宗教法人は収益事業がなければ法人税がかからないため税務調査とは無縁に見えますが、源泉徴収義務は収益事業の有無と関係なく発生するため、住職や職員に給与を支払っていれば調査の対象になります。国税庁の令和4事務年度の調査事績では、源泉徴収に関する調査を受けた宗教法人1,975法人のうち7割超にあたる1,429法人で源泉徴収漏れが指摘され、追徴税額は約15億円に上りました。直近の令和6事務年度でも、宗教法人を含む公益法人等への源泉所得税の実地調査は3,269件（前年比111.6％）と増えており、当局の目線が緩んだ様子はありません。どこを見られ、何を整えておけばよいのかを、調査の現場の順序に沿って整理します。

そもそも寺社仏閣は税務調査の対象になるの？

寺院をはじめとした宗教法人＝非課税（収益事業がない場合）のイメージが強いため、「納税がないのだから税務調査の対象外では？」と思いがちです。しかし寺院・神社・宗教法人も税務調査の対象となります。

宗教法人は収益事業を行わない場合、法人税の納税義務はありません。しかし源泉徴収義務者としての義務は収益事業の有無にかかわらず発生するため、職員等への給与支払いがあれば源泉所得税の問題が生じます。この点が税務調査の主要な対象となっています。

実際、国税庁の集計では宗教法人の源泉徴収義務者（給与所得）は全国で51,216件（令和6事務年度末現在）にのぼります。公益法人等全体の166,891件のうち約3割を宗教法人が占め、種類別では単独で最大のグループです。「うちは小さな寺だから」という規模の問題ではなく、住職や職員に給与を支払っていれば、すべての宗教法人が源泉徴収義務者として調査の対象になり得るということです。

寺院・宗教法人に対する税務調査の件数と傾向

令和4事務年度（令和4年7月〜令和5年6月）において、国税庁は全国の宗教法人1,975法人を対象に源泉徴収に関する調査を実施しました。その結果、1,429法人（約72.6%）で源泉徴収漏れが指摘され、追徴税額は約15億円に上りました。源泉徴収漏れの指摘率が7割超という高さは、宗教法人において源泉徴収の実務管理が行き届いていないケースの多さを示しています。

単年度だけでなく、より長い期間で見ても傾向は同じです。報道機関の情報公開請求で明らかになった集計によると、令和4年6月までの5年間に全国で調査された8,289の宗教法人のうち、約7割にあたる5,850法人で源泉徴収漏れが確認され、追徴税額（加算税込み）は約45億7,000万円にのぼりました。このうち約2割（1,218法人）では悪質な仮装・隠蔽を伴う所得隠しが認定され、重加算税は計約6億2,000万円とされています。宗教法人以外の公益法人による所得隠しの割合が1%強であることと比べると、指摘率の高さが際立ちます。

最新（令和6事務年度）の調査事績はどうなっているか

宗教法人だけを取り出した件数は国税庁の定例公表資料には掲載されていませんが、宗教法人を含む公益法人等の調査事績は毎年公表されています。令和7年12月に公表された「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」によると、公益法人等に対する源泉所得税の実地調査は3,269件（前年比111.6%）行われ、そのうち2,277件（非違割合69.7%）で非違が把握されました。追徴税額は約25億6,600万円です。

調査件数は前年の2,928件から1割以上増え、「7割前後で非違が見つかる」という水準も変わっていません。一方で追徴税額の総額は26億9,200万円から25億6,600万円へと微減しており、公表値を件数で割り戻すと1件あたりは約92万円から約78万円になります。1件あたりの金額は小さくなったのに、当たる件数は増えている——大口を狙い撃つというより、幅広く確認する方向に動いていると読むのが自然です。「規模が小さいから対象にならない」とは考えないほうがよいでしょう。

一方、公益法人等に対する法人税の実地調査は令和6事務年度で325件（前年321件）と、母数から見れば少ない件数にとどまっています。収益事業について法人税の申告義務がある公益法人等は44,212法人（うち宗教法人13,798法人）ですから、法人税の調査に当たる確率だけを見れば決して高くありません。しかし源泉所得税の調査はこれとは桁違いの規模で行われている点に注意が必要です。「法人税の調査は滅多に来ない」という感覚のまま源泉徴収の管理を後回しにすることが、指摘率7割という数字につながっています。

数字をもう少し細かく見ると、公益法人等の法人税の実地調査325件のうち非違があったのは173件、仮装・隠蔽を伴う不正計算が認定されたのは9件（不正発見割合2.8％）にとどまります。法人消費税の実地調査も189件と小規模です。公益法人等に対する当局の主戦場は、法人税ではなく源泉所得税であることが数字にはっきり表れています。なお同じ令和6事務年度のデータはクリニック・医療法人の税務調査でも取り上げており、業種による調査のかかり方の違いを比べる材料になります。

最新の調査事績や制度の詳細は、国税庁のパンフレット「宗教法人の税務」（最新版）や国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」で確認できます。

寺社仏閣 税務調査で見られるポイント

寺院・神社・宗教法人が税務調査でチェックされるポイントは、大きく2つあります。

1. 源泉所得税
2. 宗教活動か収益事業か

指摘の多い 源泉所得税

布施、奉納金、会費、献金、賽銭、寄附金、雑収入等は宗教法人の収入として課税対象とならない収入です。しかし住職や宮司、職員に支払う給与や退職金は源泉所得税の対象となるため、宗教法人は源泉徴収義務者として源泉所得税を納付する必要があります。また、税理士などに支払った報酬等に対しても同様の義務があります。報酬・料金の源泉徴収でつまずきやすい点は、源泉所得税の税務調査で指摘されやすいポイントにまとめています。

◎給与の支払以外に源泉徴収の対象となるケース例

• 個人（住職・弟子・職員）の飲食代や生活費等を宗教法人として負担した場合は、負担額が給与（現物給与）と同等に扱われ、源泉徴収の対象となります。
• 弟子の学費を負担した場合は、負担額が給与と同等に扱われ、源泉徴収の対象となります。
• 住職等に法衣等を支給・貸与した場合は、業務の遂行のために必要なもの（いわば制服）であれば源泉徴収の対象にする必要はありません。
• 住職等が庫裏や社務所等に無償で居住している場合は、職務の遂行上やむを得ない必要に基づくものと認められ、通常の家屋・部屋として相当な範囲であれば源泉徴収の対象にする必要はありません。

実際の調査でも、賽銭やお守り販売などの収入を代表者が生活費・飲食・買い物に充てていたケースで、その流用分を「法人から代表者への給与」と認定され、源泉徴収漏れとして追徴されている事例が多く報じられています。

高額になりやすい 収益事業の申告漏れ

寺院・神社・宗教法人では、課税対象となる収益事業が下記のとおり分類されています（法人税法上の34業種）。

〇線引きの難しい物品販売業
お守りやお札、おみくじなど喜捨金と認められるものは収益事業に該当しません。一方、絵葉書や御朱印帳、キーホルダーなど、通常販売されているものと大きな価格差なく販売されているものは物品販売業に該当し、課税対象となります。

〇価格を通常より高く設定すれば喜捨金になるか？
2008年に宗教法人が「御利益のある水」0.9リットルを3,800円で販売し非課税として処理していたところ、国税局から収益事業に該当すると指摘を受けた事例があります。「御利益」を主張すれば課税対象でなくなるわけではありません。

迷いやすい事業の「収益事業かどうか」の目安

国税庁のパンフレット「宗教法人の税務」では、宗教法人で一般的に行われている事業について具体的な判定の考え方が示されています。実務で迷いやすいものを整理すると次のとおりです。

収益事業に該当するかどうかは「宗教法人が行っているか」ではなく「事業の実態」で判断されます。該当すれば法人税だけでなく事業税の課税要件にも関わってくるため、区分の判断は早めに固めておくほうが安全です。金銭の受け渡しが現金かキャッシュレス決済かによって結論が変わることもありません。判断に迷うものがあれば、自己判断で非課税として処理せず、所轄税務署や税理士に確認しておくことが結果的に安全です。

収益事業がなくても提出が必要な書類がある

見落とされやすいのが、収益事業を行っていない宗教法人でも、年間の収入金額の合計額が8,000万円を超える場合は、損益計算書（収支計算書）を所轄の税務署長に提出する必要があるという点です（提出期限は事業年度終了後4か月以内）。帳簿・記録の整備は、こうした提出義務への対応や、調査時の説明資料としても重要になります。

源泉徴収漏れを指摘されたときのペナルティ

源泉徴収すべき所得税及び復興特別所得税を徴収しなかったとき、あるいは徴収したのに納期限までに納付しなかったときは、本税に加えて加算税・延滞税を負担することになります。宗教法人の税務調査で追徴額が膨らむのは、この上乗せ部分が大きいためです。

ここで押さえておきたいのは、単純な計上漏れであれば不納付加算税で済むのに対し、私的流用を隠していたと判断されると35%の重加算税に跳ね上がるという点です。前述のとおり、5年間で追徴を受けた宗教法人の約2割で所得隠しが認定されています。法人の資金と住職・宮司個人の家計を明確に分けて記録しておくことが、最も効果的な防御策です。

令和8年4月から「防衛特別法人税」の申告が必要になります

収益事業を行っている宗教法人に関わる新しい制度として、防衛特別法人税が創設されました。令和8年4月1日以後に開始する事業年度から適用されます。

• 納税義務者…各事業年度の所得に対する法人税を課される法人（＝収益事業を行い法人税の納税義務がある宗教法人も対象）
• 税額…基準法人税額から年500万円の基礎控除額を差し引いた金額に4%の税率を乗じて計算
• 申告期限…原則として各課税事業年度終了の日の翌日から2か月以内（法人税・地方法人税の申告書別表に欄が追加される予定）

基礎控除が年500万円あるため、収益事業の規模が小さい宗教法人では納付税額が生じないケースが多いと考えられます。ただし計算の結果、納税額が生じない場合でも申告義務は失われず、いわゆる「零申告」が必要とされています。この点は見落としやすいため、収益事業を行っている宗教法人は事前に顧問税理士へ確認しておくことをおすすめします。なお中間申告の規定は令和9年4月1日以後に開始する課税事業年度からの適用です。制度の詳細は国税庁「防衛特別法人税に関する納付手続等について」で確認できます。

申告漏れ・所得隠しの指摘を受けた事例

宗教法人の税務に対する国税当局の目は年々厳しくなっています。近年報道された事例には、次のようなものがあります。

• 2011年2月：京都の観光地として有名な金閣寺（鹿苑寺）・銀閣寺（慈照寺）を管理する住職が、掛軸を書いて得た収入を宗教法人へのお布施として処理し個人所得としなかったとして、3年間で約2億円の申告漏れを指摘されたと報じられました（2011年当時の事例）。
• 2024年（令和6年）9月：東京都北区の神社が東京国税局の調査を受け、2023年までの7年間で約2億5,000万円の所得隠しを指摘されたと報じられました。賽銭やお守りの売上などを宮司が私的に流用しており、流用分は法人から宮司への給与にあたるとして源泉徴収漏れが認定され、重加算税を含め法人と宮司に約1億3,000万円が追徴課税されたとされています。

いずれも「非課税の宗教収入」と「代表者個人の所得」の区分が曖昧になっていた点が問題となっています。適正に区分し記録していれば防げるトラブルであり、日頃の経理管理の重要性がうかがえます。

税務調査 過去帳の開示には応じなければいけない？

寺院・神社・宗教法人の税務調査では、非課税収入（布施、奉納金、会費、献金、賽銭、寄附金等）がきちんと計上されているかが重点的にチェックされます。その過程で、故人の逝去日から葬儀日を逆算して布施や奉納金が反映されているかを確認するため、調査官から過去帳の提出を求められる場合があります。

過去帳を提出しなければいけない法的根拠はありません。しかし実際には、その場の雰囲気に圧されて資料として提出してしまうケースが多いとされています。逆に頑なに拒んでも「何か隠しているのでは」と疑われることもあります。

過去帳は故人やその親族の個人情報であり、寺社仏閣への信頼の証でもあることから、提出を拒む方も多くいます。提出を求められた際はその場では即答せず、税務調査の対応に精通した税理士に相談のうえ、調査官との対応を依頼することをおすすめします。立会いを依頼する場合の費用は事務所によって異なり、たとえば税理士法人ウィズは立合料80,000円と金額を明示しています。顧問契約の有無で扱いが変わることもあるため、依頼前に確認しておくとよいでしょう。

宗教法人が税務調査に備えるためのポイント

税務調査で指摘が多い源泉所得税と収益事業の申告漏れを防ぐために、日頃から以下の点を意識して帳簿・経理を整理しておくことが重要です。

よくある質問（FAQ）

Q. 収益事業を一切行っていない宗教法人も税務調査の対象になりますか？

A. はい。収益事業がなく法人税の納税義務がない場合でも、職員等に給与を支払っていれば源泉徴収義務者となるため、源泉所得税に関する調査は受ける可能性があります。令和4事務年度の調査では7割超の宗教法人で源泉徴収漏れが指摘されており、他人事ではありません。

Q. お守りやお札の販売は収益事業に該当しますか？

A. お守り・お札・おみくじなど喜捨金と認められるものは収益事業に該当しません。一方、絵葉書や御朱印帳、キーホルダーなど一般に市販されているものと同程度の価格で販売するものは、物品販売業として課税対象になります。「御利益がある」という主張だけで非課税にはなりませんので、販売品目ごとに判断することが大切です。判断に迷う場合は税理士にご相談ください。

Q. 賽銭やお布施を代表者の生活費に使うと、なぜ源泉徴収漏れになるのですか？

A. 賽銭やお布施そのものは宗教法人の非課税収入ですが、それを住職・宮司などの代表者が個人的な生活費や飲食に流用した場合、その金額は法人から代表者への「給与」にあたると扱われます。給与である以上、法人は源泉所得税を天引き・納付する義務があり、これを行っていないと源泉徴収漏れとして追徴の対象になります。私的流用が悪質と判断されれば重加算税が加わることもあります。法人の資金と個人の家計は明確に分けて管理することが重要です。

Q. 檀信徒会館や境内を地域の集まりに貸した場合、税金はかかりますか？

A. 境内地や本堂・講堂等の席貸しは、原則として収益事業（席貸業）に該当します。不特定または多数の人の慰安・遊興・遊覧のために貸す場合は全て該当し、会議・研修等の用に供する場合も、国や地方公共団体の用に供するためのものなど一定の要件に当たるものを除いて該当します。「宗教法人が貸しているから非課税」という整理はできません。使用料を受け取る貸し出しがある場合は、収益事業として区分経理が必要かどうかを確認してください。

Q. 宿坊で参拝者を泊めていますが、旅館業として課税されますか？

A. 宗教法人が所有する宿泊施設に信者や参拝人を宿泊させて宿泊料を受ける行為は、名目を問わず原則として収益事業（旅館業）に該当します。ただし宗教活動に関連して利用される簡素な共同宿泊施設で、宿泊料の額が全ての利用者につき1泊1,000円（食事を提供するものは1,500円）以下となっているものの経営は、収益事業に該当しないとされています。金額基準を超えている場合は課税対象になりますので、実際の宿泊料の設定を確認しておきましょう。

Q. 税務調査の通知が来たらどうすればよいですか？

A. 税務調査の事前通知（原則として電話や書面）を受けたら、まず税務調査の対応に詳しい税理士に相談することをお勧めします。調査日程の調整や提出資料の準備など、税理士が立ち会ったうえで対応することで、余計なトラブルを避けることができます。帳簿・領収書・源泉徴収簿等の書類を事前に整理しておくことも重要です。事前通知で伝えられる調査対象期間・税目を確認し、その範囲の帳簿から先に手を付けると準備が進めやすくなります。

※本記事に記載の件数・割合・税率は、いずれも国税庁の公表資料（2026年9月確認）にもとづくものです。制度や割合は改正されることがあるため、最新情報は国税庁ホームページでご確認ください。