宗教法人は収益事業がなければ法人税はかかりませんが、住職や職員に給与を払っていれば源泉徴収義務者となり、税務調査ではこの源泉所得税が中心に確認されます。国税庁の公表資料では、宗教法人を含む公益法人等への源泉所得税の実地調査は令和6事務年度に3,269件で、そのうち69.7%で非違が見つかっています。

2026年9月には、高野山で宿坊を営む複数の宗教法人が大阪国税局から計1億円超の申告漏れを指摘されたと報じられました。調査では、宿坊や駐車場のような収益事業の区分と、法人の資金と住職個人の家計の線引きの2点が問われます。

寺院・神社が税務調査の対象になるのは源泉徴収義務があるから

お布施や賽銭、寄附金などは宗教活動の収入として法人税の対象外です。しかし住職や宮司、職員に払う給与や退職金は所得税の源泉徴収の対象で、宗教法人も一般の会社と同じく源泉徴収義務者になります。収益事業の有無とは関係なく生じる義務です。

国税庁の「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」によると、給与の源泉徴収義務者のうち宗教法人は51,216件（令和7年6月30日現在）です。公益法人等全体の166,891件の約3割にあたり、財団・社団法人や社会福祉法人より多い数です。

宗教法人の源泉徴収漏れは調査先の7割前後で見つかっている

宗教法人だけを切り出した件数は定例の公表資料には載っていませんが、報道を通じて明らかになった数字があります。2024年9月の報道によると、国税庁は2023年6月までの1年間に1,975法人を調査し、7割余りの1,429法人で源泉徴収漏れを指摘して約15億円を追徴しました。

期間を5年に広げても傾向は同じです。産経新聞の情報公開請求で開示された集計では、2022年6月までの5年間に調査した8,289法人のうち5,850法人で徴収漏れが確認され、追徴税額は加算税を含め約45億7,000万円でした。

そのうち20.8%にあたる1,218法人では仮装・隠蔽を伴う所得隠しが認定され、重加算税は計約6億1,900万円でした。宗教法人以外の公益法人等では、所得隠しの割合は1.3%でした。

2026年9月の朝日新聞の報道では、国税庁は2025年6月までの5年間に8,167の宗教法人を調査しています。大阪国税局の管内では調査先の約8割にあたる845法人で源泉徴収漏れが見つかり、264法人に重加算税が課されたとされます。

令和6事務年度の公表値は源泉所得税の調査が3,269件

宗教法人を含む公益法人等の調査事績は毎年公表されています。令和7年12月に公表された令和6事務年度分では、源泉所得税の実地調査が3,269件（前年比111.6%）、非違があったのは2,277件で、追徴税額は25億6,600万円でした。

前年の2,928件から1割以上増えた一方、追徴税額は26億9,200万円から減りました。件数で割ると1件あたり約92万円から約78万円で、小口の指摘を幅広く拾っている様子がうかがえます。規模の小さい寺社も対象外とは言えません。

これに対して公益法人等への法人税の実地調査は325件、法人消費税は189件にとどまります。法人税の調査では非違173件のうち不正計算は9件（不正発見割合2.8%）で、公益法人等への調査の大半は源泉所得税で行われていることが数字に表れています。

収益事業について法人税の申告義務がある公益法人等は44,212法人、うち宗教法人は13,798法人です。同じ年度の数字はクリニック・医療法人の税務調査でも紹介しており、業種による調査の入り方の違いを比べられます（出典は国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」）。

調査で確認されるのは源泉所得税と収益事業の区分

寺院・神社の調査で確認される論点は、大きく分けて源泉所得税と、宗教活動か収益事業かの区分の2つです。どちらも、調査官は法人のお金と住職個人のお金がどう流れたかを、帳簿と預金の動きから追っていきます。

源泉所得税は金銭以外の給与にも及ぶ

国税庁のパンフレット「宗教法人の税務」は、源泉徴収の対象となる給与には金銭のほか経済的利益の供与や物の支給も含まれると説明しています。現物で渡したものが給与とみなされるかどうかは、次のように分かれます。

• 住職や職員が個人で負担すべき飲食代や生活費を法人が払った場合は、給与として源泉徴収の対象になります。
• 子弟の学費を法人が負担した場合も、給与として扱われます。
• 法衣などを支給・貸与する場合は、職務に必要な制服に当たるものであれば源泉徴収は不要です。
• 庫裏や社務所に無償で住む場合は、職務上やむを得ない必要によるもので、通常の家屋として相当な範囲であれば源泉徴収は不要です。

調査官から「この飲食代は誰のためのものですか」と聞かれ、法人の行事のためだと示せなければ、住職個人への給与と認定されやすくなります。報酬・料金の源泉徴収で間違えやすい例は源泉所得税の税務調査と報酬の源泉徴収の記事で紹介しています。

令和9年1月1日以後に支払う給与からは、所得税と復興特別所得税に加えて防衛特別所得税（所得税額の1%）を併せて徴収します。復興特別所得税は2.1%から1.1%に下がるため合計の税率は変わらず、国税庁は計算方法にも変更はないとしています。

令和9年分の給与には令和9年分の源泉徴収税額表を使い、3つの税の合計を1枚の納付書で納めます。年明けに古い税額表を使い続けると、基礎控除の引上げなどの改正が反映されず、徴収額がずれる原因になります（国税庁「防衛特別所得税及び復興特別所得税の源泉徴収のあらまし」）。

収益事業は34業種に当たるかで判断される

宗教法人でも、法人税法施行令が定める34の業種に当たる事業を継続して行えば収益事業となり、その所得に法人税がかかります。宗教法人が行っているかどうかではなく、事業の実態で判断されます。

線引きで迷いやすいのが物品の販売です。お守り、お札、おみくじのように売価と原価の差が実質は喜捨金と認められるものは物品販売業に当たりません。一方で絵葉書や御朱印帳、キーホルダーのように一般の商品と同程度の価格で売るものは物品販売業です。

寺社で行われることの多い事業の扱いは、法人税基本通達などで次のように定められています。

出典は国税庁「法人税基本通達 第16款 旅館業」などです（2026年11月時点）。

収益事業に当たれば法人税だけでなく事業税の課税要件にも関わります。代金を現金で受け取るか、キャッシュレス決済で受け取るかで結論は変わりません。判断に迷う事業は、非課税と決めて処理する前に所轄の税務署か税理士に確認してください。

2026年9月には高野山の宿坊で集団の申告漏れが報じられた

2026年9月10日の各社の報道によると、大阪国税局は2025年度に高野山で宿坊を営む約50の宗教法人のうち十数法人を調査し、半数以上で計1億円超の申告漏れを指摘しました。追徴税額は重加算税を含め計約6,000万円と報じられています。

住職側の私的な支出を宿坊の経費に入れて所得を少なく申告していた例のほか、住職の家族が宿坊収入を私的に使い、家族への給与とみなされた例もありました。ある法人は約9,000万円の源泉徴収漏れを指摘され、追徴は約4,000万円と報じられています。

宗教活動に関連する簡素な宿泊施設でも、宿泊料が1泊1,000円（2食付き1,500円）を超えれば旅館業として法人税の対象になります。訪日客の増加で宿泊料を引き上げた寺院では、収益事業の申告と、宿坊収入を家族が使った分の源泉徴収の両方を見直す必要があります。

収益事業がなくても収支計算書の提出が必要な場合がある

収益事業を行っていない宗教法人でも、年間の収入金額の合計が8,000万円を超えると、損益計算書か収支計算書を所轄の税務署長に提出しなければなりません。期限は原則として事業年度終了の日の翌日から4か月以内です（国税庁「公益法人等の損益計算書等の提出」）。

住職・宮司個人も確定申告が必要になることがある

宗教法人から給与を受け取る住職や宮司は、多くの場合、法人が行う年末調整で所得税の手続きが終わります。ただし国税庁のタックスアンサー「No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人」に当てはまれば、本人の確定申告が必要です。

• 給与の年間収入金額が2,000万円を超える場合
• 給与を1か所から受けていて、給与・退職所得以外の所得の合計が20万円を超える場合
• 2か所以上の寺院や法人から給与を受けていて、年末調整されなかった給与と他の所得の合計が20万円を超える場合

講演料や原稿料、書の揮毫で得た謝礼は、法人に入れずに本人が受け取れば個人の所得です。鹿苑寺（金閣寺）や慈照寺（銀閣寺）の住職を兼ねる管長が、揮毫の謝礼を申告せず2009年までの3年間で約2億円の申告漏れを指摘された例が2011年に報じられています。

この例で本人は「お布施のようなものと認識していた」と説明し、過少申告加算税を含め約1億円を追徴されたと報じられました。法人に入るお布施と、住職個人が受け取る謝礼とを、受け取った時点で分けて記録しておけば、申告漏れを防げます。

源泉徴収漏れには不納付加算税と延滞税がかかる

源泉徴収すべき所得税を徴収しなかった場合や、徴収したのに法定納期限までに納めなかった場合は、本税に加えて加算税と延滞税を負担します。調査で追徴額が大きくなるのは、この上乗せ分があるためです。

延滞税の割合は国税庁「延滞税の割合」によります。計算例は延滞税の税率と計算方法の記事で紹介しています。

国税庁の事務運営指針では、臨場のための日時の連絡を受けた段階で自主納付した場合は、原則として告知を予知した納付に当たらないとされています。調査の日程連絡のあとに漏れに気づいたら、当日を待たずに納めれば5%で済む可能性があります。

単純な計上漏れなら不納付加算税で済むのに対し、私的流用を隠していたと判断されると35%の重加算税に変わります。重加算税を避けるには、法人の口座と住職・宮司個人の家計を分け、法人から個人へ渡ったお金はすべて記録に残してください。

収益事業がある宗教法人は防衛特別法人税の申告も必要

収益事業を行い法人税を納める宗教法人は、令和8年4月1日以後に開始する事業年度から防衛特別法人税の納税義務者になります。税額は、基準法人税額から年500万円の基礎控除額を差し引いた金額に4%を掛けて計算すると定められています。

収益事業の規模が小さい宗教法人では、基礎控除によって税額が生じない場合もあります。税額が0円でも、防衛特別法人税の確定申告書は提出する必要があります。提出期限は、原則として事業年度終了の日の翌日から2か月以内です。中間申告は令和9年4月1日以後に開始する事業年度から始まります（国税庁「防衛特別法人税に関する納付手続等について」）。

過去帳の提示を求められたら税理士と範囲を相談する

寺院の調査では、お布施が漏れなく収入に入っているかを確かめるため、葬儀や法要の記録として過去帳の提示を求められることがあります。逝去日と葬儀の日付から、その時期の入金を照らし合わせるためです。

過去帳は故人や遺族の情報が書かれた記録で、檀家との信頼にも関わります。求められた場面ではその場で即答せず、税務調査に詳しい税理士に相談したうえで、確認に必要な期間や項目をどこまで示すかを調査官と話し合ってください。

実務上は、葬儀・法要ごとの日付とお布施の入金を別の帳簿で記録しておけば、過去帳そのものを広く見せなくても収入の計上を説明しやすくなります。

宗教法人が日ごろから整えておく帳簿と手続き

源泉所得税と収益事業の指摘を防ぐために、平時から次の点を整えておきましょう。

日々の記帳では、法人の資金で払ったものが誰のための支出かを、領収書の余白に書き添えておく習慣が役立ちます。調査は数年分をさかのぼって行われるため、当時の事情を後から思い出せないことが指摘につながります。

税制は毎年のように改正されます。個別の判断は、国税庁の最新情報や税理士への相談で確かめてください。