収益の計上時期と計上額

架空人件費

紹介料・リベート

1. あらかじめ締結された契約に基づいて支払われたものであること
2. 紹介料を受け取るための条件が契約で具体的に明らかにされていること
3. 紹介料の額が、提供された役務の対価として相当な金額であること

地代家賃

消費税の課否区分とインボイスの経過措置

２割特例は令和8年（2026年）9月30日を含む課税期間で終了

免税事業者からの仕入れは「8割控除」から「7・5・3割控除」へ

• 令和5年10月1日〜令和8年9月30日：80％
• 令和8年10月1日〜令和10年9月30日：70％
• 令和10年10月1日〜令和12年9月30日：50％
• 令和12年10月1日〜令和13年9月30日：30％
• 令和13年10月1日以降：控除不可

税務調査に備えて用意しておきたい書類

• 売上関係：保険会社ごとの手数料明細、精算書、預金通帳（入金の裏付け）
• 人件費関係：給与台帳、源泉徴収簿、組織図、営業日報、タイムカード、雇用契約書
• 外注費・紹介料関係：紹介者との契約書、請求書・領収書、支払記録、業務委託契約書
• 経費関係：家賃の按分資料（自宅兼事務所の見取図）、旅費・交際費の精算書と領収書、飲食費の参加者記録
• 消費税関係：取引先のインボイス登録番号の一覧、受領した適格請求書、課税・非課税の区分がわかる資料
• 帳簿・申告関係：総勘定元帳、仕訳帳、確定申告書、決算書

指摘された場合のペナルティ（加算税・延滞税）

• 繰り返しへの加重：過去に無申告加算税や重加算税を課されたことがある一定の場合は、10％が加算されます。
• 帳簿の不備への加重：調査で帳簿の提示・提出を求められたのに応じなかった場合や、帳簿への売上金額の記載が本来の2分の1未満だった場合は10％、3分の2未満だった場合は5％が加算されます。
• 延滞税：納期限の翌日から2か月を経過する日までは「年7.3％」と「延滞税特例基準割合＋1％」のいずれか低い割合、それ以降は「年14.6％」と「延滞税特例基準割合＋7.3％」のいずれか低い割合です。割合は年ごとに変わるため、最新の数値は国税庁サイトでご確認ください。

よくある質問（保険代理店の税務調査）

Q. 手数料収入だけのシンプルな事業でも税務調査は来ますか？

Q. 紹介者へのお礼は、いくらまでなら経費にできますか？

Q. 代理店手数料に消費税はかかりますか？

Q. ２割特例が使えなくなったら、何を選べばよいですか？

Q. 調査で経費を否認されそうなときは、どう対応すればよいですか？

税務調査に強いおすすめ税理士事務所リスト【東京編】

建設業・土木工事業は、税務署が古くから重点的に見てきた業種のひとつです。工期が長く、下請け・孫請けが重なり、現金でのやり取りも残る——この業界特有の商習慣が、そのまま「指摘されやすいポイント」になっているためです。

ここでは、税務調査の現場を知る立場から、建設業・土木工事業に調査が入りやすい理由と、実際に指摘されやすい論点、そして日頃の備えを整理します。内容は2026年8月時点の制度にもとづくものです。

建設業・土木工事業に税務調査が入る頻度・確率は？

建設業・土木工事業は、飲食業などと並んで税務調査が入りやすい業種といわれます。国税庁が毎年公表している「法人税等の調査事績の概要」では、「不正発見割合の高い業種」として上位10業種が示されますが、一般土木建築工事・職別土木建築工事・土木工事といった建設・土木関連の業種が、繰り返し上位10業種に入ってきました（例えば令和2事務年度は、この3業種がいずれも上位10業種にランクインしています）。近年は現金取引の多い飲食・接客系の業種が上位を占める年もあるため、最新の順位は国税庁の公表資料でご確認ください（出典：国税庁 法人税等の調査事績の概要）。

1件あたりの売上が高額になりやすく、工事期間が長期にわたるといった業界特有の事情から、1回の調査で発見される不正・申告漏れの金額も大きくなる傾向があります。実際、国税庁の令和6事務年度（2024年7月〜2025年6月）法人税等の調査事績の概要（令和7年12月公表）では、法人税・消費税の実地調査は約5万4千件（前事務年度比▲7.4%）と件数が減った一方で、追徴税額の総額は3,407億円と直近10年で最高値、調査1件当たりの追徴税額も約634万円と高い水準でした。

件数を絞りながら追徴額が増えている背景として、同資料はAIを活用した予測モデルにより調査必要度の高い法人を抽出し、想定される不正パターンとあわせて調査先を選定していることを明記しています。「規模が小さいから見られない」という前提は成り立ちにくくなっていると考えておくのが実情に近いでしょう（出典：国税庁 令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要）。

こうした背景から、建設業・土木業では税務調査の頻度も比較的高く、おおむね5年から10年に一度の周期で調査が入るケースが多いようです。また、元請け・下請けや取引先に調査が入ったことをきっかけに、芋づる式に調査が広がることがあるのもこの業界の特徴です。一人親方や家族経営が多く、いわゆる「どんぶり勘定」になりがちなことも、指摘を受けやすい一因といえます。

なぜ建設業・土木工事業は税務調査が多いのか？

建設業・土木工事業は、業界全体として売上計上や経費処理で誤り・不正が生じやすく、税務署が重点的に見ている業種です。特に指摘されやすいポイントとして、次の3点が挙げられます。

1. 期ズレによる売上計上漏れ
2. 受注謝礼金（キックバック）の支払いと交際費の処理
3. 人件費の現金支給や架空人件費

また、設立から5年ほど経過して売上が伸びている会社も調査対象になりやすい傾向があります。売上を伸ばすことと同時に、正確な会計処理ができているかを日頃から確認しておくことが重要です。

建設業の売上の「期ズレ」は税務調査でどうなる？

建設業・土木業は、売上の繰り延べ（期ズレ）の指摘が非常に多い業界といわれます。意図的に売上を翌期へ先延ばしするケースだけでなく、発注元の都合などで成果物（建物や施工）の引渡しから工事代金の請求・支払いまでに期間が空きやすく、売上計上のタイミングが煩雑になりがちなことも理由です。

特に、期末直前に完了した工事で請求が翌期になった場合、請求時期を基準に翌期の売上へ計上してしまいがちですが、工事の完了・引渡しが当期中であれば当期に計上する必要があります。意図的でなくても加算税の対象となることがあるため、「引渡しが完了した時点で計上する」という会計ルールにのっとって処理することが望ましいでしょう。

実務では、期末前後1〜2か月の工事について「完了報告書・引渡書・検収書の日付」と「売上計上日」が一致しているかを自分でチェックしておくだけでも、指摘のリスクは大きく下がります。調査官も、まさにこの突合から確認を始めます。

受注謝礼金（キックバック）の税務上の扱い

建設業・土木工事業は、他業種にはない独特の諸経費がかかる業種です。工事受注にあたって発注元へ支払う謝礼金、工事遂行の仲立ちを依頼するための地元対策費など、費目は多岐にわたります。

これらを「交際費」として処理すること自体が税法上ただちに問題になるケースは多くありません。しかし、交際費は損金算入に一定の上限があるため、この上限を回避しようとして「業務委託費」「支払手数料」などの科目で処理すると、調査の際に「科目仮装」や「使途秘匿金」として指摘され、重加算税が課されるケースが多く見られます。

交際費の取扱いは令和6年度税制改正で見直されています。中小法人（期末資本金1億円以下等）は、年800万円までの全額損金算入と接待飲食費の50%の損金算入のいずれかを選択でき、この特例の適用期限は令和9年3月31日までに開始する事業年度まで延長されました。あわせて、交際費等の範囲から除かれる飲食費の金額基準が、令和6年4月1日以後に支出するものから1人当たり10,000円以下（改正前は5,000円以下）に引き上げられています。

ここで実務上つまずきやすいのが、1人当たり10,000円を超えた場合、超えた部分だけでなくその費用の全額が交際費等に該当するという点です。また、この基準を使うには参加者の氏名・人数などを記載した書類の保存が必要になります。「誰と、何人で、いくら」を領収書に書き添えておくだけでも、調査時の説明が格段に楽になります（出典：国税庁 タックスアンサー No.5265、国税庁「令和6年度 法人税関係法令の改正の概要」、中小企業庁「交際費課税の特例」）。

科目を付け替えて上限を逃れようとする処理は、税務調査官にとって指摘のしやすいポイントであり、業界内で語られるような「ばれない方法」ではありません。安易な処理は避けるべきです。

現金支給に注意！架空人件費は認められない

建設業・土木業は人の出入りが激しく、日払い雇用や現金支給も珍しくない業界です。特に一人親方の場合、現金支給で作業員を雇うケースが少なくありません。振込であれば問題ありませんが、現金支給かつ支払いを証明できる領収書等がない場合、税務調査が入った際に外注費として支払った事実を立証できず、不利な判断につながります。

日払い雇用であっても、振込で対応するか領収書をきちんと保管しておくなど、備えを怠らないことが重要です。

また、実際には支払っていない賃金を過去の従業員などに支払ったように見せかける「架空人件費」や、実務に従事している従業員を外注先扱いにして「給与」ではなく「外注費」として処理し、源泉所得税や消費税の負担を減らそうとするスキームも、建設業・土木業ではいまだに見受けられます。こうした点は税務調査で必ずチェックされ、悪質と判断されれば重加算税の対象となり、経営に大きな打撃を与えかねません。思い当たる点がある場合は、税務調査に強い税理士などに相談し、修正申告などの対策を早めに講じることでダメージを最小限に抑えられる場合があります。

「外注費か給与か」は建設業でいちばん争いになる論点

外注費として処理していたものが給与と認定されると、影響は二重に及びます。源泉所得税の徴収漏れが生じるうえ、給与には消費税の仕入税額控除が使えないため、消費税の追徴も同時に発生するからです。建設業で追徴額が膨らみやすいのは、この二重の効果によるところが大きいといえます。

区分は契約書の名称ではなく、実態で判断されます。調査で見られるのは、おおむね次のような点です。

• その業務を他人に代替させられるか（本人でなければならないなら雇用に近い）
• 作業時間や作業場所の指定・拘束があるか
• 報酬が時間を基礎に計算されているか、出来高・請負単価で決まっているか
• 材料・工具・重機を誰が負担しているか
• 天候などで工事ができなかったときに報酬が支払われるか

「本人以外では対応できず、当社の指示どおりの時間に現場へ入り、道具も当社が用意し、日当で支払っている」という形であれば、契約書に「業務委託」と書いてあっても給与と判断される可能性が高くなります。迷う相手ほど、契約書・請求書・作業日報・支払記録をそろえて実態を説明できるようにしておくことが備えになります。

免税事業者の一人親方への外注費は、2026年10月から控除割合が下がります

インボイス制度に関連して、適格請求書発行事業者でない相手（免税事業者の一人親方など）への支払いについては、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。この割合は、令和8年（2026年）10月1日以後は80%から50%に下がります（さらに令和11年10月1日以後は控除できなくなります）。

下請けに免税事業者が多い建設業では、消費税の納税額に直接影響します。取引先ごとに登録の有無を整理し、単価の見直しが必要かを早めに確認しておくとよいでしょう。なお、登録がないことを理由に一方的に取引条件を不利に変更すると、下請法や独占禁止法上の問題になる場合があります。取扱いの詳細は国税庁のインボイス制度特設サイトでご確認ください。

調査当日までにそろえておきたい書類

建設業・土木工事業の調査では、次のような書類が「工事ごとに突合できる状態か」を見られます。事前通知を受けたら、まずはこの順で手元に集めておくと落ち着いて対応できます。

特別なものを新しく作る必要はありません。いま使っている書類が「工事ごとにひとつながりで説明できるか」——調査で問われるのは結局そこに尽きます。

よくある質問（FAQ）

Q. 期ズレを指摘されると、必ず重加算税になりますか？

A. いいえ。単純な計上時期の誤り（意図的でない期ズレ）であれば、通常は過少申告加算税（原則10%、一定額を超える部分は15%）の対象にとどまります。仮装・隠ぺいなど悪質と判断された場合に限り、重加算税（35%）が課されます。日頃から引渡基準で正しく計上していれば、過度に恐れる必要はありません。

Q. 外注費と給与は、どう区別されますか？

A. 契約書の有無だけでなく、指揮監督の実態、時間的・場所的な拘束、報酬が時間給的か出来高的か、材料や用具を誰が負担しているかなど、実態を総合的に見て判断されます。実態が「雇用」に近ければ外注費として認められず、給与として源泉徴収の対象になります。区分に迷う場合は税理士に確認しましょう。

Q. 一人親方でも税務調査は来ますか？

A. 来る可能性は十分にあります。規模の大小にかかわらず、売上や経費の処理に疑義があれば調査対象になり得ます。帳簿・請求書・領収書・通帳などを整理し、現金でのやり取りも記録を残しておくことが、いちばんの備えになります。

Q. 元請けに調査が入ると、下請けにも来るのですか？

A. 必ず来るわけではありませんが、元請けの調査で外注費の内容を確認する過程で、支払先へ照会が行われること（反面調査）はあります。元請け側の帳簿と自社の売上計上が食い違っていると疑義を持たれるため、請求書の控えと入金額・入金日を一致させておくことが有効です。

Q. 未成工事支出金の残高が大きいと指摘されますか？

A. 残高が大きいこと自体が問題なのではなく、完成・引渡しが済んだ工事の原価が未成工事支出金に残ったままになっていないかが見られます。決算期ごとに、残高の内訳が「まだ引き渡していない工事」で説明できるかを確認しておきましょう。

Q. 現場の駐車料金や差し入れの飲み物など、少額の現金支出はどう扱えばよいですか？

A. 少額でも事業のための支出であれば経費になりますが、領収書が取れないものは出金伝票に日付・相手先・金額・用途を残すことが必要です。まとめて「雑費」に計上した現金支出が多いと、内容の説明を求められやすくなります。

税務調査に強いおすすめ税理士事務所リスト【東京編】

自営業・個人事業主・フリーランスとして働く方は全国に数多くいますが、「従業員のいない自分には税務調査など無縁だ」と思われている方も少なくありません。しかし、規模の大小にかかわらず、税務署が「追加で納めるべき税金がある」と判断すれば、税務調査の連絡が来る可能性は誰にでもあります。

本ページでは、税務調査の現場を知る立場から、自営業・個人事業主・フリーランスの方が知っておきたい税務調査のポイントを、いたずらに不安を煽らずに整理します。記載内容は2026年8月時点の制度にもとづくものです。正しく備えておけば、調査は決して怖いものではありません。

青色申告・白色申告について

確定申告には「青色申告」と「白色申告」の2種類があります。それぞれにメリット・デメリットがあるので、まずは比較表で違いを確認しておきましょう。

【重要】青色申告特別控除の金額は要件で変わります。2020年（令和2年）分の申告から制度が改正され、複式簿記で記帳し貸借対照表・損益計算書を添付して期限内に申告した場合の控除額は原則55万円です。これに加えて、e-Taxによる電子申告を行うか、優良な電子帳簿の保存を行う場合に、最大65万円の控除を受けられます（簡易簿記の場合は10万円）。「青色＝一律65万円」ではない点に注意してください（出典：国税庁 タックスアンサー No.2072）。

白色申告の「推計課税」に要注意

推計課税とは、売上・所得・経費などの実額が帳簿から把握できない場合に、税務署が「近隣の同規模・同業者の差益率（仕入金額に対する収入金額の比率）」や、水道光熱費などの経費額から売上・所得を推計して課税することをいいます。帳簿の信頼性や保管状態が悪いと発生しやすく、必要な帳簿が簡易的な白色申告では特に注意が必要です。

事業を長く続けていく予定であれば、節税メリットの大きい青色申告に切り替えていくことをおすすめします。

帳簿の不備そのものが加算税を重くする（令和5年分以降）

ここ数年で個人事業主に直接効いてきているのが、「帳簿を出せない・売上が記帳されていない」こと自体にペナルティが上乗せされる仕組みです。令和4年度税制改正で設けられたもので、令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税（申告所得税では令和5年分の確定申告以降）から適用されています。

具体的には、税務調査で帳簿の提示または提出を求められたときに、次の状態だと通常の過少申告加算税・無申告加算税に上乗せがされます。

• 帳簿を提示・提出しなかった場合、または帳簿に記載した売上金額が、本来記載すべき金額の2分の1未満だった場合……10%を加算
• 帳簿に記載した売上金額が、本来記載すべき金額の3分の2未満だった場合……5%を加算

つまり、申告漏れの中身以前に「帳簿がない・売上が抜けている」という状態そのものが不利に働きます。逆にいえば、日々の記帳を積み重ねて調査当日にすぐ提示できるようにしておくことが、そのまま負担軽減につながるということです（出典：国税庁 タックスアンサー No.2026、国税庁「売上げに関する帳簿を作成・保存していない事業者の方は加算税が重くなります」）。

売上900万円前後は要注意

売上が900万円前後で推移している事業者は、税務調査で注意が必要といわれます。これは消費税の課税事業者になるかどうかの基準が、基準期間（原則2年前）の課税売上高1,000万円であるためです。1,000万円以下であれば免税事業者となり、受け取った消費税の一部が手元に残る仕組み（いわゆる益税）があるため、「1,000万円をわずかに下回る売上」が何年も続いていると、税務署に売上調整の疑いを持たれやすくなります（出典：国税庁 タックスアンサー No.6501）。

なお、2023年10月に始まったインボイス制度（適格請求書等保存方式）により、免税事業者のままだと取引先が仕入税額控除を受けにくくなる場面が増え、あえて課税事業者として登録するケースも広がっています。自分の売上規模とインボイス登録の要否は、取引先との関係も含めて確認しておきましょう（出典：国税庁 インボイス制度特設サイト）。

2026年（令和8年）は「2割特例」の区切りの年

インボイス制度を機に免税事業者から登録した小規模事業者が使える2割特例（納付税額を売上に係る消費税額の2割にできる負担軽減措置）は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日が属する各課税期間で適用が終わります。暦年で申告する個人事業者の課税期間は1月〜12月なので、令和8年分（2026年分・申告は2027年3月）が最後の適用となります（出典：国税庁「2割特例の概要」）。

また、免税事業者からの課税仕入れについて仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置も、令和8年10月1日以後は80%から50%に下がります。取引先が免税事業者のままである場合、値決めや請求のやりとりに影響する可能性があるため、早めに確認しておくと安心です。

2割特例の適用が終わった後は、簡易課税と本則課税のどちらで申告するかをあらかじめ検討しておく必要があります。簡易課税を選ぶには原則として適用を受けようとする課税期間の開始日の前日までに届出が必要で、後から遡って選ぶことはできません。個人事業者向けの経過的な措置の有無も含め、最新の取扱いは国税庁の公表資料でご確認ください。

何年分（いつから）の調査が行われるか？

税務調査では、まず直近3年分を確認するのが一般的です。この3年の確認で申告内容に大きな誤りが見つかると5年に、さらに金額が大きい申告漏れや、偽りその他不正の行為（いわゆる脱税）が疑われる場合には最長7年まで遡って調査が行われます。

国税通則法では、更正・決定などができる期間（除斥期間）は原則5年、偽りその他不正の行為があった場合は7年と定められています。7年遡及は悪質なケースに限られ、通常の申告誤りで7年に及ぶことは多くありません。調査官も追徴税額という「成果」を意識して調査しているため、意味なく調査範囲を広げることはないのが実情です。

自営業・個人事業主・フリーランスの税務調査の実態

個人宅（自宅）まで調査されるのか

自宅兼事務所で仕事をしているケースなどさまざまですが、税務署が「必要だ」と判断する重要な嫌疑がない限り、プライベートスペースである個人宅の生活部分にまで立ち入ることは通常ありません。ただし、事務所として100%を経費計上している場所で生活の実態がある場合は、税務上は業務スペースとみなされるため、その部分が確認対象となる可能性は高くなります。

想定される追徴課税とペナルティ

調査の結果、申告内容に問題がなければ「是認」となりますが、これは比較的少なく、多くの場合は何らかの追徴課税が発生します。国税庁が公表した令和6事務年度（2024年7月〜2025年6月）の「所得税及び消費税調査等の状況」によると、所得税の実地調査（特別・一般）における1件当たりの申告漏れ所得金額は約1,486万円、1件当たりの追徴税額は約299万円でした（医師など高額所得者を含む全業種の平均値です）。

同じ資料では、実地調査と簡易な接触を合わせた「調査等」の件数が73万6千件（前事務年度60万5千件）、追徴税額の総額は1,431億円で過去最高と報告されています。国税庁は調査対象の選定にAIを活用していることも明記しており、「小規模だから見られない」という前提は成り立ちにくくなっています。

とくに重いのが無申告です。同資料では、所得税の無申告者に対する実地調査の1件当たりの申告漏れ所得金額は2,992万円と、実地調査全体（1,486万円）の約2倍にのぼりました。消費税無申告者に対する実地調査の1件当たり追徴税額296万円も過去最高です（出典：国税庁「令和6事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」）。

追徴課税では、本来納めるべき税額（本税）に加えて、次のようなペナルティが上乗せされる点に注意が必要です。

• 過少申告加算税：申告額が少なかった場合。原則10%（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15%）。
• 無申告加算税：期限内に申告しなかった場合。原則15%（50万円超の部分は20%、300万円超の部分は30%。令和6年1月以後）。
• 重加算税：仮装・隠ぺいがあった場合。過少申告なら35%、無申告なら40%と重くなります。
• 延滞税：納付が遅れた期間に対してかかる利息的な税金。令和8年（2026年）は、納期限の翌日から2か月以内は年2.8%、2か月経過後は年9.1%です（割合は年ごとに見直されます。出典：国税庁 タックスアンサー No.9205）。

加算税・延滞税の早見表（令和8年時点）

これらは遡及した年数の分だけ積み上がるため、本税だけでなく加算税・延滞税を含めた負担は想像以上に大きくなりがちです。だからこそ、日頃から正確な申告と帳簿保存を心がけることが最大の備えになります。

個人口座・通帳はどこまで調べられるか

特に事業用と個人用の入出金を1つの口座で混在させている場合は、その口座の提示を求められると考えてよいでしょう。反面、事業用と個人用を明確に分けている場合は、原則として個人用口座まで提示する必要はありません。日頃から口座を分けておくことが、調査対応をスムーズにするうえでも有効です。

メール・クラウドで受け取った請求書のデータ保存

フリーランスや個人事業主は、請求書・領収書をメールやクラウドサービスでやりとりすることが多いはずです。こうした電子取引のデータは、令和6年1月1日以後にやりとりしたものから、原則として電子データのまま保存することが必要になっています（従来の「紙に出力して保存すればよい」という宥恕措置は令和5年12月31日で終了しました）。

保存にあたっては、改ざん防止の措置をとること、「日付・金額・取引先」で検索できるようにしておくことなどのルールがあります。もっとも、要件どおりに保存できないことについて所轄税務署長が「相当の理由」があると認め、かつ調査の際にデータのダウンロードの求めと、出力した書面の提示・提出の求めの両方に応じられる場合には、猶予措置が適用されます（事前の届出は不要）。

いずれにしても、調査の場では「そのデータをすぐ出せるか」が問われます。取引先ごと・月ごとにフォルダを分けておく、ファイル名に日付と金額と取引先を入れておくといった素朴な工夫でも十分に役立ちます（出典：国税庁 電子帳簿等保存制度特設サイト）。

顧問税理士がいないと税務調査に入られやすい？

結論からいえば、顧問税理士がいないことは、税務調査に入られやすくなる一因になり得ます。税理士が関与している申告は、書面添付制度（税理士が申告書の内容を保証する書面を添付する制度）が使われていれば、調査の前に税理士への意見聴取が行われることもあり、税務署から見た信頼性が高まるためです。

事業規模が大きいなど影響範囲が大きい場合は、税務署から調査の連絡があった後からでも遅くありません。立会いや事前準備を税理士に依頼することを検討するとよいでしょう。

よくある質問（FAQ）

Q. 税務調査の連絡は突然来るのですか？

A. 無予告調査など一部の例外を除き、通常は事前に電話などで連絡があり、日程を調整したうえで実施されます。連絡が来ても慌てる必要はありません。まずは調査対象の税目・年分を確認し、必要書類の準備を進めましょう。顧問税理士がいる場合は速やかに連絡を取ることをおすすめします。

Q. どんな書類を準備しておけばよいですか？

A. 帳簿（総勘定元帳・仕訳帳など）、請求書・領収書・レシート、通帳、契約書、確定申告書の控えなどが基本です。帳簿書類の保存期間は原則7年（一定の書類は5年）とされているため、日頃から整理・保存しておくことが備えになります（出典：国税庁 タックスアンサー No.5930）。

Q. 申告に間違いが見つかったらどうなりますか？

A. 誤りが見つかった場合は修正申告や更正により本税を納め、状況に応じて上記の加算税・延滞税が加わります。ただし、調査の通知を受ける前に自主的に誤りを修正すれば、加算税が軽減または不適用となる場合があります。気づいた時点で早めに対応することが大切です。

Q. 売上が数百万円規模でも調査の対象になりますか？

A. 売上の大小だけで対象が決まるわけではありません。国税庁は調査対象の選定にAIを活用しており、取引先から提出された資料情報と申告内容の食い違いなども端緒になります。規模よりも「申告内容と実態が合っているか」が見られると考えておくのが実情に近いでしょう。

Q. すでに廃業していますが、過去の年分について調査はありますか？

A. 廃業していても、更正・決定ができる期間内であれば過去の年分について調査が行われることはあります。帳簿書類の保存義務も廃業によってすぐに消えるわけではないため、保存期間が満了するまでは帳簿・請求書・通帳などを手元に残しておくようにしてください。

Q. 記帳を会計ソフトに任せていれば安心ですか？

A. 会計ソフトは記帳の正確性を高めてくれますが、銀行口座やカードの自動連携から漏れた現金売上・手渡しの報酬などは自分で入力しないと反映されません。調査で最も指摘されやすいのはこうした「記録に残りにくい売上」です。年に一度は入金明細と売上台帳を突き合わせて、抜けがないか確認しておきましょう。

税務調査に強い税理士の比較表はこちら

飲食店の半数近くで税務調査で問題は見つかる？

飲食店の税務調査の流れ

事前調査

現物確認調査（現況調査）

税務調査で業界トップレベルの実績のある「税理士法人クオリティ・ワン」はこちらから連絡可能です

どのくらいの期間・何年分（いつから）の調査が行われるか？

売上げごまかし・売上げ抜きはバレる？

レジなしの注意点／伝票

帳簿を出せないと加算税が重くなる（令和5年分以降）

電子取引データはデータのまま保存する

消費税・インボイスで見られるポイント

万が一に想定される追徴課税

補助金・給付金の申告漏れに注意

飲食店の税務調査に関するよくある質問

Q. 税務署から調査の連絡が来たら、まず何をすればよいですか？

Q. 調査の連絡が来る前に自主的に修正申告すると、ペナルティは軽くなりますか？

Q. 現金商売だと必ず税務調査が来るのですか？

Q. 指摘を受けたら必ず重加算税になりますか？

Q. まかないや、店主が食べた分の食材はどう扱いますか？

税務調査に強いおすすめ税理士事務所リスト【東京編】

寺院・神社・宗教法人などは非課税というイメージが強いため、税務調査の対象外と思われがちです。しかし国税庁の令和4事務年度の調査事績によると、全国の宗教法人1,975法人への源泉徴収に関する調査のうち、7割超にあたる1,429法人で源泉徴収漏れが指摘され、追徴税額は約15億円に上りました。本記事では、税務調査の現場を知る立場から、宗教法人の税務調査の実態と見られるポイントを解説します。

そもそも寺社仏閣は税務調査の対象になるの？

寺院をはじめとした宗教法人＝非課税（収益事業がない場合）のイメージが強いため、「納税がないのだから税務調査の対象外では？」と思いがちです。しかし寺院・神社・宗教法人も税務調査の対象となります。

宗教法人は収益事業を行わない場合、法人税の納税義務はありません。しかし源泉徴収義務者としての義務は収益事業の有無にかかわらず発生するため、職員等への給与支払いがあれば源泉所得税の問題が生じます。この点が税務調査の主要な対象となっています。

寺院・宗教法人に対する税務調査の件数と傾向

令和4事務年度（令和4年7月〜令和5年6月）において、国税庁は全国の宗教法人1,975法人を対象に源泉徴収に関する調査を実施しました。その結果、1,429法人（約72.6%）で源泉徴収漏れが指摘され、追徴税額は約15億円に上りました。源泉徴収漏れの指摘率が7割超という高さは、宗教法人において源泉徴収の実務管理が行き届いていないケースの多さを示しています。

単年度だけでなく、より長い期間で見ても傾向は同じです。報道機関の情報公開請求で明らかになった集計によると、令和4年6月までの5年間に全国で調査された8,289の宗教法人のうち、約7割にあたる5,850法人で源泉徴収漏れが確認され、追徴税額（加算税込み）は約45億7,000万円にのぼりました。このうち約2割（1,218法人）では悪質な仮装・隠蔽を伴う所得隠しが認定され、重加算税は計約6億2,000万円とされています。宗教法人以外の公益法人による所得隠しの割合が1%強であることと比べると、指摘率の高さが際立ちます。

なお、法人税の実地調査（公益法人等全体）は平成26事務年度の868件から平成30事務年度の429件へと減少傾向にありました。一方、源泉徴収を中心とした調査は引き続き活発に行われており、法人税調査の頻度が低いからといって税務調査と無縁ではありません。最新の調査事績や制度の詳細は、国税庁のパンフレット「宗教法人の税務」（令和6年11月版）や国税庁のウェブサイトでご確認ください。

寺社仏閣 税務調査で見られるポイント

寺院・神社・宗教法人が税務調査でチェックされるポイントは、大きく2つあります。

1. 源泉所得税
2. 宗教活動か収益事業か

指摘の多い 源泉所得税

布施、奉納金、会費、献金、賽銭、寄附金、雑収入等は宗教法人の収入として課税対象とならない収入です。しかし住職や宮司、職員に支払う給与や退職金は源泉所得税の対象となるため、宗教法人は源泉徴収義務者として源泉所得税を納付する必要があります。また、税理士などに支払った報酬等に対しても同様の義務があります。

◎給与の支払以外に源泉徴収の対象となるケース例

• 個人（住職・弟子・職員）の飲食代や生活費等を宗教法人として負担した場合は、負担額が給与（現物給与）と同等に扱われ、源泉徴収の対象となります。
• 弟子の学費を負担した場合は、負担額が給与と同等に扱われ、源泉徴収の対象となります。

実際の調査でも、賽銭やお守り販売などの収入を代表者が生活費・飲食・買い物に充てていたケースで、その流用分を「法人から代表者への給与」と認定され、源泉徴収漏れとして追徴されている事例が多く報じられています。

高額になりやすい 収益事業の申告漏れ

寺院・神社・宗教法人では、課税対象となる収益事業が下記のとおり分類されています（法人税法上の34業種）。

〇線引きの難しい物品販売業
お守りやお札、おみくじなど喜捨金と認められるものは収益事業に該当しません。一方、絵葉書や御朱印帳、キーホルダーなど、通常販売されているものと大きな価格差なく販売されているものは物品販売業に該当し、課税対象となります。

〇価格を通常より高く設定すれば喜捨金になるか？
2008年に宗教法人が「御利益のある水」0.9リットルを3,800円で販売し非課税として処理していたところ、国税局から収益事業に該当すると指摘を受けた事例があります。「御利益」を主張すれば課税対象でなくなるわけではありません。

収益事業がなくても提出が必要な書類がある

見落とされやすいのが、収益事業を行っていない宗教法人でも、年間の収入金額の合計額が8,000万円を超える場合は、損益計算書（収支計算書）を所轄の税務署長に提出する必要があるという点です（提出期限は事業年度終了後4か月以内）。帳簿・記録の整備は、こうした提出義務への対応や、調査時の説明資料としても重要になります。

申告漏れ・所得隠しの指摘を受けた事例

宗教法人の税務に対する国税当局の目は年々厳しくなっています。近年報道された事例には、次のようなものがあります。

• 2011年2月：京都の観光地として有名な金閣寺（鹿苑寺）・銀閣寺（慈照寺）を管理する住職が、掛軸を書いて得た収入を宗教法人へのお布施として処理し個人所得としなかったとして、3年間で約2億円の申告漏れを指摘されたと報じられました（2011年当時の事例）。
• 2024年（令和6年）9月：東京都北区の神社が東京国税局の調査を受け、2023年までの7年間で約2億5,000万円の所得隠しを指摘されたと報じられました。賽銭やお守りの売上などを宮司が私的に流用しており、流用分は法人から宮司への給与にあたるとして源泉徴収漏れが認定され、重加算税を含め法人と宮司に約1億3,000万円が追徴課税されたとされています。

いずれも「非課税の宗教収入」と「代表者個人の所得」の区分が曖昧になっていた点が問題となっています。適正に区分し記録していれば防げるトラブルであり、日頃の経理管理の重要性がうかがえます。

税務調査 過去帳の開示には応じなければいけない？

寺院・神社・宗教法人の税務調査では、非課税収入（布施、奉納金、会費、献金、賽銭、寄附金等）がきちんと計上されているかが重点的にチェックされます。その過程で、故人の逝去日から葬儀日を逆算して布施や奉納金が反映されているかを確認するため、調査官から過去帳の提出を求められる場合があります。

過去帳を提出しなければいけない法的根拠はありません。しかし実際には、その場の雰囲気に圧されて資料として提出してしまうケースが多いとされています。逆に頑なに拒んでも「何か隠しているのでは」と疑われることもあります。

過去帳は故人やその親族の個人情報であり、寺社仏閣への信頼の証でもあることから、提出を拒む方も多くいます。提出を求められた際はその場では即答せず、税務調査の対応に精通した税理士に相談のうえ、調査官との対応を依頼することをおすすめします。

宗教法人が税務調査に備えるためのポイント

税務調査で指摘が多い源泉所得税と収益事業の申告漏れを防ぐために、日頃から以下の点を意識して帳簿・経理を整理しておくことが重要です。

よくある質問（FAQ）

Q. 収益事業を一切行っていない宗教法人も税務調査の対象になりますか？

はい。収益事業がなく法人税の納税義務がない場合でも、職員等に給与を支払っていれば源泉徴収義務者となるため、源泉所得税に関する調査は受ける可能性があります。令和4事務年度の調査では7割超の宗教法人で源泉徴収漏れが指摘されており、他人事ではありません。

Q. お守りやお札の販売は収益事業に該当しますか？

お守り・お札・おみくじなど喜捨金と認められるものは収益事業に該当しません。一方、絵葉書や御朱印帳、キーホルダーなど一般に市販されているものと同程度の価格で販売するものは、物品販売業として課税対象になります。「御利益がある」という主張だけで非課税にはなりませんので、販売品目ごとに判断することが大切です。判断に迷う場合は税理士にご相談ください。

Q. 賽銭やお布施を代表者の生活費に使うと、なぜ源泉徴収漏れになるのですか？

賽銭やお布施そのものは宗教法人の非課税収入ですが、それを住職・宮司などの代表者が個人的な生活費や飲食に流用した場合、その金額は法人から代表者への「給与」にあたると扱われます。給与である以上、法人は源泉所得税を天引き・納付する義務があり、これを行っていないと源泉徴収漏れとして追徴の対象になります。私的流用が悪質と判断されれば重加算税が加わることもあります。法人の資金と個人の家計は明確に分けて管理することが重要です。

Q. 税務調査の通知が来たらどうすればよいですか？

税務調査の事前通知（原則として電話や書面）を受けたら、まず税務調査の対応に詳しい税理士に相談することをお勧めします。調査日程の調整や提出資料の準備など、税理士が立ち会ったうえで対応することで、余計なトラブルを避けることができます。帳簿・領収書・源泉徴収簿等の書類を事前に整理しておくことも重要です。詳しくは国税庁ホームページもご参照ください。

クリニック・病院・医療法人・歯科医院・開業医と聞くと、公的な医療というイメージから「税務調査とは無縁」と考える方も少なくありません。しかし実態は異なります。令和6事務年度（令和7年12月公表）の国税庁データでは、眼科医が1件当たりの申告漏れ所得金額で全業種2位（3,894万円）に初めてランクインしました。医業は依然として税務調査のターゲットになりやすい職種です。

本記事では、税務調査の現場を知る立場から、医療機関が税務調査の対象となりやすい理由・最新の統計・指摘を受けやすいポイント・事前の備えまでを順を追って解説します。過度に恐れる必要はありませんが、正しく備えておくことが不安の解消につながります。

ドクターにも税務調査は入る？

保険診療報酬を主体とする開業医・医療法人は、お金の流れが明確で税務調査とは無縁というイメージがあります。しかし実際には、調査の対象となりやすい職種の1つです。

以前から医業は「1件当たりの申告漏れ所得金額が高額な上位10業種」に繰り返し登場してきました。たとえば平成24事務年度の国税庁統計では産婦人科医が1位、内科医が7位に入り、産婦人科医の1件当たり追徴税額は1,300万円にのぼりました。

令和5事務年度（令和6年11月公表）では医業は上位10業種の圏外となり、1位は経営コンサルタント（1件当たり申告漏れ所得3,871万円）でした。しかし直近の令和6事務年度（令和7年12月公表）では眼科医が圏外から一気に全業種2位（1件当たり申告漏れ所得3,894万円）に浮上しています。1位はキャバクラなどの接待飲食店（4,164万円）でした。医業の税務調査リスクは、依然として高い水準にあると言えます。

統計からみる開業医・医療法人の税務調査の変遷

国税庁が公開している統計によると、医業に対する調査は次のような推移をたどってきました。

• 平成16事務年度（2004年）：整形外科が2位にランクイン
• 平成17事務年度（2005年）：病院が1位にランクイン
• 平成23事務年度（2011年）：整形外科が5位
• 平成24事務年度（2012年）：産婦人科医が1位、内科医が7位（産婦人科医の1件当たり追徴1,300万円）
• 令和5事務年度（令和6年11月公表）：医業は10位圏外。1位は経営コンサルタント（3,871万円）
• 令和6事務年度（令和7年12月公表）：眼科医が全業種2位（3,894万円）に急浮上（3位はホステス・ホスト2,968万円、4位は経営コンサルタント2,734万円）

医業は一定の周期でランキング上位に登場するパターンが続いています。また近年は国税庁がAIを活用した調査対象の選定を本格化させており、令和6事務年度の所得税の追徴税額総額は過去最高の1,431億円に達しました。調査精度が高まっているため、申告内容の不備が以前より発見されやすくなっている点に注意が必要です。

開業医・医療法人に税務調査が入る頻度は？

開業医・医療法人に対する調査件数は公開されていませんが、おおむね数年〜10年に1度の周期で入るケースが多いとされています。所得税全体の実地調査率（実調率）が1〜数%程度であることを踏まえると、入りやすい部類といえます。

また、過去の税務調査で申告漏れ等の指摘があった場合には、より高い確率かつ短い期間で次の税務調査が入るケースが想定されます。前回の調査で指摘を受けている開業医・医療法人は、次回の調査に早めに備えるため、税理士と事前に相談しておくことが大切です。

なお、近年はAI活用による調査対象の選定が進んでいるため、統計的な「周期」だけでなく、申告データの客観的な分析にもとづいて対象が選定される傾向が強まっています。

開業医・医療法人はなぜ狙われるのか？

保険診療報酬が主な開業医・医療法人は、比較的お金の流れがわかりやすい業種です。一方で、以下のような項目が申告漏れとして指摘されやすい傾向があります。

自由診療・保険外収入の申告漏れ

健康診断・美容治療・予防接種・人間ドックなどの自由診療は保険外収入となるため、保険診療報酬とは管理体系が異なります。現金での受け取りが多くなりやすく、申告漏れが発生しやすい項目として税務調査官から注目されています。

学会費・交際費の取り扱い

学会への参加や研究活動が多い医師・歯科医師は、交際費・旅費の取り扱いが指摘の多い箇所です。事業に関わる飲食費等については「誰と・何のために行ったか」を領収書等に記録しておくことが重要です。個人的な旅行や会食との区別が曖昧だと、税務調査で否認されるケースがあります。

医療器具・サプリメント等の物販（OTC）

院内で医療器具やサプリメントの物販（OTC）を行っている場合も、申告漏れに注意が必要です。物販収入は診療報酬とは別の売上として、適切に計上する必要があります。

個人的な費用の経費計上

課税所得が高い開業医・医療法人では、個人的な費用（旅行・衣服・自宅関連費用など）を事業経費に計上してしまうケースが見受けられます。「業務に必要である」ことを合理的に説明できる記録・証拠を残しておくことが大切です。

医師特有の「概算経費の特例（措置法26条）」と税務調査

医療機関の税務調査を理解するうえで欠かせないのが、医師・歯科医師にだけ認められた概算経費の特例です。個人の開業医は租税特別措置法第26条、医療法人は同法第67条により、実際にかかった経費の額にかかわらず、社会保険診療報酬について一定の速算式で計算した「概算経費」を必要経費とすることができます。

適用できるのは、その年の社会保険診療報酬が5,000万円以下、かつ医業・歯科医業から生ずる総収入金額が7,000万円以下の場合です（いずれか一方でも超えると適用できません）。概算経費率は社会保険診療報酬の額に応じて段階的に定められており、たとえば「2,500万円以下は72%」「4,000万円超5,000万円以下は57%＋490万円」といった速算式が用いられます。

この特例があるため、税務調査官は次のような点を重点的に確認します。

• 社会保険診療報酬が5,000万円ラインを正しく区分できているか（窓口負担分も社会保険診療に含めて判定します）
• 自由診療も含めた総収入が7,000万円を超えていないか（超えると特例は使えません）
• 保険診療と自由診療で共通してかかる経費の按分が合理的か（概算経費の対象は社会保険診療に対応する経費のみで、自由診療分は実額計算が必要です）

収入区分や経費按分の考え方が曖昧なまま特例を適用していると、調査で否認され追徴につながることがあります。適用の可否や有利・不利の判断は毎年変わり得るため、月次で収入を確認し、税理士と方針を共有しておくと安心です。

税務調査に備えて何をすれば良いか

日頃の会計記録と申告内容の適切な管理が、最も効果的な対策です。特に意識しておきたいポイントを整理します。

• 保険診療と自由診療の収入を明確に区分して記録する（現金収入の日次管理を徹底し、概算経費特例の判定にも備える）
• 交際費・学会費・旅費の目的・参加者を記録する（日時・場所・出席者・目的をメモ）
• 個人的費用と業務費用の按分基準を明確にしておく（自宅兼院・車両など）
• インボイス制度（適格請求書発行事業者の登録）への対応状況を確認する（2023年10月施行。自由診療や物販がある場合、仕入税額控除の可否が調査で問われるケースが増加）
• 帳簿・領収書等の証拠書類を保存する（帳簿・書類は原則7年間の保存が求められ、不正が疑われる場合は最大7年遡って調査されます）

準備する間もなく税務調査の連絡が来てしまった場合には、税務調査に詳しい税理士へ早めに相談し、対応策を検討することが重要です。

申告漏れを指摘されたときのペナルティ早見表

税務調査で申告漏れが認められた場合、不足していた本税に加えて、性質の異なる複数のペナルティが課される可能性があります。主な加算税・延滞税の税率を整理すると次のとおりです。

重加算税や延滞税が重なると、追徴税額は大きく膨らみます。延滞税の割合は市中金利に連動して毎年改定されるため、最新の割合は国税庁サイトでご確認ください。申告内容に不安がある場合は、早めに税務調査対策の専門家（税理士）に相談されることをお勧めします。

よくある質問（FAQ）

Q1. 税務調査の事前通知はありますか？何日前に連絡が来ますか？

原則として、税務調査は電話等で事前通知が行われます。一般的に調査日の1〜2週間前に連絡が来るケースが多いとされています。通知では、調査日程・調査対象年度・担当調査官の氏名などが伝えられます。

なお、不正が強く疑われる場合や証拠隠滅のおそれがある場合には、事前通知なしの「無予告調査」が実施されることもあります（国税通則法第74条の10の規定による例外）。

Q2. 調査官から電話が来たら、日程を変更することはできますか？

正当な理由があれば、日程変更の申し出は可能です。税理士の同席準備や帳簿整理のための合理的な期間として、1〜2週間程度の変更は認められるケースが多いです。

ただし、変更を繰り返すと調査への非協力とみなされる場合がありますので、顧問税理士と相談のうえ誠実に対応することが重要です。

Q3. 申告漏れを指摘された場合、どのようなペナルティがかかりますか？

申告漏れが認められた場合には、不足税額（本税）に加えて、上の「ペナルティ早見表」のとおり過少申告加算税・無申告加算税・重加算税・延滞税が課される可能性があります。特に隠蔽・仮装があると判断されると重加算税（35〜40%）が課され、負担が大幅に重くなります。申告内容に不安がある場合には、早めに税理士へ相談されることをお勧めします。

Q4. 医療法人と個人の開業医で、税務調査の観点は変わりますか？

基本的な確認事項（収入計上のもれ・経費の妥当性・自由診療の管理など）は共通ですが、法人特有の論点が加わります。医療法人では理事長・役員への役員報酬や退職金が適正か、MS法人（メディカルサービス法人）との取引価格が妥当かなどが確認されやすい項目です。個人の開業医では、事業用と家事用の経費按分や、上記の概算経費特例（措置法26条）の適用が論点になります。いずれも「事実にもとづき合理的に説明できる記録」を残しておくことが大切です。

Q5. 概算経費の特例（措置法26条）は税務調査で否認されることがありますか？

要件（社会保険診療報酬5,000万円以下かつ総収入7,000万円以下）を満たし、収入区分と経費按分が適切であれば、適用が否認されることは基本的にありません。一方で、自由診療収入を含めた総収入が7,000万円を超えているのに特例を使っていた、共通経費の按分が不合理だった、といったケースでは否認され追徴となる可能性があります。5,000万円・7,000万円のラインが近い医院ほど、年内に収入状況を確認しておくと安心です。