税務調査で発覚しやすい無申告加算税と対策」を詳しく見る

重加算税は隠蔽・仮装と判断されると35％か40％

重加算税は、売上を除外する、架空の経費を計上するなど、税額の計算の基礎となる事実を隠したり偽ったりしたと判断された場合に課されます。割合は過少申告加算税に代わる場合が35％、無申告加算税に代わる場合が40％です。

過去5年以内に調査で無申告加算税や重加算税を課されていれば、それぞれ45％と50％になります。請求書や売上伝票を処分しない、他人名義の口座で売上を受け取らないといった日頃の管理が、疑いを招かないための備えです。

>>「税務調査で最も怖い？重加算税の説明と対策」を詳しく見る

税務調査で課されるペナルティ早見表（加算税・延滞税）

調査で申告漏れなどが見つかると、不足していた本来の税金（本税）に加えて、加算税と延滞税がかかることがあります。2026年10月時点の割合は、下の表のようになっています。

※前年・前々年の要件による加重と帳簿の不備による加重は、令和6年（2024年）1月1日以後に法定申告期限等が来る国税から適用されています。

延滞税の割合は毎年改定され、国税庁の延滞税の割合のページに年ごとの値が載っています。過少申告加算税・無申告加算税・不納付加算税は、調査の通知や告知の前に自分で修正・申告・納付すると軽くなるか、かからなくなります。

ネット取引や暗号資産の取引も調査の対象になる

インターネットを使った取引も税務調査の対象で、国税庁は電子商取引専門調査チームによる調査を行い、シェアリングエコノミーなどプラットフォームを介した取引への調査も積極的に進めていると公表しています。

令和6事務年度には、暗号資産等の取引を行う個人への実地調査（特別・一般）が613件あり、1件当たりの追徴税額は745万円でした。所得税の実地調査全体の299万円と比べて2.5倍です（出典：国税庁令和6事務年度における所得税及び消費税調査等の状況）。

>>「ネット収入専門の税務調査官もいます!」を詳しく見る

反面調査は取引先にも及ぶ

反面調査は、調査を受けている人の取引先に対して、取引の内容を確かめるために行われる調査です。取引先との関係にも影響するため、質問を受けたときの答え方と、どこまで応じるかの考え方はリンク先の記事で紹介しています。

>>「税務調査のココが知りたい！反面調査ってなに？注意点は？」を詳しく見る

調査で指摘されやすい点を事前に知る

売上の計上時期のずれや、私的な支出が経費に混ざっている点は、意図がなくても調査で指摘を受けやすい項目です。事前に知っていれば、当日の質問にも資料を示して答えられます。事前通知から当日までの段取りは税務調査の流れの記事で紹介しています。

>>「税務調査で指摘されやすいことはこれ！いざという時に慌てないために」を詳しく見る

節税の処理が調査で認められるかどうか

節税のつもりで行った処理が、調査で否認されて追徴につながることがあります。認められるかどうかは、取引の実態があり、それを示す書類がそろっているかで判断されます。判断に迷う処理は、実行する前に税理士へ相談してください。

>>「税務調査で節税が認められるかどうかのポイントは？」を詳しく見る

帳簿がないと推計課税を受けることがある

帳簿や書類がなく所得を正しく計算できないと、税務署が同業者の水準などから所得を推計して課税することがあり、これを推計課税といいます。推計された所得は実際より多くなる場合もあり、帳簿の作成と保存がいちばんの備えになります。

>>「適用されると損をする？税務調査の推計課税とは？」を詳しく見る

税務調査官の仕事と調査で見ている点

税務調査官の多くは、国税専門官などとして採用されたあと、税務大学校の研修を経て調査を担当します。調査官が帳簿のどこを見るかを知ると、準備する書類の優先順位を決めやすくなります。

>「税務調査官とはどのような人？」を詳しく見る

税制は毎年のように改正されます。個別の判断は、国税庁の最新情報や税理士への相談で確かめてください。